| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 缩略语对照表 | 第10-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-29页 |
| 1.1 基因组学的研究进展 | 第13-18页 |
| 1.1.1 基因组测序技术 | 第13-17页 |
| 1.1.2 基因组数据文库的构建流程 | 第17-18页 |
| 1.2 植物基因组学 | 第18-21页 |
| 1.2.1 植物基因组学研究概况 | 第18-19页 |
| 1.2.2 植物基因组学的主要研究内容 | 第19-20页 |
| 1.2.3 植物基因组调研图研究意义 | 第20-21页 |
| 1.3 天目地黄的概况和研究进展 | 第21-25页 |
| 1.3.1 天目地黄的分类及依据 | 第21页 |
| 1.3.2 天目地黄的结构和生境 | 第21-22页 |
| 1.3.3 天目地黄的研究进展 | 第22-25页 |
| 1.4 天目地黄药用价值的发掘 | 第25-26页 |
| 1.5 珍稀植物天目地黄的资源保护 | 第26-27页 |
| 1.6 研究目的和内容 | 第27-29页 |
| 第二章 研究方法 | 第29-39页 |
| 2.1 天目地黄植物全基因组DNA材料的获取 | 第29-31页 |
| 2.1.1 植物材料来源 | 第29页 |
| 2.1.2 植物组织的处理方式 | 第29页 |
| 2.1.3 DNA的提取方法及步骤 | 第29-31页 |
| 2.2 测序数据的获取及处理 | 第31-36页 |
| 2.2.1 原始数据的生成 | 第31-32页 |
| 2.2.2 测序数据质控 | 第32页 |
| 2.2.3 基因序列组装 | 第32-36页 |
| 2.3 结构基因组分析 | 第36-39页 |
| 2.3.1 基因的预测和注释 | 第36-37页 |
| 2.3.2 重复序列注释 | 第37页 |
| 2.3.3 基因功能注释 | 第37-39页 |
| 第三章 研究结果 | 第39-63页 |
| 3.1 原始数据统计 | 第39-41页 |
| 3.1.1 污染评估及处理 | 第39-40页 |
| 3.1.2 过滤接头序列和低质量的数据 | 第40页 |
| 3.1.3 质体基因组的去除 | 第40-41页 |
| 3.2 利用K-mer图预估基因组信息 | 第41-42页 |
| 3.3 序列初步组装 | 第42-43页 |
| 3.4 GC含量 | 第43页 |
| 3.5 结构基因组分析 | 第43-58页 |
| 3.5.1 重复序列 | 第43-45页 |
| 3.5.2 基因初步预测和注释 | 第45-58页 |
| 3.6 与梓醇合成途径有关的基因 | 第58-63页 |
| 第四章 讨论 | 第63-69页 |
| 4.1 天目地黄基因组特征 | 第63-66页 |
| 4.1.1 基因组组装情况 | 第63-65页 |
| 4.1.2 重复序列比较 | 第65-66页 |
| 4.1.3 基因预测和注释 | 第66页 |
| 4.2 天目地黄基因组揭示了其药用成分梓醇的代谢途径 | 第66-69页 |
| 结论 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-79页 |
| 致谢 | 第79-81页 |
| 攻读硕士学位期间取得的科研成果 | 第81-82页 |