| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 菌种名称说明 | 第10-15页 |
| 第一章 前言 | 第15-51页 |
| 1.1 黄单胞菌属简介 | 第15-18页 |
| 1.2 黄单胞菌致病因子简介 | 第18-26页 |
| 1.2.1 胞外多糖 | 第18-19页 |
| 1.2.2 脂多糖 | 第19页 |
| 1.2.3 粘附素 | 第19-20页 |
| 1.2.4 与致病性相关的蛋白分泌系统 | 第20-26页 |
| 1.3 黄单胞菌致病性调控网络 | 第26-36页 |
| 1.3.1 Hrp调控系统 | 第26-29页 |
| 1.3.2 sRNA对基因的调控 | 第29页 |
| 1.3.3 RsmA对致病性基因的转录后调控 | 第29-30页 |
| 1.3.4 其它调控系统 | 第30-36页 |
| 1.4 GntR家族转录调控因子简介 | 第36-40页 |
| 1.4.1 HTH调控因子 | 第36页 |
| 1.4.2 GntR家族调控因子 | 第36-38页 |
| 1.4.3 YtrA亚家族调控因子 | 第38-40页 |
| 1.5 Rpf/DSF细胞-细胞间信号传导系统简介 | 第40-50页 |
| 1.5.1 rpf基因簇和信号传导系统 | 第40-44页 |
| 1.5.2 rpf基因簇和DSF信号传导系统在xanthomonad中的保守性 | 第44页 |
| 1.5.3 DSF信号的关键结构特征 | 第44-46页 |
| 1.5.4 DSF信号合成的调控 | 第46页 |
| 1.5.5 Xcc中DSF信号传导与生物膜形成 | 第46-47页 |
| 1.5.6 第二信使cyclic di-GMP在DSF信号传导中的作用 | 第47-49页 |
| 1.5.7 RpfG在信号传导中其它功能 | 第49-50页 |
| 1.6 研究的目的 | 第50-51页 |
| 第二章 材料和方法 | 第51-72页 |
| 2.1 生物学材料和方法 | 第51-55页 |
| 2.1.1 菌株和质粒 | 第51-53页 |
| 2.1.2 引物 | 第53-54页 |
| 2.1.3 常用抗生素 | 第54-55页 |
| 2.2 植株实验 | 第55-57页 |
| 2.2.1 植物接种和致病性检测 | 第55页 |
| 2.2.2 Xcc在非宿主植物上过敏反应(HR)的检测 | 第55页 |
| 2.2.3 电解质渗漏实验 | 第55-56页 |
| 2.2.4 Xcc在宿主中生长繁殖的检测 | 第56页 |
| 2.2.5 原位组织染色 | 第56-57页 |
| 2.3 胞外酶的检测 | 第57-58页 |
| 2.3.1 甘露聚糖酶的平板检测 | 第57页 |
| 2.3.2 胞外纤维素酶的平板检测 | 第57-58页 |
| 2.4 细菌运动性的测定 | 第58页 |
| 2.5 β-葡糖醛酸酶(GUS)活性检测 | 第58页 |
| 2.6 分子生物学常用实验方法 | 第58-69页 |
| 2.6.1 溶液、缓冲液和试剂 | 第58-59页 |
| 2.6.2 质粒DNA的提取 | 第59-60页 |
| 2.6.3 Xcc基因组DNA的提取 | 第60页 |
| 2.6.4 DNA的酶切 | 第60页 |
| 2.6.5 琼脂糖凝胶电泳 | 第60-61页 |
| 2.6.6 试剂盒胶回收DNA片段 | 第61页 |
| 2.6.7 DNA连接 | 第61-62页 |
| 2.6.8 质粒DNA的转化 | 第62页 |
| 2.6.9 三亲本结合转移质粒 | 第62页 |
| 2.6.10 突变体构建原理及方法 | 第62-65页 |
| 2.6.11 Xcc总RNA的提取 | 第65页 |
| 2.6.12 RNA的质量与浓度检测 | 第65-66页 |
| 2.6.13 总RNA的DNase再处理 | 第66页 |
| 2.6.14 RNA的浓缩及纯化 | 第66-67页 |
| 2.6.15 cDNA的合成 | 第67页 |
| 2.6.16 PCR扩增反应 | 第67-68页 |
| 2.6.17 荧光定量PCR | 第68-69页 |
| 2.7 RNA-Seq | 第69-72页 |
| 2.7.1 RNA-Seq所需的RNA样品的准备 | 第69页 |
| 2.7.2 建库与测序 | 第69页 |
| 2.7.3 序列比对和可视化 | 第69页 |
| 2.7.4 转录水平的定量及差异表达的分析 | 第69页 |
| 2.7.5 Prodigal对新基因的预测 | 第69-72页 |
| 第三章 十字花科黑腐病菌致病相关的gntR基因hpaR1的鉴定及其功能研究 | 第72-81页 |
| 3.1 引言 | 第72页 |
| 3.2 实验结果 | 第72-80页 |
| 3.2.1 预测的6个GntR调控因子属于3个不同的亚家族 | 第72-73页 |
| 3.2.2 突变预测的gntR基因 | 第73页 |
| 3.2.3 其中一个GntR成员与致病性和HR反应相关 | 第73-76页 |
| 3.2.4 在实验室培养基中HpaR1负向影响hrp基因的表达 | 第76-78页 |
| 3.2.5 在植物中HpaR1正向影响hrp基因的表达 | 第78-80页 |
| 3.2.6 HpaR1通过hrpG调控hrp基因的表达 | 第80页 |
| 3.3 小结 | 第80-81页 |
| 第四章 十字花科黑腐病菌受Rpf/DSF信号传导系统中响应调节因子RpfG调控的新致病因子的鉴定 | 第81-121页 |
| 4.1 引言 | 第81-86页 |
| 4.1.1 Xanthomonad中Rpf/DSF调控系统的复杂性 | 第81-83页 |
| 4.1.2 RNA-seq简介 | 第83-84页 |
| 4.1.3 研究目的 | 第84-86页 |
| 4.2 实验结果 | 第86-120页 |
| 4.2.1 高质量测序样品的制备 | 第86-88页 |
| 4.2.2 Xcc野生型菌株8004和rpfG突变体整体测序结果 | 第88页 |
| 4.2.3 Xcc野生型菌株8004中新基因的预测 | 第88-96页 |
| 4.2.4 rpfG突变体中差异表达基因的鉴定 | 第96-103页 |
| 4.2.5 RNA-Seq中差异表达基因的验证 | 第103-108页 |
| 4.2.6 受RpfG调控的新的致病相关基因的鉴定 | 第108-120页 |
| 4.3 小结 | 第120-121页 |
| 第五章 讨论 | 第121-133页 |
| 5.1 关于转录调控因子HpaR1相关工作的讨论 | 第121-122页 |
| 5.2 关于响应调节因子RpfG相关工作的讨论 | 第122-133页 |
| 5.2.1 Xcc转录谱特征 | 第123-124页 |
| 5.2.2 RpfG调控元及受RpfG调控的新的致病相关基因的鉴定 | 第124-128页 |
| 5.2.3 本研究的局限性及今后工作的展望 | 第128-133页 |
| 参考文献 | 第133-154页 |
| 附录 | 第154-258页 |
| 致谢 | 第258-259页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第259页 |
