基因组重测序作物的新转座子鉴定及特征分析
| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1. 文献综述 | 第9-16页 |
| 1.1 水稻、玉米和高粱基因组测序概况 | 第9页 |
| 1.2 转座子及其分类 | 第9-11页 |
| 1.3 转座了与植物基因进化 | 第11-13页 |
| 1.4 转座了的应用 | 第13页 |
| 1.5 全基因组转座了研究进展 | 第13-15页 |
| 1.6 本研究的目的、意义 | 第15-16页 |
| 2. 数据和方法 | 第16-19页 |
| 2.1 数据来源 | 第16页 |
| 2.1.1 重测序数据以及SNPs数据 | 第16页 |
| 2.1.2 转座子数据 | 第16页 |
| 2.1.3 参考基因组以及注释版本 | 第16页 |
| 2.2 基因组新转座子的鉴定流程 | 第16-18页 |
| 2.2.1 分析参考基因组已有的转座子 | 第17页 |
| 2.2.2 短序列比对 | 第17页 |
| 2.2.3 鉴定新转座子 | 第17-18页 |
| 2.3 新鉴定转座了的全基因组特征分析 | 第18-19页 |
| 2.3.1 转座子分类 | 第18页 |
| 2.3.2 RPKM计算 | 第18页 |
| 2.3.3 染色体分布 | 第18-19页 |
| 2.3.4 基因功能注释 | 第19页 |
| 3. 结果 | 第19-39页 |
| 3.1 水稻、玉米和高粱参考基因组的转座子 | 第19-21页 |
| 3.2 基于作物重测序数据预测新转座子 | 第21-23页 |
| 3.3 新鉴定的转座子在不同材料之间的共享 | 第23-26页 |
| 3.4 作物中新鉴定转座子的分类 | 第26-30页 |
| 3.4.1 新鉴定转座子的一级分类 | 第26-28页 |
| 3.4.2 新鉴定转座子的二级分类 | 第28-29页 |
| 3.4.3 新鉴定的转座子种类的RPKM值分析 | 第29-30页 |
| 3.5 作物中新鉴定的转座子的染色体分布 | 第30-32页 |
| 3.6 作物中新鉴定的转座子插入对基因的影响 | 第32-35页 |
| 3.7 受新鉴定转座子影响基因的功能注释 | 第35-39页 |
| 4. 讨论 | 第39-43页 |
| 4.1 基于重测序数据新鉴定基因组中的转座子 | 第39页 |
| 4.2 不同作物之间的转座子差异 | 第39-40页 |
| 4.3 同一作物不同群体之间的新鉴定转座子差异 | 第40-41页 |
| 4.4 作物中新鉴定的转座子对基因的影响 | 第41-43页 |
| 5. 附件 | 第43-61页 |
| 参考文献 | 第61-65页 |
| 致谢 | 第65页 |
