| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 前言 | 第10-18页 |
| 1.1 研究目的与意义 | 第10页 |
| 1.2 分子标记开发与应用研究进展 | 第10-15页 |
| 1.2.1 分子标记的发展 | 第11-12页 |
| 1.2.2 SNP概述 | 第12页 |
| 1.2.3 SNP的开发、检测与应用 | 第12-13页 |
| 1.2.4 分子标记技术在遗传多样性研究中的应用 | 第13-15页 |
| 1.3 我国针茅属植物遗传多样性研究动态 | 第15-16页 |
| 1.4 研究内容与目标 | 第16-18页 |
| 第二章 材料与方法 | 第18-24页 |
| 2.1 样本采集 | 第18-19页 |
| 2.2 转录组测序及分析 | 第19页 |
| 2.3 SNP引物设计及筛选 | 第19-21页 |
| 2.3.1 植物基因组DNA提取 | 第19页 |
| 2.3.2 引物设计 | 第19-21页 |
| 2.3.3 引物筛选及验证 | 第21页 |
| 2.4 遗传多样性分析 | 第21-24页 |
| 2.4.1 提取DNA | 第21页 |
| 2.4.2 PCR扩增及常规测序 | 第21-22页 |
| 2.4.3 SNP数据整理与统计 | 第22页 |
| 2.4.4 遗传多样性分析方法 | 第22-24页 |
| 第三章 研究结果 | 第24-41页 |
| 3.1 转录组测序及组装结果 | 第24-29页 |
| 3.1.1 RNA质量检测结果 | 第24-25页 |
| 3.1.2 转录组测序数据输出 | 第25-26页 |
| 3.1.3 转录组组装结果 | 第26-27页 |
| 3.1.4 转录组功能注释结果 | 第27页 |
| 3.1.5 SNP识别结果 | 第27-29页 |
| 3.2 SNP标记开发 | 第29-30页 |
| 3.2.1 DNA提取及质量检测 | 第29-30页 |
| 3.2.2 SNP引物筛选 | 第30页 |
| 3.2.3 退火温度的确定 | 第30页 |
| 3.3 基于SNP位点的短花针茅遗传多样性分析 | 第30-41页 |
| 3.3.1 PCR扩增及测序结果 | 第30-32页 |
| 3.3.2 SNP位点基因型判读 | 第32页 |
| 3.3.3 基于SNP位点的短花针茅遗传多样性 | 第32-36页 |
| 3.3.4 短花针茅不同群体间遗传距离和遗传一致度统计 | 第36页 |
| 3.3.5 短花针茅不同群体间遗传分化系数和基因流统计 | 第36-37页 |
| 3.3.6 短花针茅群体的聚类分析 | 第37-38页 |
| 3.3.7 短花针茅遗传结构 | 第38-41页 |
| 第四章 讨论 | 第41-44页 |
| 4.1 短花针茅转录组测序 | 第41-42页 |
| 4.2 SNP分子标记开发 | 第42页 |
| 4.3 短花针茅遗传多样性和遗传结构 | 第42-44页 |
| 第五章 结论 | 第44-46页 |
| 参考文献 | 第46-52页 |
| 致谢 | 第52-53页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文 | 第53页 |