| 中文摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 缩略语表 | 第12-13页 |
| 表格索引 | 第13-15页 |
| 图示索引 | 第15-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-47页 |
| ·禽类支原体概述 | 第17-33页 |
| ·支原体生物学特性及研究进展 | 第17-27页 |
| ·禽类支原体概述 | 第27-33页 |
| ·微生物基因组学概述 | 第33-41页 |
| ·微生物基因组学研究背景 | 第33-38页 |
| ·微生物基因组学应用 | 第38-39页 |
| ·微生物基因组学研究进展 | 第39-41页 |
| ·微生物比较基因组学概述 | 第41-47页 |
| ·微生物比较基因组学研究背景 | 第41-43页 |
| ·微生物比较基因组学研究 | 第43-47页 |
| 第二章 鸭支原体1340株和鸽支原体SF7株全基因组测序及注释 | 第47-90页 |
| ·研究目的和意义 | 第47页 |
| ·实验材料 | 第47-49页 |
| ·菌株 | 第47-48页 |
| ·主要仪器 | 第48页 |
| ·主要工具酶、化学试剂及试剂盒 | 第48页 |
| ·主要溶液及培养基 | 第48-49页 |
| ·PCR引物 | 第49页 |
| ·实验方法 | 第49-53页 |
| ·菌种活化及扩大培养 | 第49页 |
| ·基因组提取 | 第49-50页 |
| ·基因组检测 | 第50页 |
| ·基因组DNA随机文库的构建 | 第50-52页 |
| ·基因组测序 | 第52页 |
| ·基因组数据处理及拼接 | 第52-53页 |
| ·基因组注释及分析 | 第53页 |
| ·结果及分析 | 第53-85页 |
| ·基因组检测 | 第53-56页 |
| ·鸭支原体1340基因组注释及分析 | 第56-72页 |
| ·鸽支原体SF7基因组注释及分析 | 第72-85页 |
| ·讨论 | 第85-89页 |
| ·基因组测序及注释 | 第85-87页 |
| ·支原体基因组分析 | 第87-89页 |
| ·小结 | 第89-90页 |
| 第三章 鸭支原体1340株与鸽支原体SF7株系统进化分析和比较基因组学分析 | 第90-125页 |
| ·研究目的和意义 | 第90页 |
| ·方法 | 第90-95页 |
| ·进化分析 | 第90-92页 |
| ·比较基因组学分析 | 第92-95页 |
| ·结果和分析 | 第95-120页 |
| ·进化分析 | 第95-100页 |
| ·比较基因组学分析 | 第100-120页 |
| ·讨论 | 第120-124页 |
| ·进化分析 | 第120页 |
| ·比较基因组学分析 | 第120-124页 |
| ·小结 | 第124-125页 |
| 第四章 鸭支原体人工感染试验 | 第125-147页 |
| ·研究目的和意义 | 第125页 |
| ·材料和方法 | 第125-130页 |
| ·试验设计 | 第125-126页 |
| ·菌株 | 第126页 |
| ·试验动物及饲料 | 第126页 |
| ·主要试剂和仪器 | 第126-127页 |
| ·菌种活化及扩大培养 | 第127页 |
| ·支原体颜色变化单位的测定 | 第127页 |
| ·大肠杆菌菌落形成单位的测定 | 第127-128页 |
| ·病理切片制作 | 第128-129页 |
| ·引物及反应体系 | 第129-130页 |
| ·结果及分析 | 第130-145页 |
| ·支原体颜色变化单位测定 | 第130-131页 |
| ·大肠杆菌菌落形成单位测定 | 第131页 |
| ·临床症状 | 第131-132页 |
| ·病理变化 | 第132-134页 |
| ·称重结果 | 第134-136页 |
| ·PCR分析 | 第136-145页 |
| ·讨论 | 第145-147页 |
| ·鸭支原体致病性研究 | 第145-146页 |
| ·鸭支原体1340株与SJQ株致病性分析 | 第146-147页 |
| 结论 | 第147-148页 |
| 参考文献 | 第148-167页 |
| 致谢 | 第167-168页 |
| 在读期间发表文章 | 第168-169页 |
| 附表 | 第169-248页 |