| 摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 1 绪论 | 第12-22页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第12-14页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第14-19页 |
| 1.2.1 蛋白质新功能预测 | 第14-15页 |
| 1.2.2 蛋白质负样例预测 | 第15-17页 |
| 1.2.3 基于数据集成的蛋白质功能预测 | 第17-19页 |
| 1.3 本文研究目标、主要内容级创新点 | 第19-20页 |
| 1.4 本文组织结构 | 第20-22页 |
| 2 相关研究方法 | 第22-26页 |
| 2.1 蛋白质功能标注识别基本结构 | 第22-23页 |
| 2.2 评价度量 | 第23-25页 |
| 2.2.1 蛋白质功能预测评价度量 | 第23-25页 |
| 2.2.2 蛋白质负样例功能预测评价度量 | 第25页 |
| 2.3 本章小结 | 第25-26页 |
| 3 蛋白质新功能预测研究 | 第26-49页 |
| 3.1 基于有向混合图的蛋白质新功能预测 | 第27-31页 |
| 3.1.1 有向混合图上的重启动随机游走 | 第27-30页 |
| 3.1.2 功能标签之间的转移概率 | 第30-31页 |
| 3.2 基于混合图上异步随机游走的蛋白质新功能预测 | 第31-35页 |
| 3.2.1 蛋白质关联网络优化 | 第31-33页 |
| 3.2.2 基因本体功能标签节点转移概率 | 第33页 |
| 3.2.3 混合图上异步随机游走 | 第33-35页 |
| 3.3 实验及分析 | 第35-48页 |
| 3.3.1 数据集 | 第35-36页 |
| 3.3.2 对比方法 | 第36页 |
| 3.3.3 蛋白质新功能预测 | 第36-43页 |
| 3.3.4 语义相似度和基因本体结构信息的贡献 | 第43-44页 |
| 3.3.5 参数敏感性分析 | 第44-46页 |
| 3.3.6 运行时间分析 | 第46-48页 |
| 3.4 本章小结 | 第48-49页 |
| 4 蛋白质负样例预测研究 | 第49-79页 |
| 4.1 基于本体结构蛋白质负样例预测 | 第49-52页 |
| 4.1.1 基于层次结构关系的功能转移概率 | 第49-51页 |
| 4.1.2 拓展的条件转移概率 | 第51-52页 |
| 4.1.3 负样例选择策略 | 第52页 |
| 4.2 基于正负样例的蛋白质功能预测 | 第52-57页 |
| 4.2.1 有向符号混合图 | 第53-54页 |
| 4.2.2 符号混合图上的标签传播算法 | 第54-57页 |
| 4.3 基于降维的蛋白质不相关功能预测 | 第57-62页 |
| 4.3.1 蛋白质互作网的降维表示 | 第57-59页 |
| 4.3.2 蛋白质-功能标签关联矩阵的降维表示 | 第59-61页 |
| 4.3.3 蛋白质负样例预测 | 第61-62页 |
| 4.4 实验及分析 | 第62-77页 |
| 4.4.1 数据集 | 第62-63页 |
| 4.4.2 对比方法与评价度量 | 第63-64页 |
| 4.4.3 负样例预测结果分析 | 第64-70页 |
| 4.4.4 负样例提高功能预测精度 | 第70-73页 |
| 4.4.5 降维贡献分析 | 第73-76页 |
| 4.4.6 运行时间分析 | 第76-77页 |
| 4.5 本章总结 | 第77-79页 |
| 5 基于数据集成的蛋白质功能预测 | 第79-98页 |
| 5.1 基于多网络语义集成预测蛋白质功能 | 第79-83页 |
| 5.1.1 基于功能标签重合度的语义网络构建 | 第80-81页 |
| 5.1.2 多源数据网络整合 | 第81-83页 |
| 5.1.3 复合网络上的蛋白质功能预测 | 第83页 |
| 5.2 基于多网络数据协同矩阵分解的蛋白质功能预测 | 第83-89页 |
| 5.2.1 基于矩阵分解的蛋白质功能预测 | 第84页 |
| 5.2.2 结合功能标签关联信息和多个功能网络数据 | 第84-86页 |
| 5.2.3 统一的目标方程与优化求解 | 第86-89页 |
| 5.3 实验及分析 | 第89-97页 |
| 5.3.1 数据集 | 第89-90页 |
| 5.3.2 对比方法与评价度量 | 第90-91页 |
| 5.3.3 蛋白质功能预测 | 第91-94页 |
| 5.3.4 参数分析 | 第94-96页 |
| 5.3.5 运行时间分析 | 第96-97页 |
| 5.4 本章小结 | 第97-98页 |
| 6 总结与展望 | 第98-101页 |
| 6.1 论文总结 | 第98-99页 |
| 6.2 论文展望 | 第99-101页 |
| 参考文献 | 第101-108页 |
| 致谢 | 第108-109页 |
| 发表论文及参加课题一览 | 第109-110页 |
