| 摘要 | 第9-11页 |
| ABSTRACT | 第11-13页 |
| 缩略词表(ABBREVIATION) | 第14-16页 |
| 第一章 前言 | 第16-31页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第16-17页 |
| 1.2 文献综述 | 第17-30页 |
| 1.2.1 绵羊的起源与驯化 | 第17-20页 |
| 1.2.1.1 绵羊的起源 | 第17-18页 |
| 1.2.1.2 家绵羊的野生祖先 | 第18-19页 |
| 1.2.1.3 绵羊的驯化 | 第19-20页 |
| 1.2.2 绵羊驯化下的变异 | 第20-21页 |
| 1.2.3 下一代测序技术在动物驯化关键基因挖掘中应用 | 第21-25页 |
| 1.2.3.1 利用下一代测序技术揭示动物驯化遗传机制的方法及原理 | 第21-22页 |
| 1.2.3.2 下一代测序技术在动物驯化研究中应用 | 第22-25页 |
| 1.2.4 本研究中涉及的具有代表性的5个中国地方绵羊品种 | 第25-30页 |
| 1.2.4.1 阿勒泰羊(Altaysheep) | 第25-26页 |
| 1.2.4.2 多浪羊(Duolangsheep) | 第26-27页 |
| 1.2.4.3 湖羊(Husheep) | 第27-28页 |
| 1.2.4.4 蒙古羊(Mongoliansheep) | 第28-29页 |
| 1.2.4.5 藏羊(Tibetansheep) | 第29-30页 |
| 1.3 本研究的目的与意义 | 第30-31页 |
| 第二章 材料与方法 | 第31-49页 |
| 2.1 本研究的整体思路与技术路线 | 第31-32页 |
| 2.2 五个中国地方绵羊品种基因组重测序 | 第32-33页 |
| 2.2.1 样品采集 | 第32页 |
| 2.2.2 DNA提取与质量检测 | 第32-33页 |
| 2.3 全基因组遗传变异分析 | 第33-39页 |
| 2.3.1 测序质量评估与过滤 | 第33页 |
| 2.3.2 亚洲摩弗伦野羊重测序数据的下载 | 第33-34页 |
| 2.3.3 全基因组序列比对及比对文件的预处理 | 第34-35页 |
| 2.3.4 遗传变异的鉴定、过滤和注释 | 第35-39页 |
| 2.3.4.1 遗传变异的鉴定 | 第35-39页 |
| 2.3.4.2 遗传变异的过滤 | 第39页 |
| 2.3.4.3 遗传变异的验证与注释 | 第39页 |
| 2.3.4.4 杂合子和InDel数量、长度的统计 | 第39页 |
| 2.4 群体遗传结构分析 | 第39-40页 |
| 2.4.1 主成分分析 | 第39-40页 |
| 2.4.2 系统发育树构建 | 第40页 |
| 2.4.3 群体结构分析 | 第40页 |
| 2.5 全基因组选择信号分析 | 第40-46页 |
| 2.5.1 全基因组选择信号分析策略 | 第40-41页 |
| 2.5.2 用于全基因组选择信号分析的指数 | 第41-43页 |
| 2.5.2.1 固定选择指数(Fixationindex,FST) | 第41-43页 |
| 2.5.2.2 杂合子率(Heterozygousity,HP) | 第43页 |
| 2.5.2.3 FST和HP的Z-转换 | 第43页 |
| 2.5.3 全基因组选择区域的鉴定 | 第43-45页 |
| 2.5.3.1 窗口FST和HP阈值 | 第44页 |
| 2.5.3.2 五个中国地方绵羊品种在驯化过程中共享的全基因组选择信号分析 | 第44页 |
| 2.5.3.3 五个中国地方绵羊品种在驯化过程中品种特异的全基因组选择信号分析 | 第44-45页 |
| 2.5.4 选择区域内基因的注释与分析 | 第45-46页 |
| 2.6 目标基因(targetgene)的分析 | 第46页 |
| 2.7 湖羊在驯化过程中产羔数相关选择基因及变异位点的群体遗传学效应分析 | 第46-47页 |
| 2.7.1 试验群体及DNA样品提取 | 第46页 |
| 2.7.2 SNP分型 | 第46-47页 |
