| 中文摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-14页 |
| 重要英文缩写说明表 | 第14-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-37页 |
| ·NLRC5研究进展 | 第16-21页 |
| ·鸡沙门氏菌病 | 第21-31页 |
| ·高通量技术在研究鸡对沙门氏菌病免疫反应中的研究进展 | 第31-32页 |
| ·启动子结构的研究 | 第32-35页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第35-37页 |
| 第二章 沙门氏菌感染后雏鸡组织全局表达特征分析及NLRC5共表达基因的鉴定 | 第37-101页 |
| ·雏鸡感染S.Enteritidis和S.Pullorum后的表达谱分析 | 第37-59页 |
| ·引言 | 第37-38页 |
| ·实验材料 | 第38页 |
| ·实验菌株 | 第38页 |
| ·实验动物 | 第38页 |
| ·实验仪器 | 第38页 |
| ·实验试剂 | 第38页 |
| ·分析软件 | 第38页 |
| ·实验方法 | 第38-43页 |
| ·攻毒前菌株准备和污染检测 | 第38-39页 |
| ·攻毒试验 | 第39页 |
| ·计算盲肠内沙门氏菌的载菌量 | 第39页 |
| ·ELISA测定血浆1L-1α,IFNγ,IgG和IgM浓度 | 第39-40页 |
| ·脾脏组织冰冻期切片免疫荧光法鉴定沙门氏菌 | 第40-41页 |
| ·总RNA提取及芯片杂交试验 | 第41页 |
| ·差异表达基因(DEGs)的筛选 | 第41-42页 |
| ·qRT-PCR验证芯片显著差异表达基因 | 第42-43页 |
| ·结果与分析 | 第43-55页 |
| ·感染状态 | 第43-44页 |
| ·盲肠载菌量 | 第44页 |
| ·IL-1α,IFNγ,IgG和IgM含量 | 第44-45页 |
| ·在7dpi实验雏鸡处于持续感染和携菌状态 | 第45页 |
| ·芯片杂交前质控 | 第45页 |
| ·各攻毒组脾脏及盲肠的差异表达基因的统计 | 第45页 |
| ·脾脏中差异表达基因的分析 | 第45-48页 |
| ·盲肠中差异表达基因的分析 | 第48-51页 |
| ·各实验组差异表达基因的韦恩分析 | 第51-53页 |
| ·GO和Pathway富集分析 | 第53-55页 |
| ·荧光定量结果 | 第55页 |
| ·讨论 | 第55-59页 |
| ·白痢沙门氏菌刺激后雏鸡脾脏组织时序表达谱的分析 | 第59-95页 |
| ·引言 | 第59页 |
| ·实验材料 | 第59-60页 |
| ·实验菌株 | 第59-60页 |
| ·实验动物 | 第60页 |
| ·实验仪器 | 第60页 |
| ·实验试剂 | 第60页 |
| ·分析软件 | 第60页 |
| ·实验方法 | 第60-62页 |
| ·攻毒前菌株的准备和污染检测 | 第60页 |
| ·攻毒和样品采集 | 第60页 |
| ·ELISA检测鸡血清中IgG,IgM,IL1α和IFNγ的含量 | 第60页 |
| ·计算免疫器官指数 | 第60-61页 |
| ·表型数据的拟合 | 第61页 |
| ·免疫荧光鉴定肝脏沙门氏菌 | 第61页 |
| ·总RNA的提取和芯片杂交试验 | 第61页 |
| ·时序表达谱数据的生物信息分析 | 第61-62页 |
| ·实验结果 | 第62-85页 |
| ·攻毒后免疫器官指数,细胞因子水平和抗体水平及肝脏载菌量的变化 | 第62-63页 |
| ·显著上调和下调的基因 | 第63-64页 |
| ·通路富集分析 | 第64-70页 |
| ·通路富集基因间的相关关系 | 第70-79页 |
| ·差异表达基因的韦恩分析 | 第79页 |
| ·少数模块与表型性状高度相关 | 第79-83页 |
| ·富集通路间的相关关系 | 第83-85页 |
| ·鉴定出的关键基因的QTL定位 | 第85页 |
| ·讨论 | 第85-95页 |
| ·3dpi是免疫状态切换的关键时期 | 第85-86页 |
| ·各阶段显著差异表达基因的分析 | 第86-88页 |
| ·通路富集分析 | 第88-91页 |
| ·通路富集基因间的共表达分析 | 第91-93页 |
| ·差异表达基因的韦恩分析 | 第93页 |
| ·与表型有显著相关的共表达基因模块 | 第93-94页 |
| ·富集通路的相关性 | 第94-95页 |
| ·差异表达基因的QTL定位注释 | 第95页 |
| ·NLRC5的共表达网络分析 | 第95-101页 |
| ·引言 | 第95-96页 |
| ·材料方法 | 第96页 |
| ·结果 | 第96页 |
| ·NLRC5共表达基因的筛选 | 第96页 |
| ·共表达基因的功能注释 | 第96页 |
| ·讨论 | 第96-101页 |
