| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-15页 |
| 第1章 文献综述 | 第16-28页 |
| 1 油菜菌核病 | 第16-19页 |
| 1.1 油菜菌核病的发生与危害 | 第16页 |
| 1.2 油菜抗菌核病研究进展 | 第16-19页 |
| 1.2.1 油菜菌核病的抗性研究 | 第16-17页 |
| 1.2.2 油菜菌核病的抗性遗传 | 第17-18页 |
| 1.2.3 油菜抗菌核病基因的研究 | 第18-19页 |
| 2 植物microRNAs | 第19-26页 |
| 2.1 miRNAs的形成和作用机制 | 第19-20页 |
| 2.2 miRNAs的研究方法 | 第20-22页 |
| 2.2.1 高通量测序 | 第20-21页 |
| 2.2.2 降解组测序 | 第21-22页 |
| 2.3 miRNAs的生物学功能研究 | 第22-25页 |
| 2.3.1 参与植物生长发育过程 | 第22-23页 |
| 2.3.2 参与植物环境胁迫应答 | 第23-24页 |
| 2.3.3 参与植物免疫 | 第24-25页 |
| 2.4 油菜miRNAs的研究进展 | 第25-26页 |
| 3 本研究的目的和意义 | 第26-27页 |
| 4 技术路线 | 第27-28页 |
| 第2章 菌核病胁迫下甘蓝型油菜的转录组及miRNA测序分析 | 第28-62页 |
| 1 引言 | 第28页 |
| 2 材料和方法 | 第28-36页 |
| 2.1 植物材料和菌株 | 第28页 |
| 2.2 主要试剂 | 第28-29页 |
| 2.3 主要仪器和设备 | 第29页 |
| 2.4 使用的数据库和软件 | 第29页 |
| 2.5 RNA提取与检测 | 第29-30页 |
| 2.6 miRNA测序 | 第30-31页 |
| 2.6.1 小分子RNA文库的构建、测序及数据预处理 | 第30页 |
| 2.6.2 已知的和新的miRNAs鉴定及其靶基因的预测 | 第30页 |
| 2.6.3 差异表达miRNAs及其靶基因的功能分析 | 第30-31页 |
| 2.7 转录组测序 | 第31-32页 |
| 2.7.1 转录组文库的构建、测序及数据预处理 | 第31页 |
| 2.7.2 基因的表达丰度统计和差异表达分析 | 第31-32页 |
| 2.7.3 差异表达基因的功能注释 | 第32页 |
| 2.8 降解组测序 | 第32页 |
| 2.8.1 降解组文库的构建及测序 | 第32页 |
| 2.8.2 靶基因的预测及降解位点分析 | 第32页 |
| 2.8.3 靶基因的功能注释 | 第32页 |
| 2.9 抗病性相关miRNAs和基因鉴定 | 第32-33页 |
| 2.10 qRT-PCR验证测序结果的准确性 | 第33-36页 |
| 2.10.1 引物设计 | 第33-34页 |
| 2.10.2 差异表达miRNAs的qRT-PCR验证 | 第34-35页 |
| 2.10.3 差异表达基因的qRT-PCR验证 | 第35-36页 |
| 3 结果与分析 | 第36-56页 |
| 3.1 miRNA测序挖掘甘蓝型油菜菌核病抗性相关miRNAs | 第36-41页 |
| 3.1.1 miRNA测序基本数据 | 第36-38页 |
| 3.1.2 已知miRNAs的鉴定 | 第38-39页 |
| 3.1.3 新miRNAs的鉴定 | 第39页 |
| 3.1.4 miRNAs的差异表达分析 | 第39-40页 |
| 3.1.5 差异表达miRNAs靶基因的预测和功能注释 | 第40-41页 |
| 3.2 转录组测序发掘甘蓝型油菜菌核病胁迫抗性相关靶基因 | 第41-47页 |
| 3.2.1 转录组测序基本数据 | 第41-42页 |
| 3.2.2 差异表达基因的分析 | 第42-43页 |
