| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 缩略语表(Abbreviation) | 第12-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-26页 |
| 1 基因组选择的研究进展 | 第13-18页 |
| 1.1 基因组选择原理 | 第13页 |
| 1.2 基于混合线性模型的基因组选择方法 | 第13-15页 |
| 1.3 基于贝叶斯框架的基因组选择方法 | 第15-17页 |
| 1.4 基因组选择在动物遗传育种中的应用 | 第17-18页 |
| 2 全基因组关联分析的研究进展 | 第18-22页 |
| 2.1 全基因组关联分析原理 | 第18-19页 |
| 2.2 基于混合线性模型的全基因组关联分析方法 | 第19页 |
| 2.3 罕见变异多位点同时检测的全基因组关联分析方法 | 第19-20页 |
| 2.4 相关性状同时分析的全基因组关联分析方法 | 第20-21页 |
| 2.5 基于概述统计量的meta分析 | 第21页 |
| 2.6 全基因组关联分析在动物遗传育种中的应用 | 第21-22页 |
| 3 基因组功能注释信息的研究进展 | 第22-25页 |
| 3.1 基因组功能注释信息生成和处理 | 第22-23页 |
| 3.2 动物基因组功能注释信息的研究 | 第23-24页 |
| 3.3 基因组功能注释信息在遗传分析中的应用 | 第24-25页 |
| 4 研究的目的与意义 | 第25-26页 |
| 第二章 pGBLUP方法的建立和应用 | 第26-45页 |
| 1 引言 | 第26-27页 |
| 2 材料与方法 | 第27-34页 |
| 2.1 动物基因型数据来源和整理 | 第27-29页 |
| 2.2 动物基因功能注释信息整理 | 第29页 |
| 2.3 pGBLUP模型和方法建立 | 第29-31页 |
| 2.4 其他基因组选择方法GBLUP和BayesR | 第31-32页 |
| 2.5 计算机模拟测试pGBLUP的适用性 | 第32-33页 |
| 2.6 利用pGBLUP对奶水牛产奶性状进行基因组选择 | 第33-34页 |
| 2.7 利用pGBLUP研究仔猪八字腿遗传基础 | 第34页 |
| 3 结果与分析 | 第34-40页 |
| 3.1 pGBLUP方法建立和模拟分析 | 第34-38页 |
| 3.2 奶水牛产奶性状基因组选择的探讨 | 第38-39页 |
| 3.3 pGBLUP对仔猪八字腿遗传力在功能注释区域富集的研究 | 第39-40页 |
| 4 讨论 | 第40-45页 |
| 4.1 pGBLUP的适用性和对功能注释的依赖性 | 第40-41页 |
| 4.2 计算机模拟设置存在的局限性及改进措施 | 第41-42页 |
| 4.3 整合功能注释提高奶水牛产奶性状基因组选择的可行性 | 第42-43页 |
| 4.4 pGBLUP在仔猪八字腿遗传基础的挖掘 | 第43-45页 |
| 第三章 SMART方法的建立和应用 | 第45-82页 |
| 1 引言 | 第45-46页 |
| 2 材料与方法 | 第46-61页 |
| 2.1 基因型数据的整理与使用 | 第46-47页 |
| 2.2 组织(细胞)特性注释信息 | 第47-51页 |
| 2.3 SMART模型和方法建立 | 第51-56页 |
| 2.4 计算机模拟测试 | 第56-59页 |
| 2.5 鉴定人类43种复杂性状相关组织(细胞) | 第59-60页 |
| 2.6 性状相关组织(细胞)加权的SNP-set检验应用于GWAS | 第60-61页 |
| 2.7 SMART软件开发和安装使用 | 第61页 |
| 3 结果与分析 | 第61-79页 |
| 3.1 SMART方法建立和模拟分析 | 第62-65页 |
| 3.2 SMART和其他方法鉴定性状相关组织(细胞)的比较分析 | 第65-76页 |
| 3.3 不同SNP权重的SNP-set检验的全基因组关联分析 | 第76-79页 |
| 4 讨论 | 第79-82页 |
| 4.1 影响SMART鉴定性状相关组织(细胞)的因素 | 第79-80页 |
| 4.2 鉴定性状相关组织(细胞)对全基因组关联分析的意义 | 第80页 |
| 4.3 SMART整合动物功能注释信息的应用前景 | 第80-82页 |
| 全文总结 | 第82-84页 |
| 本研究的主要结论 | 第82页 |
| 本研究的创新点 | 第82-83页 |
| 本研究进一步研究内容 | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-109页 |
| 附录 | 第109-124页 |
| 1 论文补充数据 | 第109-122页 |
| 2 在校期间研究成果 | 第122-124页 |
| 致谢 | 第124-125页 |
