| 中文摘要 | 第4-6页 |
| 英文摘要 | 第6-13页 |
| 符号、变量、缩略词等本论文专用术语注释表Ⅺ | 第13-17页 |
| 第一章 综述 | 第17-31页 |
| 1.高通量测序技术概述 | 第17-20页 |
| 1.1 第二代测序技术 | 第17-19页 |
| 1.1.1 Roche454测序平台 | 第17-18页 |
| 1.1.2 ABISOLiD测序平台 | 第18页 |
| 1.1.3 Illumina测序平台 | 第18-19页 |
| 1.1.4 Life Technologies Ion Torrent测序平台 | 第19页 |
| 1.2 第三代测序技术 | 第19-20页 |
| 1.2.1 HeliScope遗传分析系统 | 第19页 |
| 1.2.2 PacBioRS单分子实时测序系统 | 第19-20页 |
| 1.3 第四代测序技术 | 第20页 |
| 2.NGS的应用与研究进展 | 第20-27页 |
| 2.1 NGS在医学领域的应用 | 第20-24页 |
| 2.1.1 实验室研究 | 第20-24页 |
| 2.1.2 临床应用 | 第24页 |
| 2.2 NGS技术的研究进展 | 第24-27页 |
| 2.2.1 样品的处理 | 第25-26页 |
| 2.2.2 文库的制备 | 第26-27页 |
| 3.血液样本与NGS | 第27-28页 |
| 4.肝癌与NGS | 第28-29页 |
| 4.1 肝癌诊断的分子标志物 | 第28页 |
| 4.2 肝癌诊断的潜在分子标志物 | 第28-29页 |
| 5.本研究的主要研究内容 | 第29-31页 |
| 第二章 血液测序样本储存方案的建立 | 第31-45页 |
| 引言 | 第31-32页 |
| 1.研究目的 | 第32页 |
| 2.实验材料 | 第32-33页 |
| 2.1 研究对象 | 第32页 |
| 2.2 主要仪器 | 第32页 |
| 2.3 主要试剂 | 第32-33页 |
| 2.4 主要溶液配制 | 第33页 |
| 3.技术路线 | 第33页 |
| 4.研究方法 | 第33-37页 |
| 4.1 血液样本处理 | 第33页 |
| 4.2 RNA提取及质量鉴定 | 第33-34页 |
| 4.3 RNA-seq文库构建与测序 | 第34-36页 |
| 4.4 生物信息学分析 | 第36页 |
| 4.5 数据处理 | 第36-37页 |
| 5.结果 | 第37-44页 |
| 5.1 测序数据的基本信息 | 第37-38页 |
| 5.2 RNA完整性对RNA-seq结果的影响 | 第38-43页 |
| 5.3 血液样本储存条件对RNA-seq结果的影响 | 第43页 |
| 5.4 基因差异性表达分析 | 第43-44页 |
| 6.讨论 | 第44页 |
| 7.本章小结 | 第44-45页 |
| 第三章 基于DNA呼吸作用的等温乳液扩增方案的建立 | 第45-63页 |
| 引言 | 第45-46页 |
| 1.研究目的 | 第46页 |
| 2.实验材料 | 第46-48页 |
| 2.1 研究对象 | 第46页 |
| 2.2 主要仪器 | 第46页 |
| 2.3 主要试剂 | 第46-47页 |
| 2.4 主要溶液配制 | 第47-48页 |
| 3.技术路线 | 第48页 |
| 4.研究方法 | 第48-56页 |
| 4.1 DNA提取 | 第48页 |
| 4.2 普通DNA文库制备 | 第48-51页 |
| 4.3 基于DNA呼吸作用的等温扩增(液相) | 第51-52页 |
| 4.4 基于DNA呼吸作用的乳液等温扩增 | 第52-55页 |
| 4.5 BIEA的反应温度优化 | 第55页 |
| 4.6 BIEA的反应时间优化 | 第55页 |
| 4.7 BIEA的温控设备简化 | 第55页 |
| 4.8 单生物素修饰引物结合磁珠的热稳定评价 | 第55页 |
| 4.9 BIEA的乳液稳定性评价 | 第55-56页 |
| 4.10 数据处理 | 第56页 |
| 5.结果 | 第56-61页 |
| 5.1 普通接头DNA片段的基于DNA呼吸作用的等温扩增验证(液相) | 第56页 |
| 5.2 BIEA的建立 | 第56-57页 |
| 5.3 BIEA的条件优化 | 第57-59页 |
| 5.4 BIEA乳液稳定性(单克隆性)评价 | 第59-61页 |
| 6.讨论 | 第61-62页 |
| 7.本章小结 | 第62-63页 |
| 第四章 PBMCs中基因差异性表达与肝癌的相关性分析 | 第63-83页 |
| 引言 | 第63-64页 |
| 1.研究目的 | 第64页 |
| 2.实验材料 | 第64-65页 |
| 2.1 研究对象 | 第64页 |
| 2.2 主要仪器 | 第64页 |
| 2.3 主要试剂 | 第64-65页 |
| 2.4 主要溶液配制 | 第65页 |
| 3.技术路线 | 第65页 |
| 4.研究方法 | 第65-67页 |
| 4.1 PBMCs分离 | 第65-66页 |
| 4.2 RNA提取及质量鉴定 | 第66页 |
| 4.3 RNA-seq文库构建与测序 | 第66页 |
| 4.4 生物信息学分析 | 第66-67页 |
| 4.5 DEGs的RT-qPCR验证 | 第67页 |
| 4.6 数据处理 | 第67页 |
| 5.结果 | 第67-80页 |
| 5.1 测序样本临床信息 | 第67-68页 |
| 5.2 测序质量评价 | 第68-69页 |
| 5.3 肝癌的基因表达谱分析 | 第69-72页 |
| 5.4 HCDM、HCIM及HC的DEGs的筛选 | 第72-77页 |
| 5.5 DEGs的RT-qPCR验证 | 第77-80页 |
| 6.讨论 | 第80-81页 |
| 7.本章小结 | 第81-83页 |
| 第五章 结论与展望 | 第83-84页 |
| 1.结论 | 第83页 |
| 2.展望 | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
| 作者简介 | 第94-95页 |
