| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第10-19页 |
| 1.1 无脊椎动物的先天免疫 | 第10页 |
| 1.2 甲壳动物的防御系统 | 第10-13页 |
| 1.2.1 物理屏障 | 第10-11页 |
| 1.2.2 细胞免疫 | 第11页 |
| 1.2.3 体液免疫 | 第11-13页 |
| 1.3 转录组分析技术 | 第13-14页 |
| 1.4 免疫识别 | 第14-15页 |
| 1.4.1 病原相关分子模式(PAMPs) | 第14页 |
| 1.4.2 模式识别受体(PRRs) | 第14-15页 |
| 1.5 补体系统 | 第15-16页 |
| 1.6 本实验研究意义、内容及技术路线图 | 第16-19页 |
| 第二章 白斑综合症病毒刺激后罗氏沼虾淋巴器官的转录组分析 | 第19-38页 |
| 2.1 引言 | 第19-20页 |
| 2.2 材料和方法 | 第20-23页 |
| 2.2.1 实验动物的准备和WSSV的侵染 | 第20页 |
| 2.2.2 RNA提取,cDNA文库构建和测序 | 第20页 |
| 2.2.3 新的基因组装配和数据分析 | 第20-21页 |
| 2.2.4 差异表达的分析和功能注释 | 第21页 |
| 2.2.5 简单重复序列的识别与引物设计 | 第21页 |
| 2.2.6 使用qRT-PCR验证基因 | 第21-23页 |
| 2.3 实验结果 | 第23-33页 |
| 2.3.1 转录组测序和新的基因组装配 | 第23页 |
| 2.3.2 罗氏沼虾转录组序列的功能注释和分类 | 第23-27页 |
| 2.3.3 差异表达基因(DEGs)的鉴定和功能鉴定 | 第27-29页 |
| 2.3.4 差异表达基因(DEGs)的GO网络分析 | 第29-31页 |
| 2.3.5 简单序列重复的鉴定 | 第31-32页 |
| 2.3.6 通过qRT-PCR验证RNA序列的结果 | 第32-33页 |
| 2.4 讨论 | 第33-38页 |
| 第三章 纤维蛋白原相关蛋白在罗氏沼虾先天免疫中的功能研究 | 第38-63页 |
| 3.1 引言 | 第38-39页 |
| 3.2 材料和方法 | 第39-52页 |
| 3.2.1 实验动物、菌株和病毒 | 第39页 |
| 3.2.2 载体、试剂和仪器 | 第39-40页 |
| 3.2.3 主要实验试剂配方 | 第40-42页 |
| 3.2.4 罗氏沼虾的免疫刺激 | 第42-43页 |
| 3.2.5 总RNA的提取 | 第43页 |
| 3.2.6 cDNA的合成 | 第43-44页 |
| 3.2.7 罗氏沼虾MrFREP cDNA全长克隆 | 第44-46页 |
| 3.2.8 MrFREP的FReD结构域重组蛋白的表达和纯化 | 第46-48页 |
| 3.2.9 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析MrFREP的组织分布 | 第48页 |
| 3.2.10 MrFREP在mRNA水平上受病原刺激的表达模式 | 第48-49页 |
| 3.2.11 细菌结合实验 | 第49-50页 |
| 3.2.12 糖结合实验 | 第50页 |
| 3.2.13 细菌凝集实验 | 第50-51页 |
| 3.2.14 细菌清除实验 | 第51-52页 |
| 3.3 实验结果 | 第52-60页 |
| 3.3.1 MrFREP全长cDNA克隆和序列分析 | 第52-55页 |
| 3.3.2 MrFREP组织分布 | 第55页 |
| 3.3.3 MrFREP在白斑综合症病毒感染和弧菌刺激后虾体中的表达模式 | 第55-57页 |
| 3.3.4 MrFREP的FReD结构域的重组表达和纯化 | 第57页 |
| 3.3.5 MrFReD重组蛋白的细菌结合实验 | 第57-58页 |
| 3.3.6 MrFReD重组蛋白的糖结合实验 | 第58-59页 |
| 3.3.7 MrFReD重组蛋白的细菌凝集实验 | 第59页 |
| 3.3.8 MrFReD重组蛋白的细菌清除实验 | 第59-60页 |
| 3.4 讨论 | 第60-63页 |
| 第四章 罗氏沼虾中Kruppel样因子的克隆和功能研究 | 第63-80页 |
| 4.1 引言 | 第63页 |
| 4.2 材料和方法 | 第63-68页 |
| 4.2.1 实验动物、菌株和病毒 | 第63-64页 |
| 4.2.2 载体、试剂和仪器 | 第64页 |
| 4.2.3 主要实验试剂配方 | 第64页 |
| 4.2.4 罗氏沼虾的免疫刺激 | 第64页 |
| 4.2.5 总RNA的提取及cDNA的合成 | 第64-65页 |
| 4.2.6 罗氏沼虾MrKLF cDNA全长克隆 | 第65页 |
| 4.2.7 MrKLF重组蛋白的表达和纯化 | 第65页 |
| 4.2.8 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析MrKLF的组织分布 | 第65-66页 |
| 4.2.9 MrKLF在mRNA水平上的表达模式 | 第66页 |
| 4.2.10 RNA干扰实验(RNAi) | 第66-68页 |
| 4.3 实验结果 | 第68-78页 |
| 4.3.1 MrKLF的全长cDNA克隆序列分析 | 第68-72页 |
| 4.3.2 MrKLF的组织分布 | 第72页 |
| 4.3.3 MrKLF在白斑综合症病毒感染和弧菌刺激后虾体中的表达模式 | 第72-75页 |
| 4.3.4 MrKLF重组表达和纯化 | 第75-76页 |
| 4.3.5 MnKLF的RNA干扰实验和基因沉默后对抗菌肽表达的影响 | 第76-78页 |
| 4.4 讨论 | 第78-80页 |
| 结论 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-91页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第91-92页 |
| 致谢 | 第92页 |
