| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-16页 |
| 1.1 引言 | 第11-14页 |
| 1.1.1 动态蛋白质网络 | 第11-12页 |
| 1.1.2 动态蛋白质复合物挖掘 | 第12-13页 |
| 1.1.3 跨物种相互作用组的比较 | 第13-14页 |
| 1.2 本文研究工作与创新 | 第14-15页 |
| 1.3 本文组织结构 | 第15-16页 |
| 第二章 动态蛋白质复合物挖掘与相互作用组的比较研究 | 第16-25页 |
| 2.1 蛋白质网络的拓扑特性研究 | 第16-20页 |
| 2.1.1 网络结构特征的度量指标 | 第16-18页 |
| 2.1.2 蛋白质网络的系统化特征 | 第18-19页 |
| 2.1.3 蛋白质网络结点的动态性分析 | 第19-20页 |
| 2.2 动态蛋白质网络的构建及其应用 | 第20-23页 |
| 2.2.1 动态蛋白质网络的构建 | 第20-21页 |
| 2.2.2 动态蛋白质复合物识别算法 | 第21-23页 |
| 2.3 跨物种蛋白质相互作用组的比较方法 | 第23-25页 |
| 第三章 基于亲和度和基因共表达模型的加权动态蛋白质网络研究 | 第25-43页 |
| 3.1 引言 | 第25-26页 |
| 3.2 蛋白质活性识别与TEPIN网络构建 | 第26-28页 |
| 3.2.1 蛋白质活性时间点识别 | 第26-27页 |
| 3.2.2 TEPIN网络构建 | 第27-28页 |
| 3.3 基于亲和度模型和基因共表达的加权策略 | 第28-29页 |
| 3.4 实验框架及评估标准 | 第29-32页 |
| 3.4.1 实验框架 | 第29-30页 |
| 3.4.2 数据集 | 第30-31页 |
| 3.4.3 评估指标 | 第31-32页 |
| 3.5 实验结果分析及讨论 | 第32-41页 |
| 3.5.1 网络属性分析 | 第32页 |
| 3.5.2 与已知复合物的比较 | 第32-35页 |
| 3.5.3 特异性与敏感性分析 | 第35-37页 |
| 3.5.4 功能富集性分析 | 第37-40页 |
| 3.5.5 复合物动态演变过程示例 | 第40-41页 |
| 3.6 本章小结 | 第41-43页 |
| 第四章 基于动态核依附特性的蛋白质复合物挖掘算法研究 | 第43-57页 |
| 4.1 引言 | 第43页 |
| 4.2 基于动态核依附特性的蛋白质复合物挖掘 | 第43-45页 |
| 4.2.1 复合物的动态核依附特征 | 第43-44页 |
| 4.2.2 DCA算法思想 | 第44-45页 |
| 4.2.3 DCA实现步骤 | 第45页 |
| 4.3 实验结果分析及讨论 | 第45-55页 |
| 4.3.1 数据集 | 第47页 |
| 4.3.2 识别复合物的统计属性 | 第47-48页 |
| 4.3.3 准确性度量 | 第48-50页 |
| 4.3.4 HF-measure度量 | 第50-51页 |
| 4.3.5 P-value值统计分析 | 第51-55页 |
| 4.4 本章小结 | 第55-57页 |
| 第五章 跨物种保守蛋白质复合物识别与功能进化研究 | 第57-68页 |
| 5.1 引言 | 第57页 |
| 5.2 实验数据集 | 第57-58页 |
| 5.3 跨物种保守复合物识别 | 第58-62页 |
| 5.3.1 保守复合物识别算法 | 第58页 |
| 5.3.2 保守复合物识别结果分析 | 第58-62页 |
| 5.4 保守复合物功能进化分析 | 第62-67页 |
| 5.4.1 保守蛋白质复合物与物种复合物比对 | 第62-64页 |
| 5.4.2 跨物种保守蛋白质复合物功能进化富集性分析 | 第64-67页 |
| 5.5 本章小结 | 第67-68页 |
| 第六章 总结与展望 | 第68-71页 |
| 6.1 本文总结 | 第68-69页 |
| 6.2 展望 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-80页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文和参与的项目 | 第80-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
