| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 1 绪论 | 第9-15页 |
| ·课题研究的背景及意义 | 第9-10页 |
| ·蛋白质三维结构相似性比较概述 | 第10-13页 |
| ·从空间特征分布角度比较蛋白质三维结构 | 第11页 |
| ·从拓扑角度比较蛋白质三维结构 | 第11-12页 |
| ·从几何特征角度比较蛋白质三维结构 | 第12-13页 |
| ·本研究主要研究内容及组织结构 | 第13-15页 |
| 2 基于曲线拟合蛋白质三维结构 | 第15-23页 |
| ·蛋白质三维结构相似性比较模型 | 第15-16页 |
| ·常用数据库及数据处理 | 第16-19页 |
| ·常用蛋白质数据库 | 第16-18页 |
| ·数据库分析及处理 | 第18-19页 |
| ·曲线拟合 | 第19-20页 |
| ·Cα骨架原子 | 第19页 |
| ·SSEs | 第19-20页 |
| ·结果与讨论 | 第20-22页 |
| ·本章小结 | 第22-23页 |
| 3 基于几何特征构建距离矩阵 | 第23-27页 |
| ·特征选取与计算 | 第23-24页 |
| ·曲率 | 第23-24页 |
| ·挠率 | 第24页 |
| ·构建距离矩阵 | 第24-25页 |
| ·结果与讨论 | 第25-26页 |
| ·本章小结 | 第26-27页 |
| 4 基于几何特征的蛋白质三维结构比较 | 第27-37页 |
| ·蛋白质三维结构局部比较算法 | 第27-31页 |
| ·Smith-Waterman 算法 | 第27-29页 |
| ·空位罚分 | 第29-30页 |
| ·包含空位罚分的Smith-Waterman 算法 | 第30-31页 |
| ·局部比较结果与讨论 | 第31页 |
| ·基于最小二乘解的叠加算法 | 第31-36页 |
| ·奇异值分解 | 第32页 |
| ·基于最小二乘解的叠加算法 | 第32-35页 |
| ·RMSD | 第35页 |
| ·叠加结果与讨论 | 第35-36页 |
| ·本章小结 | 第36-37页 |
| 5 蛋白质三维结构相似性比较实现 | 第37-44页 |
| ·开发环境及实验平台 | 第37-39页 |
| ·Eclipse 平台 | 第37页 |
| ·Java 3D 技术 | 第37-39页 |
| ·蛋白质三维结构相似性比较软件工具功能分析 | 第39-43页 |
| ·软件工具登录界面 | 第39-40页 |
| ·软件工具测试 | 第40-43页 |
| ·本章小结 | 第43-44页 |
| 6 总结与展望 | 第44-45页 |
| ·总结 | 第44页 |
| ·展望 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-48页 |
| 攻读硕士学位期间所发表的学术论文 | 第48-49页 |
| 附录 | 第49-53页 |
| 致谢 | 第53页 |