| 致谢 | 第11-13页 |
| 摘要 | 第13-15页 |
| Abstract | 第15-17页 |
| 1 文献综述 | 第18-67页 |
| 1.1 水稻条纹病毒研究概述 | 第18-30页 |
| 1.1.1 水稻条纹病毒病的发生危害 | 第18-19页 |
| 1.1.2 水稻条纹病毒病的抗病育种策略 | 第19-20页 |
| 1.1.3 RSV基因组的结构特征 | 第20-22页 |
| 1.1.4 RSV基因组编码的蛋白 | 第22-23页 |
| 1.1.5 RSV的细胞间移动 | 第23-24页 |
| 1.1.6 RSV与寄主因子的互作研究 | 第24-28页 |
| 1.1.6.1 RSV与植物寄主因子的互作 | 第24-26页 |
| 1.1.6.2 RSV与传毒昆虫寄主因子的互作 | 第26-28页 |
| 1.1.7 RSV研究展望 | 第28-30页 |
| 1.2 蛋白质组学定量技术 | 第30-36页 |
| 1.2.1 iTRAQ技术 | 第31-33页 |
| 1.2.1.1 iTRAQ技术原理及流程 | 第31-32页 |
| 1.2.1.2 iTRAQ数据的生物信息分析 | 第32-33页 |
| 1.2.2 iTRAQ技术优缺点 | 第33-34页 |
| 1.2.3 iTRAQ技术在植物研究中的应用 | 第34-36页 |
| 1.3 植物remorin蛋白研究进展 | 第36-53页 |
| 1.3.1 Remorin蛋白的发现与命名 | 第36-37页 |
| 1.3.2 Remorin蛋白的进化与分类 | 第37-40页 |
| 1.3.3 Remorin蛋白的结构与形态 | 第40-42页 |
| 1.3.4 Remorin蛋白的组织表达 | 第42-43页 |
| 1.3.5 Remorin蛋白的定位 | 第43-47页 |
| 1.3.6 Remorin蛋白的生物学功能 | 第47-53页 |
| 1.3.6.1 Remorin蛋白与植物的非生物胁迫 | 第48页 |
| 1.3.6.2 Remorin蛋白与植物的生物胁迫 | 第48-51页 |
| 1.3.6.3 Remorin蛋白与植物的生理调控 | 第51-53页 |
| 1.4 植物体内棕榈酰化修饰研究概述 | 第53-67页 |
| 1.4.1 蛋白的棕榈酰化修饰 | 第53-54页 |
| 1.4.2 蛋白棕榈酰基转移酶 | 第54-57页 |
| 1.4.3 蛋白的去棕榈酰化修饰 | 第57-58页 |
| 1.4.4 棕榈酰化修饰鉴定方法 | 第58-61页 |
| 1.4.4.1 软件分析工具 | 第58-59页 |
| 1.4.4.2 生化检测方法 | 第59-61页 |
| 1.4.5 改变蛋白质棕榈酰化修饰程度的方法 | 第61-62页 |
| 1.4.5.1 棕榈酰化修饰位点突变 | 第61页 |
| 1.4.5.2 使用化学抑制剂 | 第61-62页 |
| 1.4.5.3 其它 | 第62页 |
| 1.4.6 植物蛋白棕榈酰化修饰与蛋白功能 | 第62-67页 |
| 1.4.6.1 棕榈酰化修饰与细胞膜蛋白 | 第64-65页 |
| 1.4.6.2 棕榈酰化修饰与蛋白蛋白间的互作 | 第65-66页 |
| 1.4.6.3 棕榈酰化修饰与其它类型翻译后修饰及蛋白稳定性 | 第66-67页 |
| 2 研究结果 | 第67-188页 |
| 2.1 iTRAQ技术分析水稻条纹病毒侵染本氏烟差异表达蛋白 | 第67-87页 |
| 2.1.1 材料与方法 | 第67-76页 |
| 2.1.1.1 材料 | 第67页 |
| 2.1.1.2 RSV摩擦接毒本氏烟 | 第67-68页 |
