拟南芥种子发育过程小RNA深度测序数据的分析
| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 前言 | 第10-12页 |
| 1 文献综述 | 第12-24页 |
| ·植物miRNA | 第12-17页 |
| ·miRNA的生物合成 | 第12-14页 |
| ·植物miRNA的作用机制 | 第14-15页 |
| ·植物miRNA的功能 | 第15-17页 |
| ·miRNA调控着植物器官的形态建成 | 第15-16页 |
| ·miRNA参与生长激素信号传导 | 第16页 |
| ·miRNA参与植物抗逆反应 | 第16-17页 |
| ·miRNA参与自身代谢的反馈调节 | 第17页 |
| ·植物siRNA | 第17-19页 |
| ·高通量测序技术 | 第19-23页 |
| ·高通量测序技术进展 | 第19-21页 |
| ·Roche 454测序技术 | 第19-20页 |
| ·Illumina Solexa测序技术 | 第20页 |
| ·ABI SOLiD测序技术 | 第20-21页 |
| ·高通量测序技术的应用 | 第21-23页 |
| ·新技术对植物小RNA研究的推动 | 第23-24页 |
| 2 材料与方法 | 第24-28页 |
| ·深度测序数据来源 | 第24页 |
| ·测序数据分析 | 第24-28页 |
| ·数据预处理 | 第24-25页 |
| ·读段与基因组比对 | 第25页 |
| ·小RNA注释分类 | 第25页 |
| ·预测新microRNA及其靶基因 | 第25-26页 |
| ·microRNA表达模式分析 | 第26页 |
| ·microRNA差异表达分析 | 第26-27页 |
| ·microRNA的表达模式聚类分析 | 第27页 |
| ·新miRNA与其靶基因表达相关性分析 | 第27-28页 |
| 3 结果与分析 | 第28-40页 |
| ·小RNA序列的基本情况 | 第28页 |
| ·小RNA的长度及种类分布 | 第28-30页 |
| ·拟南芥已知miRNA的鉴定 | 第30-31页 |
| ·新miRNA及其靶基因 | 第31-34页 |
| ·miRNA表达模式分析 | 第34-36页 |
| ·新预测的miRNA与其靶基因间的表达相关性分析 | 第36-40页 |
| 4 结论与讨论 | 第40-43页 |
| ·深度测序技术的可行性 | 第40页 |
| ·拟南芥小RNA | 第40-41页 |
| ·拟南芥的已知miRNA | 第41-42页 |
| ·拟南芥的新miRNA及其靶基因 | 第42-43页 |
| 参考文献 | 第43-48页 |
| 附录 | 第48-67页 |
| 附录Ⅰ 已知miRNA及其miRNA~* | 第48-53页 |
| 附录Ⅱ 新miRNA的前体及其回环结构 | 第53-60页 |
| 附录Ⅲ 新miRNA的靶基因预测 | 第60-67页 |
| 致谢 | 第67页 |
