| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略词表(ABBREVIATION) | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第12-22页 |
| 1.1 抗生素概述 | 第12-14页 |
| 1.1.1 抗生素的应用现状 | 第12页 |
| 1.1.2 抗生素的残留 | 第12-13页 |
| 1.1.3 耐药菌的产生 | 第13-14页 |
| 1.2 解淀粉芽孢杆菌的研究进展 | 第14-17页 |
| 1.2.1 解淀粉芽孢杆菌的益生机制 | 第15-16页 |
| 1.2.2 解淀粉芽孢杆菌在生产养殖中的应用 | 第16-17页 |
| 1.3 转录组学高通量测序的研究进展 | 第17-20页 |
| 1.3.1 转录组学研究进展 | 第17-19页 |
| 1.3.2 测序技术研究进展 | 第19-20页 |
| 1.4 LEPR研究进展 | 第20-21页 |
| 1.5 研究的目的与意义 | 第21-22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-36页 |
| 2.1 试验材料 | 第22-23页 |
| 2.1.1 饲料添加剂和细胞 | 第22页 |
| 2.1.2 主要仪器设备 | 第22-23页 |
| 2.1.3 主要试剂与材料 | 第23页 |
| 2.1.4 溶液配制 | 第23页 |
| 2.2 试验设计 | 第23-24页 |
| 2.2.1 试验动物与试验设计 | 第23页 |
| 2.2.2 饲养管理 | 第23-24页 |
| 2.2.3 试验基础日粮 | 第24页 |
| 2.2.4 采样方法 | 第24页 |
| 2.3 转录组测序样品的制备和检测 | 第24-25页 |
| 2.4 转录组测序 | 第25-29页 |
| 2.4.1 c DNA文库构建及Illumina测序 | 第25-26页 |
| 2.4.2 原始测序数据质量控制 | 第26-27页 |
| 2.4.3 转录组数据与参考基因组比对 | 第27页 |
| 2.4.4 基因表达水平分析 | 第27-28页 |
| 2.4.5 差异表达分析 | 第28-29页 |
| 2.4.6 生物信息学分析软件 | 第29页 |
| 2.5 荧光定量PCR验证基因表达 | 第29-33页 |
| 2.5.1 组织总RNA的提取、纯化及反转录 | 第29-30页 |
| 2.5.2 引物 | 第30-32页 |
| 2.5.3 qRT-PCR检测基因表达 | 第32-33页 |
| 2.6 细胞复苏和培养 | 第33页 |
| 2.7 细菌培养与处理 | 第33页 |
| 2.8 检测IPEC-J2细胞中LEPR基因表达水平 | 第33-34页 |
| 2.9 细胞毒性试验 | 第34页 |
| 2.10 解淀粉芽孢杆菌TL刺激IPEC-J2细胞试验 | 第34-36页 |
| 2.10.1 细胞总RNA提取步骤 | 第34-35页 |
| 2.10.2 RT-qPCR检测LEPR基因的表达 | 第35-36页 |
| 3 结果与分析 | 第36-52页 |
| 3.1 样品测序数据质量结果 | 第36-38页 |
| 3.2 Reads与参考基因组比对结果 | 第38页 |
| 3.3 Reads在参考基因组不同区域和染色体上的密度的分布情况 | 第38-39页 |
| 3.4 三组基因表达水平分析 | 第39-40页 |
| 3.5 RNA-seq相关性检测 | 第40-41页 |
| 3.6 差异表达基因筛选 | 第41-42页 |
| 3.7 差异表达基因聚类分析 | 第42-49页 |
| 3.7.1 差异表达基因Gene Ontology分析 | 第42-43页 |
| 3.7.2 独特表达基因Gene Ontology分析 | 第43-45页 |
| 3.7.3 差异表达基因KOG分析 | 第45-46页 |
| 3.7.4 差异表达基因KEGG分析 | 第46-49页 |
| 3.8 RT-qPCR验证RNA-seq结果 | 第49页 |
| 3.9 解淀粉芽孢杆菌TL刺激IPEC-J2细胞后LEPR mRNA表达水平变化 | 第49-52页 |
| 3.9.1 检测IPEC-J2（猪小肠上皮细胞）中LEPR基因表达量 | 第49-50页 |
| 3.9.2 细胞毒性试验 | 第50-51页 |
| 3.9.3 上清和菌体分别刺激后RT-q PCR结果 | 第51-52页 |
| 4 讨论 | 第52-58页 |
| 4.1 试验样本的挑选 | 第52页 |
| 4.2 基因表达水平分析 | 第52-53页 |
| 4.3 差异表达基因聚类分析 | 第53-58页 |
| 4.3.1 差异表达基因和独特表达基因GO（Gene Ontology）分析 | 第54页 |
| 4.3.2 差异表达基因KOG分析 | 第54-55页 |
| 4.3.3 差异表达基因KEGG分析 | 第55-58页 |
| 结论 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-68页 |
| 附录 | 第68-74页 |
| 致谢 | 第74页 |
