| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 1 引言 | 第13-32页 |
| 1.1 巴西橡胶树寒害及低温响应基因冷应答机制研究现状 | 第13-15页 |
| 1.1.1 巴西橡胶树寒害生理生化研究现状 | 第13-14页 |
| 1.1.2 巴西橡胶树寒害分子生物学研究现状 | 第14-15页 |
| 1.2 植物冷应答机制及表观遗传学研究现状 | 第15-19页 |
| 1.2.1 植物冷应答机制 | 第15-17页 |
| 1.2.2 植物冷应答的表观遗传学 | 第17-19页 |
| 1.3 DNA的甲基化和去甲基化 | 第19-24页 |
| 1.3.1 DNA甲基化 | 第19-21页 |
| 1.3.2 DNA去甲基化 | 第21-24页 |
| 1.4 DNA的甲基化研究方法 | 第24-27页 |
| 1.4.1 全基因组甲基化水平分析 | 第24-26页 |
| 1.4.2 亚硫酸氢盐修饰法研究DNA甲基化水平 | 第26-27页 |
| 1.5 高通量测序应用DNA甲基化研究 | 第27-29页 |
| 1.5.1 简化全基因组甲基化测序-RRBS技术 | 第27-28页 |
| 1.5.2 RRBS技术相关高通量软件介绍 | 第28-29页 |
| 1.6 研究目的和意义 | 第29-31页 |
| 1.7 技术路线 | 第31-32页 |
| 2 实验材料与方法 | 第32-52页 |
| 2.1 实验材料 | 第32-34页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第32-33页 |
| 2.1.2 载体质粒和菌株 | 第33页 |
| 2.1.3 实验试剂 | 第33页 |
| 2.1.4 实验仪器设备 | 第33-34页 |
| 2.2 实验方法 | 第34-52页 |
| 2.2.1 巴西橡胶树DNA和RNA分离 | 第34-35页 |
| 2.2.2 巴西橡胶树无性系Reyan7-33-97组培苗长期低温处理表型及甲基化MCA扩增扫描 | 第35-37页 |
| 2.2.3 低温信号途径相关基因及DNA甲基化转移酶基因的组织特异性表达分析,各种低温处理样品中的表达分析 | 第37-40页 |
| 2.2.4 巴西橡胶树低温信号途径基因HbICE1、HbCBF2和甲基化转移酶HbMET基因5'端启动子CpG岛的生物信息学分析 | 第40页 |
| 2.2.5 巴西橡胶树HbICE1、HbCBFs和HbMET基因5'端启动子CpG岛在长时间低温处理样品和多品种样品中甲基化状态分析 | 第40-41页 |
| 2.2.6 巴西橡胶树低温信号途径相关基因及DNA甲基化转移酶基因在多品种样品中不同季节的表达分析 | 第41-42页 |
| 2.2.7 巴西橡胶树长时间低温胁迫的全基因组两例RNA-seq分析 | 第42-44页 |
| 2.2.8 巴西橡胶树长时间低温胁迫的全基因组两例RRBS分析 | 第44-46页 |
| 2.2.9 基于RRBS与表达谱测序的巴西橡胶树长时间低温胁迫处理的DNA甲基化与基因表达贯穿分析 | 第46-47页 |
| 2.2.10 基于贯穿分析全基因组内甲基化程度与基因的表达量间相关性基因的表达水平验证 | 第47-49页 |
| 2.2.11 DNA去甲基化相关基因的在各种低温样品和多品种样品中的表达分析 | 第49-51页 |
| 2.2.12 巴西橡胶树HbDME3、HbROS1和HbROS2基因5'端启动子CpG岛在各种低温样品和多品种样品中甲基化模式分析 | 第51-52页 |
| 3 结果与分析 | 第52-114页 |
| 3.1 巴西橡胶树低温信号途径相关基因及DNA甲基化转移酶基因的组织特异性表达分析 | 第52-53页 |
| 3.1.1 RNA及cDNA检测 | 第52页 |
| 3.1.2 巴西橡胶树不同组织中低温信号途径相关基因及DNA甲基化转移酶基因的表达规律 | 第52-53页 |
| 3.2 巴西橡胶树无性系Reyan7-33-97组培苗长期低温处理表型及甲基化MCA扩增扫描 | 第53-56页 |
| 3.2.1 巴西橡胶树无性系Reyan7-33-97组培苗长期低温处理表型 | 第53-54页 |
| 3.2.2 巴西橡胶树无性系Reyan7-33-97组培苗长期低温处理后全基因组甲基化MCA扩增扫描 | 第54-56页 |
| 3.3 巴西橡胶树长时间低温胁迫的全基因组两例RRBS分析 | 第56-63页 |
| 3.4 巴西橡胶树低温信号途径相关基因及DNA甲基化转移酶基因在各种低温处理样品中的表达分析 | 第63-67页 |
| 3.4.1 巴西橡胶树低温信号途径相关基因及DNA甲基化转移酶基因短期冷处理后的基因表达分析 | 第63-66页 |
| 3.4.2 巴西橡胶树低温信号途径相关基因及DNA甲基化转移酶基因长期冷处理后的基因表达分析 | 第66-67页 |
| 3.5 巴西橡胶树低温信号途径基因HbICE1、HbCBF2和甲基化转移酶HbMET基因5'端启动子CpG岛的生物信息学分析 | 第67-70页 |
| 3.6 巴西橡胶树HbICE1、HbCBF2和HbMET基因5'端启动子CpG岛在长时间低温处理样品和多品种样品中的甲基化状态分析 | 第70-79页 |
| 3.6.1 巴西橡胶树HbICE1、HbCBF2和HbMET基因5'端启动子CpG岛在长时间低温处理样品中的甲基化状态分析 | 第70-75页 |
| 3.6.2 不同品种的巴西橡胶树HbICE1和HbMET基因5'端启动子CpG岛在不同地理位置和季节中的甲基化状态分析 | 第75-79页 |
| 3.7 DNA去甲基化相关基因家族在长时间低温样品中的表达分析 | 第79-80页 |
| 3.8 巴西橡胶树HbDME3、HbROS1和HbROS2基因5'端启动子CpG岛在长时间低温胁迫样品中甲基化模式分析 | 第80-82页 |
| 3.9 巴西橡胶树长时间低温胁迫的全基因组两例RNA-seq分析 | 第82-93页 |
| 3.10 基于RRBS与表达谱测序的巴西橡胶树长期低温胁迫处理的DNA甲基化与基因表达贯穿分析 | 第93-108页 |
| 3.11 不同品种的巴西橡胶树低温信号途径相关基因和DNA甲基化相关基因在不同地理位置和季节中表达分析 | 第108-109页 |
| 3.12 DNA去甲基化相关基因家族在短时间不同低温样品和不同季节多品种样品中的表达分析,及组织特异性表达分析 | 第109-114页 |
| 4 讨论 | 第114-119页 |
| 5 结论 | 第119-120页 |
| 参考文献 | 第120-129页 |
| 科研成果及项目支持 | 第129-130页 |
| 致谢 | 第130-131页 |