| 2.1.1.3 叶片总RNA提取 | 第68页 |
| 2.1.1.4 RNA反转录 | 第68-69页 |
| 2.1.1.5 Real-time quantitative PCR | 第69页 |
| 2.1.1.6 叶片总蛋白提取 | 第69页 |
| 2.1.1.7 蛋白电泳 | 第69-70页 |
| 2.1.1.8 Western blot分析 | 第70页 |
| 2.1.1.9 RSV接种检测 | 第70-71页 |
| 2.1.1.10 iTRAQ | 第71-73页 |
| 2.1.1.10.1 蛋白质提取 | 第71页 |
| 2.1.1.10.2 蛋白质浓度测定 | 第71-72页 |
| 2.1.1.10.3 SDS电泳 | 第72页 |
| 2.1.1.10.4 蛋白质酶解 | 第72页 |
| 2.1.1.10.5 iTRAQ标记 | 第72页 |
| 2.1.1.10.6 SCX分离 | 第72-73页 |
| 2.1.1.10.7 基于QE的液质联用分析 | 第73页 |
| 2.1.1.11 生物信息分析 | 第73-76页 |
| 2.1.2 结果与分析 | 第76-85页 |
| 2.1.2.1 带毒和健康本氏烟RSV检测 | 第76-77页 |
| 2.1.2.2 iTRAQ技术鉴定蛋白质 | 第77-79页 |
| 2.1.2.3 蛋白质定量及差异蛋白GO和Pathway分析 | 第79-81页 |
| 2.1.2.4 差异蛋白的转录本表达分析 | 第81-85页 |
| 2.1.3 讨论 | 第85-87页 |
| 2.2 差异表达蛋白remorin负调控RSV侵染本氏烟 | 第87-113页 |
| 2.2.1 材料与方法 | 第87-94页 |
| 2.2.1.1 材料 | 第87-88页 |
| 2.2.1.2 TRV病毒诱导的基因沉默 | 第88页 |
| 2.2.1.3 Real-time quantitative PCR | 第88页 |
| 2.2.1.4 生物信息学分析 | 第88-89页 |
| 2.2.1.4.1 基因鉴定及聚类分折 | 第88-89页 |
| 2.2.1.4.2 基因结构比较及同源性分析 | 第89页 |
| 2.2.1.5 组织特异性表达分析 | 第89页 |
| 2.2.1.6 转基因过表达及阳性鉴定 | 第89页 |
| 2.2.1.7 基于CRISPR/Cas9的基因敲除 | 第89-91页 |
| 2.2.1.7.1 基于CRISPR/Cas9的NbREM1.1/1.2基因敲除: | 第89-90页 |
| 2.2.1.7.2 基于CRISPR/Cas9的基因敲除阳性鉴定 | 第90-91页 |
| 2.2.1.8 Northern印迹分析 | 第91-93页 |
| 2.2.1.8.1 甲醛变性凝胶电泳 | 第91页 |
| 2.2.1.8.2 RNA转膜 | 第91-92页 |
| 2.2.1.8.3 杂交 | 第92-93页 |
| 2.2.1.9 农杆菌瞬时浸润 | 第93页 |
| 2.2.1.10 RSV侵染本氏烟病情指数分析 | 第93-94页 |
| 2.2.2 结果与分析 | 第94-111页 |
| 2.2.2.1 沉默本氏烟remorin有利于RSV病毒侵染本氏烟 | 第94-97页 |
| 2.2.2.2 本氏烟remorin基因鉴定及聚类分析 | 第97-98页 |
| 2.2.2.3 NbREM1.1和NbREM1.2鉴定及基因结构分析 | 第98-101页 |
| 2.2.2.4 NbREM1.1和NbREM1.2组织表达分析 | 第101-102页 |
