| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-24页 |
| 1 国内外深水网箱养殖发展概况 | 第13-16页 |
| 1.1 国外深水网箱养殖发展概况 | 第13-14页 |
| 1.2 国内深水网箱养殖发展概况 | 第14-15页 |
| 1.3 海南省深水网箱养殖存在的主要问题 | 第15-16页 |
| 2 深水网箱养殖区微生物多样性研究概况 | 第16-18页 |
| 2.1 养殖区微生物分布情况 | 第16页 |
| 2.2 养殖区微生物研究方法 | 第16-18页 |
| 2.2.1 常规培养法 | 第16页 |
| 2.2.2 显微镜观察法 | 第16-17页 |
| 2.2.3 分子生物学技术 | 第17-18页 |
| 2.3.4 基于宏基因组学(Metagenomics) 16S rRNA基因测序法 | 第18页 |
| 3. 海南深水网箱养殖卵形鲳鳞及其主要病害研究概况 | 第18-21页 |
| 3.1 卵形鲳鲹养殖概况 | 第18页 |
| 3.2 卵形鲳鲹主要疾病及其研究概况 | 第18-21页 |
| 3.2.1 养殖卵形鲳鲹的主要疾病 | 第18-20页 |
| 3.2.2 卵形鲳鲹细菌病原的检测方法 | 第20-21页 |
| 4 测序技术的发展 | 第21-23页 |
| 5 本文研究目的与意义 | 第23-24页 |
| 第二章 基于宏基因组学16S rRNA基因测序的海南后水湾深水网箱养殖区微生物多样性研究 | 第24-65页 |
| 1 前言 | 第24页 |
| 2 材料和方法 | 第24-29页 |
| 2.1 样品采集 | 第24-25页 |
| 2.2 水质检测 | 第25页 |
| 2.3 样品预处理及DNA提取 | 第25页 |
| 2.4 PCR扩增和高通量测序 | 第25-26页 |
| 2.5 测序数据处理 | 第26-27页 |
| 2.6 多样性和群落结构分析 | 第27-28页 |
| 2.7 稀释性曲线分析 | 第28页 |
| 2.8 多维度分析 | 第28-29页 |
| 3 结果与分析 | 第29-60页 |
| 3.1 深水网箱养殖区水质情况 | 第29-31页 |
| 3.2 深水网箱养殖区微生物群落多样性 | 第31-33页 |
| 3.3 深水网箱养殖区微生物群落组成 | 第33-57页 |
| 3.3.1 水体中微生物群落组成 | 第34-52页 |
| 3.3.2 卵形鲳鲹肝脏组织微生物多样性分析 | 第52-57页 |
| 3.4 细菌群落的NMDS分析 | 第57-59页 |
| 3.5 深水网箱养殖区微生物多样性与水质参数关系 | 第59-60页 |
| 4 讨论 | 第60-63页 |
| 4.1 细菌群落多样性与丰富度变化 | 第60页 |
| 4.2 细菌群落组成 | 第60-61页 |
| 4.3 弧菌与鱼类疾病的关系 | 第61-62页 |
| 4.4 细菌群落组成与环境因子关系 | 第62-63页 |
| 5 小节 | 第63-65页 |
| 第三章 海南深水网箱养殖卵形鲳鲹“烂身病”病原分离、鉴定及药敏分析 | 第65-74页 |
| 1 前言 | 第65页 |
| 2 材料和方法 | 第65-67页 |
| 2.1 实验鱼类 | 第65-66页 |
| 2.2 菌株和培养基 | 第66页 |
| 2.3 病原菌的分离与半致死浓度(LD_(50))测定 | 第66页 |
| 2.4 病原菌形态学观察和生理生化特征 | 第66-67页 |
| 2.5 16S rRNA基因序列测定及系统发育分析 | 第67页 |
| 2.6 分离菌株药敏特征检测 | 第67页 |
| 3 结果 | 第67-71页 |
| 3.1 病原菌分离与人工感染 | 第67-68页 |
| 3.2 菌落形态及生理生化特征 | 第68-69页 |
| 3.3 16S rRNA系统树分析 | 第69-70页 |
| 3.4 药敏特征 | 第70-71页 |
| 4 讨论分析 | 第71-73页 |
| 5 小结 | 第73-74页 |
