| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 1 文献综述 | 第13-23页 |
| 1.1 家蚕病原微生物及宿主免疫 | 第13-17页 |
| 1.1.1 常见的家蚕病原微生物 | 第13页 |
| 1.1.2 黑胸败血芽胞杆菌及其研究进展 | 第13-14页 |
| 1.1.3 细菌感染宿主模式 | 第14-16页 |
| 1.1.4 昆虫的宿主免疫反应 | 第16页 |
| 1.1.5 与免疫相关的昆虫器官 | 第16-17页 |
| 1.2 转录组测序 | 第17-18页 |
| 1.2.1 转录组测序介绍 | 第17页 |
| 1.2.2 链特异性RNA测序技术 | 第17-18页 |
| 1.3 转录组测序的应用 | 第18-23页 |
| 1.3.1 转录组测序用于研究基因表达量 | 第18-19页 |
| 1.3.2 转录组测序用于研究长链非编码RNA | 第19-20页 |
| 1.3.3 转录组测序用于研究调控网络 | 第20-23页 |
| 2 引言 | 第23-25页 |
| 2.1 研究背景与目的意义 | 第23页 |
| 2.2 主要研究内容 | 第23-24页 |
| 2.3 研究技术路线 | 第24-25页 |
| 3 家蚕DZ品种毒素处理及转录组测序 | 第25-31页 |
| 3.1 实验材料与方法 | 第25-27页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第25页 |
| 3.1.2 主要仪器 | 第25页 |
| 3.1.3 相关软件与版本 | 第25页 |
| 3.1.4 毒素处理与材料收集 | 第25-26页 |
| 3.1.5 文库构建以及测序 | 第26页 |
| 3.1.6 转录组数据预处理 | 第26页 |
| 3.1.7 基于基因组的序列比对 | 第26页 |
| 3.1.8 转录本完整性评估 | 第26-27页 |
| 3.2 实验结果 | 第27-29页 |
| 3.2.1 数据质量符合后续分析要求 | 第27-28页 |
| 3.2.2 数据的特征 | 第28-29页 |
| 3.3 小结与讨论 | 第29-31页 |
| 4 α毒素诱导家蚕的全基因组免疫应答 | 第31-45页 |
| 4.1 实验材料和方法 | 第31-34页 |
| 4.1.1 数据 | 第31页 |
| 4.1.2 相关软件和版本 | 第31页 |
| 4.1.3 比对到参考基因组 | 第31页 |
| 4.1.4 多比对位点的重新分配 | 第31-32页 |
| 4.1.5 基因表达量的计算与转换 | 第32页 |
| 4.1.6 基因表达量的主成分分析 | 第32页 |
| 4.1.7 鉴定差异表达的基因 | 第32页 |
| 4.1.8 差异基因的荧光定量PCR验证 | 第32-34页 |
| 4.1.9 基因表达量聚类 | 第34页 |
| 4.2 实验结果 | 第34-43页 |
| 4.2.1 比对情况统计 | 第34-35页 |
| 4.2.2 基因数字表达谱 | 第35-37页 |
| 4.2.3 差异基因的鉴定结果以及组织分布 | 第37-40页 |
| 4.2.4 差异基因的表达模式聚类结果 | 第40-41页 |
| 4.2.5 差异基因的荧光定量qRT-PCR验证 | 第41页 |
| 4.2.6 差异基因的功能富集 | 第41-43页 |
| 4.3 小结与讨论 | 第43-45页 |
| 5 长链非编码RNA分析 | 第45-51页 |
| 5.1 实验材料和方法 | 第45-47页 |
| 5.1.1 数据 | 第45页 |
| 5.1.2 相关软件和版本 | 第45页 |
| 5.1.3 比对到参考数据集 | 第45页 |
| 5.1.4 lncRNAs表达量的计算与转换 | 第45页 |
| 5.1.5 鉴定差异lncRNAs | 第45-46页 |
| 5.1.6 差异lncRNA的荧光定量PCR验证 | 第46页 |
| 5.1.7 计算基因以及lncRNAs的组织特异性 | 第46-47页 |
| 5.2 实验结果 | 第47-50页 |
| 5.2.1 lncRNA数字表达谱 | 第47页 |
| 5.2.2 差异表达lncRNA鉴定 | 第47-48页 |
| 5.2.3 差异lncRNA的荧光定量qRT-PCR验证 | 第48-49页 |
| 5.2.4 差异表达lncRNA的特征 | 第49-50页 |
| 5.3 小结与讨论 | 第50-51页 |
| 6 基因与lncRNA调控关系预测 | 第51-57页 |
| 6.1 实验材料和方法 | 第51-52页 |
| 6.1.1 数据来源 | 第51页 |
| 6.1.2 相关软件和版本 | 第51页 |
| 6.1.3 数据处理与过滤 | 第51页 |
| 6.1.4 网络构建和模块识别 | 第51页 |
| 6.1.5 网络内集群分析 | 第51页 |
| 6.1.6 模块内基因的功能富集 | 第51-52页 |
| 6.2 实验结果 | 第52-56页 |
| 6.2.1 全部基因以及lncRNA的共表达网络 | 第52-54页 |
| 6.2.2 集群情况统计 | 第54-55页 |
| 6.2.3 模块的功能富集 | 第55-56页 |
| 6.3 小结与讨论 | 第56-57页 |
| 7 综合与结论 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-68页 |
| 硕士期间论文发表情况 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69页 |