| 3.2.3 差异表达基因的功能注释 | 第43-47页 |
| 3.3 降解组测序分析甘蓝型油菜菌核病抗性相关miRNAs的靶基因 | 第47-54页 |
| 3.3.1 降解组测序基本数据 | 第47-48页 |
| 3.3.2 降解位点的鉴定及分类 | 第48-54页 |
| 3.4 甘蓝型油菜菌核病抗性相关miRNAs和基因的鉴定 | 第54-55页 |
| 3.4.1 miRNA测序和转录组测序共有的差异表达基因分析 | 第54页 |
| 3.4.2 转录组测序特有的差异表达基因分析 | 第54-55页 |
| 3.5 qRT-PCR验证测序结果准确性 | 第55-56页 |
| 4 讨论 | 第56-59页 |
| 4.1 菌核病胁迫下甘蓝型油菜茎秆的miRNA、转录组以及降解组测序 | 第56-58页 |
| 4.2 甘蓝型油菜菌核病抗性相关miRNAs和基因 | 第58-59页 |
| 5 小结 | 第59-62页 |
| 第3章 菌核病胁迫下甘蓝型油菜不同抗性材料的miRNA测序分析 | 第62-96页 |
| 1 引言 | 第62页 |
| 2 材料和方法 | 第62-66页 |
| 2.1 植物材料和菌株 | 第62页 |
| 2.2 主要试剂 | 第62页 |
| 2.3 主要仪器和设备 | 第62页 |
| 2.4 使用的数据库和软件 | 第62页 |
| 2.5 RNA提取与检测 | 第62-63页 |
| 2.6 miRNA测序 | 第63-65页 |
| 2.6.1 小分子RNA文库构建、测序及生物信息学分析 | 第63页 |
| 2.6.2 已知miRNAs的鉴定 | 第63-64页 |
| 2.6.3 新miRNAs的鉴定 | 第64页 |
| 2.6.4 miRNA的差异表达分析 | 第64页 |
| 2.6.5 miRNA靶基因的预测 | 第64页 |
| 2.6.6 GO和KEGG分析 | 第64-65页 |
| 2.6.7 miRNAs与其对应靶基因互作图的绘制 | 第65页 |
| 2.7 差异表达miRNAs及其靶基因的qRT-PCR表达验证 | 第65-66页 |
| 3 结果与分析 | 第66-87页 |
| 3.1 甘蓝型油菜miRNA测序基本数据 | 第66-68页 |
| 3.2 已知miRNAs的鉴定 | 第68-70页 |
| 3.3 新miRNAs的鉴定 | 第70-74页 |
| 3.4 miRNA的差异表达分析 | 第74-75页 |
| 3.5 差异表达miRNA靶基因的预测 | 第75-77页 |
| 3.6 差异表达miRNA靶基因的功能注释 | 第77-80页 |
| 3.7 差异表达miRNAs及其靶基因的验证 | 第80-87页 |
| 3.7.1 qRT-PCR验证差异表达miRNAs及其靶基因 | 第80-86页 |
| 3.7.2 转录组测序验证测序结果的准确性 | 第86-87页 |
| 4 讨论 | 第87-93页 |
| 4.1 试验材料体系分析 | 第87页 |
| 4.2 菌核病胁迫下甘蓝型油菜茎秆的高通量测序 | 第87-88页 |
| 4.3 油菜菌核病胁迫下miRNAs介导的抗病防御调控网络 | 第88-92页 |
| 4.3.1 抗病基因 | 第88-89页 |
| 4.3.2 miRNAs介导的植物激素信号转导过程 | 第89-90页 |
| 4.3.3 miRNAs介导的植物防御和免疫响应过程 | 第90-91页 |
| 4.3.4 miRNAs介导的木质素生物合成途径 | 第91-92页 |
| 4.4 miRNAs介导的甘蓝型油菜菌核病抗病机制探讨 | 第92-93页 |
| 5 小结 | 第93-96页 |
| 参考文献 | 第96-106页 |
| 附录 | 第106-116页 |
| 致谢 | 第116-118页 |
| 在校期间发表论文情况 | 第118页 |