| 第四章 哈维氏弧菌菌株QT520全基因组测序及比较基因组分析 | 第74-97页 |
| 1 前言 | 第74-75页 |
| 2 材料和方法 | 第75-80页 |
| 2.1 病原菌分离 | 第75页 |
| 2.2 哈维氏弧菌基因组DNA提取及质控 | 第75页 |
| 2.2.1 细菌总DNA提取 | 第75页 |
| 2.2.2 质控 | 第75页 |
| 2.3 质检分析 | 第75-76页 |
| 2.4 文库构建及测序 | 第76页 |
| 2.4.1 二代测序文库构建及测序 | 第76页 |
| 2.4.2 三代测序文库构建及测序 | 第76页 |
| 2.5 全基因组拼接及注释 | 第76-77页 |
| 2.5.1 拼接流程 | 第76-77页 |
| 2.5.2 测序质量评估及质控 | 第77页 |
| 2.5.3 基因组拼接 | 第77页 |
| 2.6 基因预测及功能分析 | 第77-78页 |
| 2.6.1 基因预测 | 第77页 |
| 2.6.2 基因的功能分析 | 第77-78页 |
| 2.7 哈维氏弧菌QT520毒力相关基因分析 | 第78页 |
| 2.7.1 基因岛 | 第78页 |
| 2.7.2 前噬菌体 | 第78页 |
| 2.7.3 毒力因子 | 第78页 |
| 2.7.4 耐药基因 | 第78页 |
| 2.8 系统进化树分析 | 第78-80页 |
| 2.9 比较基因组分析 | 第80页 |
| 3 结果 | 第80-94页 |
| 3.1 哈维氏弧菌基因组DNA提取及质控 | 第80页 |
| 3.2 质检分析 | 第80-81页 |
| 3.3 测序结果统计分析 | 第81-84页 |
| 3.3.1 测序原始数据统计 | 第81-83页 |
| 3.3.2 基因组序列信息统计 | 第83-84页 |
| 3.4 基因预测及功能分类 | 第84-87页 |
| 3.5 毒力相关基因分析 | 第87-91页 |
| 3.5.1 基因岛 | 第87页 |
| 3.5.2 前噬菌体 | 第87页 |
| 3.5.3 毒力因子 | 第87-89页 |
| 3.5.4 耐药基因 | 第89-91页 |
| 3.6 系统进化树分析 | 第91-92页 |
| 3.7 比较基因组分析 | 第92-94页 |
| 4 讨论 | 第94-96页 |
| 5 小结 | 第96-97页 |
| 第五章 基于RT-LAM P法的哈维氏弧菌快速检测方法建立 | 第97-116页 |
| 1 前言 | 第97-98页 |
| 2 材料和方法 | 第98-105页 |
| 2.1 材料 | 第98-99页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第98-99页 |
| 2.2 实验方法 | 第99-105页 |
| 2.2.1 细菌培养和基因组DNA的制备 | 第99-100页 |
| 2.2.2 引物的设计 | 第100-102页 |
| 2.2.3 RT-LAMP反应体系的建立 | 第102页 |
| 2.2.4 筛选引物实验 | 第102页 |
| 2.2.5 特异性实验 | 第102页 |
| 2.2.6 灵敏度实验 | 第102-104页 |
| 2.2.7 实际样品中哈维氏弧菌RT-LAMP检测实验 | 第104-105页 |
| 3 结果 | 第105-114页 |
| 3.1 筛选引物实验 | 第105-106页 |
| 3.2 特异性实验 | 第106-107页 |
| 3.3 灵敏度实验 | 第107-111页 |
| 3.3.1 哈维氏弧菌DNA灵敏度检测 | 第107-109页 |
| 3.3.2 哈维氏弧菌菌液灵敏度 | 第109-111页 |
| 3.4 样品检测 | 第111-114页 |
| 4 讨论 | 第114-115页 |
| 5 小结 | 第115-116页 |
| 结论 | 第116-118页 |
| 主要创新点 | 第118-119页 |
| 参考文献 | 第119-129页 |
| 博士期间主要成果 | 第129-130页 |
| 致谢 | 第130页 |