| 2.7.3 基因型与产羔数性状关联分析 | 第47页 |
| 2.8 本研究中用到的主要网站、数据库和软件 | 第47-49页 |
| 2.8.1 主要网站及数据库 | 第47页 |
| 2.8.2 主要软件 | 第47-49页 |
| 第三章 研究结果 | 第49-92页 |
| 3.1 中国地方绵羊全基因组遗传变异图谱和群体遗传结构分析 | 第49-59页 |
| 3.1.1 五个中国地方绵羊品种全基因组测序结果 | 第49-54页 |
| 3.1.1.1 五个中国地方绵羊品种DNA质量与浓度 | 第49-51页 |
| 3.1.1.2 五个中国地方绵羊品种全基因组测序数据量和质量统计 | 第51-54页 |
| 3.1.2 全基因组遗传变异 | 第54-57页 |
| 3.1.3 亚洲摩弗伦野羊和5个中国地方绵羊品种群体遗传结构分析 | 第57-59页 |
| 3.1.3.1 主成分分析 | 第57页 |
| 3.1.3.2 系统发育树 | 第57-58页 |
| 3.1.3.3 群体结构分析 | 第58-59页 |
| 3.2 五个中国地方绵羊品种在驯化过程中共享的全基因组选择信号 | 第59-79页 |
| 3.2.1 常染色体上选择信号扫描 | 第59-61页 |
| 3.2.2 X染色体上选择信号扫描 | 第61-62页 |
| 3.2.3 选择区域内基因的注释与功能富集 | 第62-64页 |
| 3.2.4 五个中国地方绵羊品种共享的全基因组选择信号 | 第64-72页 |
| 3.2.5 常染色体上与视力下降相关选择基因 | 第72-77页 |
| 3.2.5.1 PDE6B基因 | 第73-75页 |
| 3.2.5.2 PANK2基因 | 第75-76页 |
| 3.2.5.3 FOXC1和GMDS基因 | 第76-77页 |
| 3.2.6 X染色体上与繁殖和神经发育相关选择基因 | 第77-79页 |
| 3.2.6.1 AR基因 | 第77-78页 |
| 3.2.6.2 OPHN1基因 | 第78-79页 |
| 3.3 五个中国地方绵羊品种在驯化过程中品种特异的全基因组选择信号 | 第79-92页 |
| 3.3.1 阿勒泰羊在驯化过程中特异的全基因组选择信号 | 第81-83页 |
| 3.3.2 多浪羊在驯化过程中特异的全基因组选择信号 | 第83-85页 |
| 3.3.3 湖羊在驯化过程中特异的全基因组选择信号 | 第85-88页 |
| 3.3.4 蒙古羊在驯化过程中特异的全基因组选择信号 | 第88-89页 |
| 3.3.5 藏羊在驯化过程中特异的全基因组选择信号 | 第89-92页 |
| 第四章 讨论 | 第92-101页 |
| 4.1 本研究的整体思路 | 第92-93页 |
| 4.2 鉴定选择区域的策略 | 第93-94页 |
| 4.3 中国地方绵羊品种遗传变异图谱 | 第94-95页 |
| 4.4 群体遗传结构 | 第95-96页 |
| 4.5 五个中国地方绵羊品种在驯化过程中共享的选择信号与基因 | 第96-98页 |
| 4.5.1 常染色体上与视力相关基因及变异 | 第96-97页 |
| 4.5.2 X染色体上与繁殖能力和神经发育相关的基因及变异 | 第97-98页 |
| 4.6 五个中国地方绵羊品种在驯化过程中品种特异的选择信号与基因 | 第98-101页 |
| 4.6.1 藏羊低氧适应性相关的选择区域及基因 | 第98-99页 |
| 4.6.2 多浪羊抗逆性相关的选择区域及基因 | 第99页 |
| 4.6.3 其他反映品种特征的选择区域及基因 | 第99-101页 |
| 第五章 全文小结 | 第101-104页 |
| 5.1 本研究的小结 | 第101-102页 |
| 5.2 本研究的主要结论 | 第102页 |
| 5.3 本研究的创新点与特色 | 第102-103页 |
| 5.4 本研究不足之处与进一步工作的建议 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-115页 |
| 附录 | 第115-157页 |
| 攻读学位期间撰写论文题录 | 第157-158页 |
| 致谢 | 第158-160页 |