| 2.2.2.5 NbREM1的蛋白和转录本应答RSV侵染表达分析 | 第102-104页 |
| 2.2.2.6 敲除本氏烟NbREM1基因有利于RSV侵染本氏烟 | 第104-107页 |
| 2.2.2.7 转基因过表达NbREM1抑制RSV侵染本氏烟 | 第107-111页 |
| 2.2.3 讨论 | 第111-113页 |
| 2.3 本氏烟remorin蛋白负调控RSV胞间移动 | 第113-129页 |
| 2.3.1 材料与方法 | 第113-117页 |
| 2.3.1.1 材料 | 第113页 |
| 2.3.1.2 组织印记(Tissue print)分析 | 第113-114页 |
| 2.3.1.3 农杆菌瞬时浸润 | 第114页 |
| 2.3.1.4 PVX运动缺陷型病毒PVX-△P25-GFP运动回补实验 | 第114-115页 |
| 2.3.1.5 胞间连丝通透性分析与细胞胼胝体积累量分析 | 第115页 |
| 2.3.1.6 亚细胞定位分析 | 第115-116页 |
| 2.3.1.7 质膜分析/微流体分离 | 第116-117页 |
| 2.3.2 结果与分析 | 第117-127页 |
| 2.3.2.1 NbREM1负调控RSV侵染点病毒粒子的细胞间移动 | 第117-119页 |
| 2.3.2.2 NbREM1负调控NSvc4回补PVX△p25-GFP细胞间移动 | 第119-120页 |
| 2.3.2.3 NbREM1负调控胞间连丝通透性 | 第120-122页 |
| 2.3.2.4 NbREM1蛋白C端33个氨基酸是其细胞膜定位的决定因素 | 第122-125页 |
| 2.3.2.5 NbREM1细胞膜定位缺失突变体不能抑制病毒细胞间移动 | 第125-127页 |
| 2.3.3 讨论 | 第127-129页 |
| 2.4 本氏烟remorin蛋白的棕榈酰化修饰与其生物学功能 | 第129-150页 |
| 2.4.1 材料与方法 | 第129-134页 |
| 2.4.1.1 材料 | 第129页 |
| 2.4.1.2 生物素替换分析(Biotin switch assay) | 第129-131页 |
| 2.4.1.3 野生型及棕榈酰化突变体的亚细胞定位分析 | 第131-132页 |
| 2.4.1.4 半体内蛋白质降解分析 | 第132页 |
| 2.4.1.5 半体内蛋白质降解抑制分析 | 第132页 |
| 2.4.1.6 体内蛋白质降解抑制分析 | 第132-133页 |
| 2.4.1.7 体内棕榈酰化修饰抑制分析 | 第133-134页 |
| 2.4.2 结果与分析 | 第134-148页 |
| 2.4.2.1 NbREM1第206位的半胱氨酸位点被棕榈酰化修饰(S-acylation) | 第134-135页 |
| 2.4.2.2 NbREM1蛋白的棕榈酰化修饰有助于NbREM1细胞膜定位 | 第135-138页 |
| 2.4.2.3 NbREM1蛋白的棕榈酰化修饰有助于NbREM1蛋白稳定 | 第138-141页 |
| 2.4.2.4 棕榈酰化修饰突变体NbREM1~(C206A)进入自噬降解途径 | 第141-145页 |
| 2.4.2.5 棕榈酰化修饰突变体NbREM1~(C206A)不能抑制NSvc4回补PVX△P25-GFP细胞间移动 | 第145-148页 |
| 2.4.3 讨论 | 第148-150页 |
| 2.5 RSV及其运动蛋白NSvc4抑制本氏烟remorin蛋白棕榈酰化修饰并导致其降解 | 第150-167页 |
| 2.5.1 材料与方法 | 第150-153页 |
| 2.5.1.1 材料 | 第150页 |
