拟南芥种子发育过程转录组深度测序数据的分析
| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 引言 | 第11-13页 |
| 文献综述 | 第13-37页 |
| 1 新一代测序技术 | 第13-27页 |
| ·测序技术的发展 | 第13-14页 |
| ·新一代测序技术的基本原理和比较 | 第14-19页 |
| ·新一代测序技术的应用 | 第19-23页 |
| ·新一代测序技术的生物信息学分析工具 | 第23-27页 |
| 2 转录组分析技术 | 第27-32页 |
| ·转录组分析技术平台 | 第27-30页 |
| ·RNA-Seq 数据分析的一般流程 | 第30-32页 |
| 3 拟南芥种子发育 | 第32-37页 |
| ·拟南芥胚的发育及其相关基因 | 第33-35页 |
| ·拟南芥胚乳的发育及其相关基因 | 第35-36页 |
| ·拟南芥种皮的发育 | 第36-37页 |
| 材料与方法 | 第37-43页 |
| 1 深度测序数据来源 | 第37页 |
| 2 深度测序数据在基因组中的定位 | 第37-39页 |
| ·数据格式转换 | 第37-38页 |
| ·去除杂质序列 | 第38-39页 |
| ·读段在参考基因组中的定位 | 第39页 |
| 3 基因表达水平估计 | 第39页 |
| 4 基因结构注释的修正 | 第39-40页 |
| 5 新基因的预测 | 第40页 |
| 6 基因差异表达分析 | 第40-43页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第40-41页 |
| ·差异表达基因的聚类分析 | 第41页 |
| ·GO 功能分析 | 第41-43页 |
| 结果与分析 | 第43-53页 |
| 1 读段的定位结果 | 第43-46页 |
| ·读段在参考基因组上的定位概况 | 第43-44页 |
| ·读段在染色体上的分布 | 第44-46页 |
| 2 基因结构注释的修正 | 第46-47页 |
| 3 新基因的预测 | 第47-49页 |
| 4 差异表达基因功能分析 | 第49-53页 |
| 讨论 | 第53-59页 |
| 1 深度测序读段处理的挑战 | 第53-54页 |
| 2 转录组测序与基因芯片技术 | 第54-55页 |
| 3 差异表达基因的分析 | 第55页 |
| 4 种子成熟关键调控基因互作网络 | 第55-59页 |
| 参考文献 | 第59-68页 |
| 致谢 | 第68页 |
