| 摘要 | 第2-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 绪论 | 第11-20页 |
| 1 研究背景 | 第11-15页 |
| 1.1 靶向测序技术简介 | 第11-13页 |
| 1.2 多重PCR引物设计软件研究进展 | 第13-15页 |
| 2 研究的目的与意义 | 第15-16页 |
| 3 系统开发环境介绍 | 第16-19页 |
| 3.1 硬件信息 | 第16页 |
| 3.2 软件配置 | 第16-19页 |
| 4 本文的组织结构 | 第19-20页 |
| 第一章 序列获取自动化 | 第20-25页 |
| 1.1 序列获取所需数据库的建立 | 第20-22页 |
| 1.2 序列获取步骤的原理及过程 | 第22-23页 |
| 1.3 序列获取模块准确性验证 | 第23-24页 |
| 1.4 总结 | 第24-25页 |
| 第二章 多序列候选引物设计 | 第25-33页 |
| 2.1 多重PCR引物设计的研究现状 | 第25页 |
| 2.2 引物溶解温度TM计算 | 第25-26页 |
| 2.3 PCR引物设计参数设定 | 第26-28页 |
| 2.3.1 引物长度 | 第26页 |
| 2.3.2 引物溶解温度Tm | 第26-27页 |
| 2.3.3 引物GC含量 | 第27页 |
| 2.3.4 引物 3′末端稳定性 | 第27页 |
| 2.3.5 PCR产物长度 | 第27页 |
| 2.3.6 引物间 3′末端最小碱基数 | 第27-28页 |
| 2.4 多序列候选引物设计步骤的原理及过程 | 第28-29页 |
| 2.5 多序列引物设计模块中目标区域覆盖度 | 第29-32页 |
| 2.6 总结 | 第32-33页 |
| 第三章 引物分组功能实现 | 第33-44页 |
| 3.1 PCR引物评估软件研究现状 | 第33-34页 |
| 3.2 使用MULTIPLX进行引物分组的原理及过程 | 第34-37页 |
| 3.2.1 目标序列最小引物覆盖组获取 | 第35-36页 |
| 3.2.2 Multi PLX软件分组及结果分析 | 第36-37页 |
| 3.3 基于PRIMER3-PY热力学比对函数的引物分组模块的原理及过程 | 第37-43页 |
| 3.3.1 引物分组模块的原理及过程 | 第37-38页 |
| 3.3.2 primer3-py热力学参数设置 | 第38-40页 |
| 3.3.3 基于primer3-py热力学比对函数的罚分方法及引物分组实例 | 第40-43页 |
| 3.4 总结 | 第43-44页 |
| 第四章 软件评估及软件更新 | 第44-54页 |
| 4.1 软件评估 | 第44-51页 |
| 4.1.1 荧光定量PCR | 第44-45页 |
| 4.1.2 二代测序结果分析 | 第45-51页 |
| 4.1.3 总结 | 第51页 |
| 4.2 软件跟新 | 第51-54页 |
| 4.2.1 升级python与My SQL数据库的连接方式 | 第51页 |
| 4.2.2 升级primer3-py引物设计函数输出的解析方式 | 第51-52页 |
| 4.2.3 使用Web页面方式来进行引物设计 | 第52-54页 |
| 第五章 总结与展望 | 第54-56页 |
| 5.1 总结 | 第54-55页 |
| 5.2 展望 | 第55-56页 |
| 致谢 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-60页 |
| 附录 | 第60-88页 |
| 附录1 | 第60-71页 |
| 附录2 | 第71-77页 |
| 附录3 | 第77-88页 |
