| 中文摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-15页 |
| ·本文研究课题的综述 | 第7-10页 |
| ·本文研究课题的背景知识 | 第10-14页 |
| ·系统发育树 | 第10页 |
| ·有根树与无根树 | 第10-12页 |
| ·核苷酸的转换和颠换 | 第12-14页 |
| ·本文研究的主要内容 | 第14-15页 |
| 第二章 核苷酸替代的概率模型和算法基础 | 第15-35页 |
| ·Markov链及其性质 | 第15-19页 |
| ·Possion分布 | 第19页 |
| ·核苷酸替代的概率模型 | 第19-33页 |
| ·Jukes-Cantor模型 | 第20-25页 |
| ·Kimura模型 | 第25-31页 |
| ·Felsenstein模型 | 第31-32页 |
| ·HKY(1985)模型 | 第32-33页 |
| ·EM算法及其性质 | 第33-35页 |
| 第三章 Jukes-Cantor模型下的 EM算法 | 第35-51页 |
| ·系统发育树的基本元素 | 第35-36页 |
| ·Jukes-Cantor模型下的 EM算法 | 第36-41页 |
| ·应用示例 | 第41-51页 |
| ·用 EM算法估计两序列间的最优进化分枝长度 | 第41-45页 |
| ·用 EM算法估计多序列的最优进化分枝长度 | 第45-51页 |
| 第四章 Kimura(1980)模型下的 EM算法 | 第51-61页 |
| 结论 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-67页 |
| 致谢 | 第67页 |