| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 引言 | 第11-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-32页 |
| 1.1 表观遗传修饰与肿瘤 | 第12-17页 |
| 1.1.1 DNA甲基化与肿瘤 | 第13-14页 |
| 1.1.2 组蛋白修饰与肿瘤 | 第14-16页 |
| 1.1.3 染色质重塑与肿瘤 | 第16页 |
| 1.1.4 非编码RNA与肿瘤 | 第16-17页 |
| 1.2 组蛋白去乙酰化酶的相关研究 | 第17-24页 |
| 1.2.1 组蛋白去乙酰化酶的分类 | 第17-18页 |
| 1.2.2 组蛋白去乙酰化酶活性口袋结构 | 第18-19页 |
| 1.2.3 组蛋白去乙酰化酶的底物 | 第19-20页 |
| 1.2.4 组蛋白去乙酰化酶活性的调节 | 第20-21页 |
| 1.2.5 组蛋白去乙酰化酶的生物学作用 | 第21-22页 |
| 1.2.6 组蛋白去乙酰化酶与肿瘤的关系 | 第22-24页 |
| 1.3 组蛋白去乙酰化酶抑制剂的相关研究 | 第24-30页 |
| 1.3.1 组蛋白去乙酰化酶抑制剂的作用机制 | 第24-26页 |
| 1.3.2 组蛋白去乙酰化酶抑制剂的研究进展 | 第26-28页 |
| 1.3.3 组蛋白去乙酰化酶抑制剂与其它抗肿瘤药物联用 | 第28-30页 |
| 1.3.4 已知的组蛋白去乙酰化酶抑制剂的缺陷 | 第30页 |
| 1.4 本研究的主要内容及意义 | 第30-31页 |
| 1.5 本研究的总体设计流程 | 第31-32页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第32-44页 |
| 2.1 实验仪器 | 第32页 |
| 2.2 实验材料 | 第32-33页 |
| 2.2.1 实验相关试剂 | 第32-33页 |
| 2.2.2 实验所用的细胞系 | 第33页 |
| 2.2.3 实验所用的抗体 | 第33页 |
| 2.2.4 检测试剂盒 | 第33页 |
| 2.3 软件及数据库 | 第33页 |
| 2.4 试剂的配制 | 第33-35页 |
| 2.5 实验方法 | 第35-44页 |
| 2.5.1 基于药效团的虚拟筛选 | 第35页 |
| 2.5.2 基于配体的分子对接筛选 | 第35页 |
| 2.5.3 Amber进行分子动力学模拟并计算结合自由能 | 第35-37页 |
| 2.5.4 体外检测HDAC酶活性实验 | 第37页 |
| 2.5.5 细胞培养 | 第37-38页 |
| 2.5.6 使用MTT方法检测细胞活力 | 第38页 |
| 2.5.7 使用流式细胞仪检测细胞凋亡及细胞周期 | 第38页 |
| 2.5.8 Western Blot相关技术 | 第38-39页 |
| 2.5.9 RNA-seq测序及数据分析 | 第39-41页 |
| 2.5.10 实时定量PCR | 第41-42页 |
| 2.5.11 慢病毒转染HepG2细胞及稳转系的筛选 | 第42-43页 |
| 2.5.12 TCGA数据分析 | 第43-44页 |
| 第三章 HDAC抑制剂的计算机虚拟筛选 | 第44-55页 |
| 3.1 HDAC抑制剂的筛选流程 | 第44页 |
| 3.2 基于配体的HDAC抑制剂虚拟筛选 | 第44-47页 |
| 3.3 HDAC抑制剂的分子动力学筛选 | 第47-54页 |
| 3.3.1 采用Amber18 软件进行分子动力学模拟 | 第47页 |
| 3.3.2 化合物与组蛋白去乙酰化酶的分子动力学模拟 | 第47-50页 |
| 3.3.3 化合物与组蛋白去乙酰化酶的结合自由能分析 | 第50-52页 |
| 3.3.4 化合物对组蛋白去乙酰化酶抑制效果分析 | 第52-53页 |
| 3.3.5 活性分子与HDAC8 的结合机制 | 第53-54页 |
| 3.4 本章小结 | 第54-55页 |
| 第四章 HDAC抑制剂的抗肿瘤作用研究 | 第55-61页 |
| 4.1 HDAC抑制剂抗肿瘤作用的研究思路 | 第55页 |
| 4.2 三种HDACis对不同肿瘤细胞和正常细胞活力的影响 | 第55-56页 |
| 4.3 ZINC24469384可增加组蛋白乙酰化水平 | 第56-57页 |
| 4.4 ZINC24469384对HepG2和Hep3B细胞凋亡的影响 | 第57-59页 |
| 4.5 ZINC24469384对HepG2和Hep3B细胞周期的影响 | 第59-60页 |
| 4.6 本章小结 | 第60-61页 |
| 第五章 ZINC24469384抗肿瘤作用的分子机制研究 | 第61-87页 |
| 5.1 ZINC24469384抗肿瘤作用分子机制的研究思路 | 第61页 |
| 5.2 测序数据的统计结果 | 第61-63页 |
| 5.3 基因表达量的计算及差异表达基因的统计 | 第63-64页 |
| 5.4 差异表达基因的功能聚类及通路富集分析 | 第64-72页 |
| 5.4.1 差异表达基因的GO功能聚类 | 第64-65页 |
| 5.4.2 差异表达基因的通路富集分析 | 第65-67页 |
| 5.4.3 参与ZINC24469384抗肿瘤作用的主要通路 | 第67-72页 |
| 5.5 差异可变剪接基因的功能聚类及通路富集分析 | 第72-76页 |
| 5.5.1 差异可变剪接基因类型的鉴定与统计 | 第73页 |
| 5.5.2 差异选择性剪接基因的GO富集分析 | 第73-75页 |
| 5.5.3 差异选择性剪接基因的通路富集分析 | 第75-76页 |
| 5.6 ZINC24469384诱导HepG2细胞活力下降的机制假设 | 第76-78页 |
| 5.7 生物信息学分析结果准确性验证 | 第78-80页 |
| 5.8 NR1H4在ZINC24469384抗肿瘤作用中的必要性研究 | 第80-84页 |
| 5.8.1 在肝脏中特异表达的差异基因 | 第80页 |
| 5.8.2 敲除NR1H4的HepG2细胞稳转系的建立与筛选 | 第80-82页 |
| 5.8.3 NR1H4低表达对ZINC24469384诱导的抗肿瘤作用的影响 | 第82-84页 |
| 5.9 NR1H4与SOCS2的表达与肿瘤的关系 | 第84-86页 |
| 5.9.1 LIHC和CHOL基因表达及临床数据下载及统计 | 第84-85页 |
| 5.9.2 NR1H4和SOCS2的表达与肿瘤分期之间的关系 | 第85-86页 |
| 5.10 本章小结 | 第86-87页 |
| 第六章 全文总结与展望 | 第87-90页 |
| 6.1 全文总结 | 第87-88页 |
| 6.2 展望 | 第88-90页 |
| 6.2.1 ZINC24469384体内的抗肿瘤作用及机制研究 | 第88页 |
| 6.2.2 开发HDAC亚型选择性抑制剂是药物研发的重要方向 | 第88-89页 |
| 6.2.3 HDACi与其它靶点药物的联合应用 | 第89-90页 |
| 参考文献 | 第90-100页 |
| 附录 | 第100-105页 |
| 致谢 | 第105-106页 |
| 在学期间公开发表论文及著作情况 | 第106-107页 |
| 作者简历 | 第107页 |
