| 中文摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-28页 |
| 1 鸡生长、屠宰和部分抗病性状的研究进展 | 第13-17页 |
| ·鸡生长性状研究进展 | 第13-14页 |
| ·鸡屠宰性状研究进展 | 第14-15页 |
| ·鸡部分抗病性状研究进展 | 第15-17页 |
| 2 SNP全基因组水平上的标记开发及SLAF-seq | 第17-27页 |
| ·传统的QTL定位方法 | 第17页 |
| ·鸡遗传图谱的构建 | 第17-18页 |
| ·几种SNP全基因组水平上的标记开发及基因型分型方法 | 第18页 |
| ·SNP芯片技术 | 第18-20页 |
| ·SLAF-seq简化基因组测序技术 | 第20-27页 |
| ·SLAF-seq简化基因组测序技术原理 | 第21-22页 |
| ·SLAF-seq研究现状 | 第22-23页 |
| ·影响SLAF-seq关联分析结果的因素 | 第23-27页 |
| 3 本研究目的和意义 | 第27-28页 |
| 第二章 京海黄鸡生长性状的简化基因组关联分析 | 第28-67页 |
| 第一节 材料与方法 | 第28-45页 |
| 1. 材料方法 | 第28-32页 |
| ·试验材料 | 第28-29页 |
| ·试验动物 | 第28页 |
| ·主要仪器 | 第28-29页 |
| ·主要实验试剂与溶液配置 | 第29页 |
| ·试验方法 | 第29-31页 |
| ·统计软件 | 第29-30页 |
| ·表型数据 | 第30页 |
| ·样本采集 | 第30-31页 |
| ·鸡血液基因组DNA的提取和检测 | 第31-32页 |
| ·鸡血液基因组DNA的提取 | 第31页 |
| ·DNA浓度和纯度的检测 | 第31-32页 |
| 2. 简化基因组测序及群体结构分析 | 第32-45页 |
| ·简化基因组测序 | 第32-40页 |
| ·基因组酶切 | 第32-33页 |
| ·5'末端修复 | 第33页 |
| ·3'末端加A | 第33-34页 |
| ·连接solexa接头 | 第34页 |
| ·电泳切胶 | 第34页 |
| ·PCR扩増 | 第34-35页 |
| ·上机测序 | 第35页 |
| ·序列比对及SNP质控 | 第35-40页 |
| ·群体结构 | 第40-44页 |
| ·群体结构分析 | 第40-41页 |
| ·群体分层的校正 | 第41页 |
| ·连锁不平衡分析 | 第41-43页 |
| ·多重假设检验校正 | 第43页 |
| ·关联分析模型 | 第43-44页 |
| ·性状间相关性分析 | 第44-45页 |
| 第二节 生长性状的简化基因组关联分析 | 第45-67页 |
| 1 材料与方法 | 第45-47页 |
| ·试验材料 | 第45页 |
| ·仪器设备 | 第45页 |
| ·主要试剂及配制 | 第45页 |
| ·表型数据获取及处理 | 第45页 |
| ·京海黄鸡基因组DNA提取、检测和简化基因组测序 | 第45页 |
| ·统计分析 | 第45-46页 |
| ·基因注释及候选基因功能挖掘 | 第46-47页 |
| 2 结果与分析 | 第47-57页 |
| ·群体分层的检验 | 第47页 |
| ·关联得到的SNPs概述 | 第47-54页 |
| ·候选基因的功能注释 | 第54-57页 |
| 3 讨论 | 第57-60页 |
| ·显著SNP分布 | 第57页 |
| ·一些重要的候选基因 | 第57-60页 |
| 4 结论 | 第60-67页 |
| 第三章 京海黄鸡屠宰性状的简化基因组关联分析 | 第67-86页 |
| 1 材料方法 | 第67-68页 |
| ·试验材料 | 第67页 |
| ·试验设备、仪器 | 第67页 |
| ·试验所需的主要试剂及其配制 | 第67页 |
| ·表型数据获取及处理 | 第67-68页 |
| ·京海黄鸡基因组DNA提取、检测和简化基因组测序 | 第68页 |
| ·统计分析 | 第68页 |
| ·基因注释及候选基因功能挖掘 | 第68页 |
| 2 结果与分析 | 第68-79页 |
| ·群体分层的检验 | 第68-71页 |
| ·关联得到的SNPs概述 | 第71-77页 |
| ·候选基因的功能注释 | 第77-79页 |
| 3 讨论 | 第79-81页 |
| ·显著SNP分布 | 第79-80页 |
| ·一些重要的候选基因 | 第80-81页 |
| 4 结论 | 第81-86页 |
| 第四章 京海黄鸡部分抗病性状的简化基因组关联分析 | 第86-101页 |
| 1 材料与方法 | 第86-90页 |
| ·试验材料 | 第86页 |
| ·仪器设备 | 第86页 |
| ·主要试剂及配制 | 第86-87页 |
| ·抗体水平及细胞因子浓度测定及数据处理 | 第87-89页 |
| ·禽流感、新城疫、传染性支气管炎抗体水平测定 | 第87-88页 |
| ·白细胞介素-2、肿瘤坏死因子α和γ干扰素血清中浓度测定 | 第88-89页 |
| ·数据处理 | 第89页 |
| ·京海黄鸡基因组DNA提取、检测和简化基因组测序 | 第89-90页 |
| ·统计分析 | 第90页 |
| ·基因注释及候选基因功能挖掘 | 第90页 |
| 2 结果与分析 | 第90-97页 |
| ·群体分层的检验 | 第90-91页 |
| ·关联得到的SNPs概述 | 第91-95页 |
| ·候选基因的功能注释 | 第95-97页 |
| 3 讨论 | 第97-99页 |
| ·禽流感抗病性状 | 第97页 |
| ·新城疫和传染性支气管炎抗病性状 | 第97-99页 |
| ·三种细胞因子 | 第99页 |
| 4 结论 | 第99-101页 |
| 全文结论 | 第101-103页 |
| 创新点 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
| 攻读博士期间发表的论文 | 第119-121页 |
