| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第12-22页 |
| 1.1 曲霉概述 | 第12-16页 |
| 1.1.1 黑曲霉简介 | 第12-13页 |
| 1.1.2 黑曲霉工业应用 | 第13-14页 |
| 1.1.3 黑曲霉基因组研究现状 | 第14-16页 |
| 1.2 第三代测序技术简介及其在基因组学中的应用 | 第16-18页 |
| 1.2.1 第一、二、三代测序技术的原理及比较 | 第16-17页 |
| 1.2.2 第三代测序技术应用 | 第17-18页 |
| 1.3 比较基因组学的的研究发展及现状 | 第18-20页 |
| 1.3.1 比较基因组学的发展概述 | 第18-19页 |
| 1.3.2 比较基因组学的应用 | 第19-20页 |
| 1.4 本研究课题的主要内容及研究意义 | 第20-22页 |
| 1.4.1 本课题的主要研究内容 | 第20页 |
| 1.4.2 本课题的研究意义 | 第20-22页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第22-31页 |
| 2.1 实验材料 | 第22-25页 |
| 2.1.1 主要仪器和设备 | 第22页 |
| 2.1.2 主要生物信息学软件 | 第22-23页 |
| 2.1.3 主要试剂及配方 | 第23-24页 |
| 2.1.4 实验培养及方法 | 第24页 |
| 2.1.5 菌种材料 | 第24页 |
| 2.1.6 参考基因组数据 | 第24-25页 |
| 2.1.7 生物信息学分析的主要流程 | 第25页 |
| 2.2 实验方法 | 第25-31页 |
| 2.2.1 黑曲霉SH2和HL_1的DNA提取及测序 | 第25-26页 |
| 2.2.2 基因组序列组装 | 第26页 |
| 2.2.3 系统进化树构建 | 第26-27页 |
| 2.2.4 基因预测与功能注释 | 第27页 |
| 2.2.5 KOG/COG分类 | 第27-28页 |
| 2.2.6 三菌株的GO注释及分类比较 | 第28页 |
| 2.2.7 黑曲霉中心代谢途径分析 | 第28页 |
| 2.2.8 与工业应用相关酶系基因分析 | 第28页 |
| 2.2.9 与转录因子相关分析 | 第28页 |
| 2.2.10 与次级代谢基因分析 | 第28-29页 |
| 2.2.11 与细胞壁相关基因分析 | 第29页 |
| 2.2.12 与无性生殖相关基因的缺失及PCR验证 | 第29页 |
| 2.2.13 同线性分析分析 | 第29-30页 |
| 2.2.14 密码子偏好性分析 | 第30-31页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第31-63页 |
| 3.1 黑曲霉SH2基因组组装预测及功能注释分析 | 第31-38页 |
| 3.2 黑曲霉HL_1基因组组装预测及功能注释分析 | 第38-42页 |
| 3.3 黑曲霉CBS513.8和黑曲霉SH2以及黑曲霉HL_1比较基因组学研究 | 第42-63页 |
| 3.3.1 基因组组装注释 | 第42-46页 |
| 3.3.2 系统进化分析 | 第46-47页 |
| 3.3.3 中心代谢途径分析 | 第47-49页 |
| 3.3.4 与工业应用相关酶系分析 | 第49-50页 |
| 3.3.5 转录因子相关基因的注释与分析 | 第50-51页 |
| 3.3.6 次级代谢相关基因的注释与分析 | 第51-53页 |
| 3.3.7 细胞壁相关基因的注释与分析 | 第53-54页 |
| 3.3.8 无性生殖相关基因的注释分析及其PCR验证 | 第54-55页 |
| 3.3.9 同线性分析 | 第55-58页 |
| 3.3.10 密码子偏好性分析 | 第58-63页 |
| 第四章 结论与展望 | 第63-65页 |
| 4.1 结论 | 第63-64页 |
| 4.2 展望 | 第64页 |
| 4.3 本论文创新之处 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-74页 |
| 附录 | 第74-159页 |
| 附录一 黑曲霉SH2和HL_1与蛋白质降解相关基因分析 | 第74-95页 |
| 附录二 黑曲霉SH2、HL_1关于已知的与多糖降解酶相关基因分析 | 第95-114页 |
| 附录三 黑曲霉SH2、HL_1关于已知与转录因子相关基因分析 | 第114-119页 |
| 附录四 黑曲霉SH2和HL_1关于已知的与细胞壁相关基因 | 第119-149页 |
| 附录五 黑曲霉SH2和HL_1关于已知的与无性生殖相关基因分析 | 第149-159页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第159-160页 |
| 致谢 | 第160-161页 |
| 附件 | 第161页 |