| 第三章 NLRC5分子克隆及其相关基因在体内、外表达规律的分析 | 第101-132页 |
| ·鸡NLRC5基因的克隆及生物信息分析 | 第101-109页 |
| ·引言 | 第101页 |
| ·材料与方法 | 第101-102页 |
| ·实验材料 | 第101页 |
| ·NLRC5 CDS的克隆 | 第101-102页 |
| ·5’及3’RACE以及NLRC5 cDNA全长的拼接 | 第102页 |
| ·生物信息学分析工具 | 第102页 |
| ·结果与分析 | 第102-108页 |
| ·NLRC5的CDS序列 | 第102-104页 |
| ·生物信息学分析 | 第104-108页 |
| ·讨论 | 第108-109页 |
| ·人工感染白痢沙门氏菌后雏鸡脾脏NLRC5及其相关基因表达规律的研究 | 第109-117页 |
| ·引言 | 第109-110页 |
| ·材料与方法 | 第110页 |
| ·实验材料 | 第110页 |
| ·实验方法 | 第110页 |
| ·结果 | 第110-113页 |
| ·攻毒效果 | 第110页 |
| ·墨水灌注实验 | 第110-112页 |
| ·各基因表达变化规律 | 第112页 |
| ·7个基因间表达量相关性分析 | 第112-113页 |
| ·讨论 | 第113-117页 |
| ·细胞水平NLRC5及其相关基因表达模式的分析 | 第117-132页 |
| ·引言 | 第117页 |
| ·实验材料 | 第117-118页 |
| ·细胞系 | 第117页 |
| ·主要仪器 | 第117页 |
| ·主要试剂 | 第117-118页 |
| ·实验方法 | 第118-121页 |
| ·pcDNA3.1-NLRC5真核过表达载体的构建 | 第118页 |
| ·pGPU6/GFP/Neo干扰载体的设计和构建 | 第118-119页 |
| ·过表达NLRC5基因在DF1细胞系中的免疫荧光定位 | 第119页 |
| ·NLRC5稳定过表达和干扰株的构建 | 第119-120页 |
| ·DF1 LPS刺激实验及荧光定量实验 | 第120-121页 |
| ·结果 | 第121-129页 |
| ·NLRC5主要定位于细胞核内 | 第121页 |
| ·DF1细胞系中NLRC5及其相关基因受到LPS刺激后的表达模式 | 第121-127页 |
| ·NLRC5过表达及干扰后基因的表达变化 | 第127-129页 |
| ·讨论 | 第129-132页 |
| ·NLRC5主要在细胞核内发挥作用 | 第129页 |
| ·细胞水平分析NLRC5与其他相关基因的表达模式的变化 | 第129-132页 |
| 第四章 NLRC5转录调控机制的初步分析 | 第132-147页 |
| ·引言 | 第132页 |
| ·实验材料 | 第132-133页 |
| ·细胞系 | 第132页 |
| ·主要仪器 | 第132页 |
| ·主要试剂 | 第132-133页 |
| ·分析软件 | 第133页 |
| ·实验方法 | 第133-137页 |
| ·基因组DNA提取与质量检测 | 第133页 |
| ·NLRC5基因启动子区系列缺失片段的扩增和鉴定 | 第133-137页 |
| ·引物设计 | 第133-134页 |
| ·PCR扩增 | 第134-135页 |
| ·纯化 | 第135页 |
| ·酶切 | 第135页 |
| ·目的DNA纯化 | 第135页 |
| ·目的DNA片段与线性化载体片段连接 | 第135页 |
| ·转化 | 第135-136页 |
| ·菌液PCR鉴定 | 第136页 |
| ·质粒的小量提取 | 第136页 |
| ·重组质粒的酶切鉴定 | 第136页 |
| ·测序验证 | 第136页 |
| ·无内毒素质粒的提取 | 第136-137页 |
| ·细胞转染 | 第137页 |
| ·荧光素酶活性检测 | 第137页 |
| ·数据处理 | 第137页 |
| ·实验结果 | 第137-144页 |
| ·NLRC5启动子顺式元件的分析 | 第137-142页 |
| ·双荧光素酶报告实验结果 | 第142-144页 |
| ·NLRC5可能具有两个启动子活性区域 | 第142-143页 |
| ·第二个转录起始位点下游区域对启动子活性有显著影响 | 第143-144页 |
| ·讨论 | 第144-147页 |
| ·NLRC5的转录存在起始位点切换 | 第144-145页 |
| ·NLRC5的转录是起始位点下游元件依赖型转录 | 第145页 |
| ·NLRC5与STAT和NF-κB的关系较为复杂 | 第145-146页 |
| ·NLRC5的表达变化可能影响了MHCI分子抗原提呈的活性 | 第146-147页 |
| 全文结论 | 第147-148页 |
| 创新点 | 第148-149页 |
| 参考文献 | 第149-171页 |
| 致谢 | 第171-173页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第173-175页 |
