线粒体从头组装揭示欧亚猪遗传多样性及分子进化
| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略词表(ABBREVIATIONS) | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第12-18页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第12-13页 |
| 1.2 文献综述 | 第13-17页 |
| 1.2.1 家猪的驯化历史 | 第13-14页 |
| 1.2.2 线粒体DNA与分子进化 | 第14-15页 |
| 1.2.3 古DNA研究概述 | 第15-17页 |
| 1.3 本研究的目的和意义 | 第17-18页 |
| 2 材料与方法 | 第18-27页 |
| 2.1 材料 | 第18-21页 |
| 2.1.1 样品 | 第18页 |
| 2.1.2 试剂与试剂盒 | 第18-19页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第19页 |
| 2.1.4 主要分子生物学软件、网站和数据库 | 第19-21页 |
| 2.2 方法 | 第21-27页 |
| 2.2.1 本研究的技术路线 | 第21-22页 |
| 2.2.2 DNA的提取 | 第22-23页 |
| 2.2.3 PCR扩增 | 第23-24页 |
| 2.2.4 全线粒体基因组组装 | 第24-25页 |
| 2.2.5 进化树的构建 | 第25-26页 |
| 2.2.6 核苷酸多态性计算 | 第26页 |
| 2.2.7 线粒体纯化选择分析 | 第26-27页 |
| 3 结果 | 第27-40页 |
| 3.1 全长线粒体序列组装 | 第27-29页 |
| 3.2 线粒体全序列进化树的推断 | 第29-30页 |
| 3.3 核苷酸多态性计算 | 第30-32页 |
| 3.4 线粒体的选择效率 | 第32-36页 |
| 3.5 现代与古代线粒体DNA对比 | 第36-37页 |
| 3.6 古DNA线粒体序列捕获测序 | 第37-39页 |
| 3.7 加入古DNA的进化分析 | 第39-40页 |
| 4 讨论 | 第40-44页 |
| 4.1 线粒体DNA组装 | 第40-41页 |
| 4.2 线粒体的母系渗入 | 第41页 |
| 4.3 东西方猪的遗传多样性 | 第41-42页 |
| 4.4 东西方猪的选择效率 | 第42-43页 |
| 4.5 古DNA序列捕获 | 第43-44页 |
| 5 小结 | 第44-46页 |
| 5.1 本研究的主要结论 | 第44页 |
| 5.2 本研究的创新点与特色 | 第44页 |
| 5.3 本研究的不足与进一步建议 | 第44-46页 |
| 参考文献 | 第46-58页 |
| 附录 | 第58-68页 |
| 1. 古DNA样品分布及C~(14)鉴定报告 | 第58-60页 |
| 2. 公共线粒体数据列表 | 第60-61页 |
| 3. D-loop及全线粒体PCR扩增测序实验图 | 第61-62页 |
| 4. 软件及代码 | 第62-68页 |
| 在读期间发表论文题录 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
