| 摘要 | 第3-4页 |
| abstract | 第4页 |
| 主要英文缩略词对照表 | 第7-8页 |
| 第1章 前言 | 第8-34页 |
| 1.1 mRNA腺苷酸N6位置甲基化(m~6A)的背景介绍 | 第8-20页 |
| 1.1.1 m~6A的早期研究 | 第8-10页 |
| 1.1.2 m~6A高通量检测技术以及m~6A在转录组上的分布 | 第10-13页 |
| 1.1.3 m~6A的相关酶和蛋白质 | 第13-20页 |
| 1.2 m~6A的功能 | 第20-28页 |
| 1.2.1 m~6A对mRNA代谢的调节 | 第20-24页 |
| 1.2.2 m~6A在细胞中的生物学功能 | 第24-28页 |
| 1.3 m~6A相关的生物信息学研究进展 | 第28-33页 |
| 1.3.1 m~6A位点的预测 | 第28-29页 |
| 1.3.2 m~6A功能的生物信息学研究 | 第29-33页 |
| 1.4 选题意义以及论文的主要内容 | 第33页 |
| 1.5 论文的组织结构 | 第33-34页 |
| 第2章 实验材料和方法 | 第34-50页 |
| 2.1 m~6A数据的制备获取与初步处理 | 第34-38页 |
| 2.1.1 m~6A位点的鉴定实验技术 | 第34-36页 |
| 2.1.2 m~6Apeak和m~6A位点数据的获取和初步处理 | 第36-38页 |
| 2.2 SVM预测模型和预测网站的建立 | 第38-45页 |
| 2.2.1 特征的筛选和提取 | 第38-40页 |
| 2.2.2 libsvm建立预测模型 | 第40-41页 |
| 2.2.3 准确度评估 | 第41-44页 |
| 2.2.4 全转录组序列m~6A位点的预测 | 第44页 |
| 2.2.5 m~6A预测和查询网站的构建 | 第44-45页 |
| 2.3 癌症突变基因的获取以及癌症相关的m~6A位点鉴定 | 第45-50页 |
| 2.3.1 全基因组外显子测序技术及其数据处理 | 第45-47页 |
| 2.3.2 癌症基因组图谱TCGA网站中癌症突变位点的获取 | 第47-48页 |
| 2.3.3 鉴定癌症中突变的m~6A位点,对其所在基因进行功能分析 | 第48-50页 |
| 第3章 基于支持向量基(SVM)的m~6A位点预测 | 第50-71页 |
| 3.1 研究数据来源及数据预处理结果 | 第50-55页 |
| 3.1.1 拟南芥正负数据样本的获取和预处理结果 | 第50-52页 |
| 3.1.2 哺乳动物正负样本的获取和预处理结果 | 第52-55页 |
| 3.2 拟南芥m~6A位点预测算法AthMethPre设计及实现 | 第55-61页 |
| 3.2.1 特征提取与优化、SVM模型的建立 | 第56-58页 |
| 3.2.2 AthMethPre算法准确性评估结果 | 第58-59页 |
| 3.2.3 AthMethPre预测和查询服务器的构建 | 第59-61页 |
| 3.3 哺乳动物m~6A位点预测算法RNAMethPre设计及实现 | 第61-69页 |
| 3.3.1 fulltranscriptmode特征提取与优化、SVM模型的建立 | 第62-63页 |
| 3.3.2 maturemRNAmode特征提取与优化以及SVM模型的建立 | 第63-65页 |
| 3.3.3 RNAMethPre算法准确性评估结果 | 第65-68页 |
| 3.3.4 RNAMethPre预测和查询服务器的构建 | 第68-69页 |
| 3.4 总结与讨论 | 第69-71页 |
| 第4章 m~6A与癌症相关的功能分析 | 第71-90页 |
| 4.1 背景简介 | 第71-72页 |
| 4.2 19个胃癌病人外显子测序数据与m~6A位点数据的比较 | 第72-76页 |
| 4.2.1 m~6A位点数据预处理结果 | 第72-73页 |
| 4.2.2 胃癌病人外显子测序结果 | 第73-75页 |
| 4.2.3 胃癌病人中突变的m~6A位点统计和功能分析 | 第75-76页 |
| 4.3 对胃癌,膀胱癌,黑色素瘤,卵巢癌m~6A突变位点的分析 | 第76-88页 |
| 4.3.1 胃癌,膀胱癌,黑色素瘤,卵巢癌病人中突变的m~6A位点统计 | 第76-80页 |
| 4.3.2 各癌症突变的m~6A基因中已知的癌症相关基因 | 第80-81页 |
| 4.3.3 各癌症中突变的m~6A基因的GO和pathway分析 | 第81-88页 |
| 4.4 总结与讨论 | 第88-90页 |
| 第5章 总结与展望 | 第90-94页 |
| 5.1 论文研究工作总结 | 第90-92页 |
| 5.2 研究展望 | 第92-94页 |
| 参考文献 | 第94-105页 |
| 致谢 | 第105-107页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第107页 |