| 2.5.1.2 RSV侵染早晚期应答蛋白的转录本和蛋白质表达分析 | 第150-151页 |
| 2.5.1.3 双分子荧光互补 | 第151页 |
| 2.5.1.4 分裂泛素化酵母互作 | 第151页 |
| 2.5.1.5 酵母转化 | 第151-152页 |
| 2.5.1.6 互作验证 | 第152-153页 |
| 2.5.2 结果与分析 | 第153-165页 |
| 2.5.2.1 RSV侵染干扰NbREM1的棕榈酰化导致NbREM1进入自噬降解系统 | 第153-155页 |
| 2.5.2.2 RSV运动蛋白NSvc4与NbREM1互作并改变NbREM1的亚细胞定位 | 第155-160页 |
| 2.5.2.3 NSvc4干扰NbREM1的棕榈酰化导致NbREM1进入自噬降解系统 | 第160-163页 |
| 2.5.2.4 NSvc4的内质网定位缺失突变体不能干扰NbREM1的棕榈酰化 | 第163-165页 |
| 2.5.3 讨论 | 第165-167页 |
| 2.6 水稻remorin抑制RSV侵染水稻 | 第167-188页 |
| 2.6.1 材料与方法 | 第167-170页 |
| 2.6.1.1 材料 | 第167页 |
| 2.6.1.2 基因鉴定及蛋白比对 | 第167-168页 |
| 2.6.1.3 转基因过表达及阳性鉴定 | 第168页 |
| 2.6.1.4 基于CRISPR/Cas9的OsREM1.4基因敲除 | 第168页 |
| 2.6.1.5 携带RSV的灰飞虱对水稻接毒实验 | 第168-169页 |
| 2.6.1.6 野生型及棕榈酰化突变体的亚细胞定位分析 | 第169页 |
| 2.6.1.7 生物素替换分析 | 第169页 |
| 2.6.1.8 半体内降解实验 | 第169-170页 |
| 2.6.2 结果与分析 | 第170-185页 |
| 2.6.2.1 水稻remorin基因鉴定及其棕榈酰化修饰分析 | 第170-171页 |
| 2.6.2.2 OsREM1.4是RSV侵染水稻的负调控因子 | 第171-175页 |
| 2.6.2.3 OsREM1.4负调控水稻叶片胼胝体积累 | 第175-176页 |
| 2.6.2.5 棕榈酰化修饰有助于OsREM1.4的细胞膜定位 | 第176-179页 |
| 2.6.2.6 榈酰化修饰有助于OsREM1.4的蛋白稳定性 | 第179-184页 |
| 2.6.2.7 NSvc4抑制OsREM1.4的棕榈酰化修饰 | 第184-185页 |
| 2.6.3 讨论 | 第185-188页 |
| 3 全文总结与展望 | 第188-196页 |
| 3.1 鉴定RSV侵染本氏烟的差异表达蛋白 | 第188-189页 |
| 3.2 解答差异表达蛋白NbREM1负调控RSV侵染的分子机制 | 第189-190页 |
| 3.3 发现NbREM1蛋白的棕榈酰化修饰对其发挥生物学功能至关重要 | 第190-191页 |
| 3.4 证明了RSV能够抑制NbREM1的棕榈酰化修饰并导致其降解 | 第191-192页 |
| 3.5 初步确认水稻OsREM1.4负调控RSV侵染水稻 | 第192-193页 |
| 3.6 植物remorin蛋白与RSV的互作模型 | 第193-195页 |
| 3.7 不足与展望 | 第195-196页 |
| 4 参考文献 | 第196-206页 |
| 附录Ⅰ 本论文所用引物列表 | 第206-212页 |
| 附录Ⅱ 本论文所用术语缩写词及中英文对照 | 第212-216页 |
| 附录Ⅲ 本论文所用病毒缩写及中英文对照 | 第216-217页 |
| 附录Ⅳ 常用缓冲液和培养基配方 | 第217-223页 |
