| 致谢 | 第7-10页 |
| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 第一章 文献综述与研究目的 | 第19-32页 |
| 1.1 烟粉虱 | 第19-21页 |
| 1.2 自然选择与分子进化 | 第21-24页 |
| 1.3 单双倍体昆虫遗传进化特点 | 第24-27页 |
| 1.4 性别偏好表达基因 | 第27-28页 |
| 1.5 编码蛋白质的性别偏好表达基因在序列上的进化 | 第28-29页 |
| 1.6 性别偏好表达基因在表达量上的进化 | 第29页 |
| 1.7 本研究的目的与主要内容 | 第29-32页 |
| 1.7.1 研究目的 | 第29-30页 |
| 1.7.2 研究内容 | 第30-32页 |
| 第二章 基本材料与方法 | 第32-39页 |
| 2.1 基本材料 | 第32-34页 |
| 2.1.1 昆虫来源及种群维持 | 第32页 |
| 2.1.2 供试植物 | 第32-33页 |
| 2.1.3 生态学相关仪器设备 | 第33页 |
| 2.1.4 生化及分子生物学研究相关主要仪器 | 第33-34页 |
| 2.1.5 主要化学试剂 | 第34页 |
| 2.2 基本实验方法 | 第34-39页 |
| 2.2.1 烟粉虱总基因组DNA的提取 | 第34-35页 |
| 2.2.2 PCR-RFLP鉴定烟粉虱隐种纯度 | 第35-36页 |
| 2.2.3 烟粉虱RNA提取方法 | 第36-39页 |
| 第三章 MED烟粉虱转录组与温室白粉虱转录组的比较 | 第39-49页 |
| 3.1 方法 | 第40-41页 |
| 3.1.1 用Trinity软件对序列重新组装 | 第40页 |
| 3.1.2 功能注释和编码区预测 | 第40页 |
| 3.1.3 鉴定同源基因 | 第40页 |
| 3.1.4 序列差异分析和预测替换率 | 第40-41页 |
| 3.2 结果 | 第41-43页 |
| 3.2.1 Trinity软件将MED转录组的重新拼接结果 | 第41页 |
| 3.2.2 预测蛋白的注释 | 第41页 |
| 3.2.3 鉴定MED和GW的同源基因 | 第41-42页 |
| 3.2.4 同源基因序列差异性 | 第42页 |
| 3.2.5 同源基因的同义替换和非同义替换 | 第42-43页 |
| 3.3 讨论 | 第43-49页 |
| 第四章 烟粉虱性别偏好表达基因分析 | 第49-65页 |
| 4.1 材料与方法 | 第50-52页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第50页 |
| 4.1.2 建库测序和功能注释 | 第50-51页 |
| 4.1.3 获取雌雄虫表达谱 | 第51页 |
| 4.1.4 性别偏好表达基因鉴定及其GO/KEGG富集分析 | 第51-52页 |
| 4.2 结果 | 第52-54页 |
| 4.2.1 转录组从头拼接和功能预测 | 第52页 |
| 4.2.2 表达谱比对到参考转录组 | 第52-53页 |
| 4.2.3 性别偏好表达基因 | 第53页 |
| 4.2.4 性别偏好表达基因GO、KEGG富集的基因类别 | 第53-54页 |
| 4.3 讨论 | 第54-65页 |
| 第五章 烟粉虱性别偏好表达基因编码区序列进化分析 | 第65-91页 |
| 5.1 方法 | 第66-67页 |
| 5.1.1 同源基因的鉴定和进化分析 | 第66-67页 |
| 5.1.2 同源基因功能注释和GO、KEGG的富集分析以及平均Ka/Ks的计算 | 第67页 |
| 5.2 结果 | 第67-72页 |
| 5.2.1 MEAM 1、MED、AsiaⅡ3和GW四者同源基因 | 第67页 |
| 5.2.2 MEAM 1、MED和AsiaⅡ3三者同源基因 | 第67-68页 |
| 5.2.3 不同Ka/Ks组的GO、KEGG富集分析 | 第68-69页 |
| 5.2.4 三者同源基因中的性别偏好表达基因 | 第69-71页 |
| 5.2.6 性别偏好表达基因的CDS序列进化 | 第71-72页 |
| 5.3 讨论 | 第72-91页 |
| 第六章 烟粉虱基因表达量的进化分析 | 第91-113页 |
| 6.1 方法 | 第92-93页 |
| 6.1.1 基因表达水平在隐种间的标准化 | 第92页 |
| 6.1.2 基因表达量主成分分析和建树 | 第92页 |
| 6.1.3 分析隐种间差异表达基因 | 第92页 |
| 6.1.4 计算基因表达量在不同隐种和性别间的变化 | 第92-93页 |
| 6.2 结果 | 第93-97页 |
| 6.2.1 基因表达量差异的整体模式 | 第93-94页 |
| 6.2.2 性别差异表达基因与隐种差异表达基因比较 | 第94-95页 |
| 6.2.3 基因表达量种内种间变化在不同性别偏好表达基因中的分布 | 第95-96页 |
| 6.2.4 基因表达量在不同隐种和性别间的变化的关联性 | 第96页 |
| 6.2.5 基因表达量在不同隐种和性别间的变化与蛋白质序列进化的关联性 | 第96-97页 |
| 6.2.6 基因表达量种内种间变异较高的基因在GO、KEGG类别中的分布 | 第97页 |
| 6.3 讨论 | 第97-113页 |
| 第七章 烟粉虱数据库构建以及雌雄虫基因表达谱可视化 | 第113-128页 |
| 7.1 材料与方法 | 第114-115页 |
| 7.1.1 收集的基因表达数据 | 第114页 |
| 7.1.2 收集参考序列 | 第114页 |
| 7.1.3 再利用RNA-seq数据 | 第114-115页 |
| 7.1.4 数据库搭建 | 第115页 |
| 7.1.5 Galaxy服务器、GO和KO富集分析和基因表达量分析 | 第115页 |
| 7.2 网站功能及使用方法 | 第115-118页 |
| 7.2.1 通过Blast或基因ID进行查询 | 第115-116页 |
| 7.2.2 同源基因信息查询 | 第116页 |
| 7.2.3 差异表达基因分析 | 第116-117页 |
| 7.2.4 GO和KEGG富集分析 | 第117-118页 |
| 7.2.5 基因表达量可视化 | 第118页 |
| 7.3 讨论 | 第118-128页 |
| 第八章 总讨论 | 第128-132页 |
| 8.1 本研究的特色和创新之处 | 第130-131页 |
| 8.2 本研究存在的问题 | 第131页 |
| 8.3 本研究值得继续研究的问题 | 第131-132页 |
| 参考文献 | 第132-141页 |
