| Abstract | 第3页 |
| 中文摘要 | 第5-8页 |
| List of abbreviation | 第8-10页 |
| Chapter 1 Introduction | 第10-30页 |
| 1.1 Post-translational modification processes | 第10-13页 |
| 1.2 Experimental methods for PTM identification | 第13页 |
| 1.3 Lysine PTM site prediction | 第13-23页 |
| 1.3.1 The importance of protein lysine PTM sites | 第15页 |
| 1.3.2 Databases of lysine PTM sites | 第15-17页 |
| 1.3.3 Feature for the prediction of lysine PTM sites | 第17-19页 |
| 1.3.4 The algorithm of lysine PTM sites prediction | 第19-23页 |
| 1.4 Research progress of protein pupylation site prediction | 第23-26页 |
| 1.4.1 The biological process of pupylation | 第24页 |
| 1.4.2 The biological function of pupylation | 第24页 |
| 1.4.3 Databases of pupylation sites | 第24-25页 |
| 1.4.4 Existing tools for prediction of pupylation sites | 第25-26页 |
| 1.5 Research progress of protein succinylation site prediction | 第26-28页 |
| 1.5.1 The biological function of succinylation proteins | 第27页 |
| 1.5.2 Databases of succinylation sites | 第27页 |
| 1.5.3 Existing tools for succinylation site prediction | 第27-28页 |
| 1.6 Article description | 第28-30页 |
| 1.6.1 Development of protein pupylation sites prediction tool | 第28页 |
| 1.6.2 Development of protein succinylation sites prediction tool | 第28-29页 |
| 1.6.3 Introduction of different sections | 第29-30页 |
| Chapter 2 Prediction of protein pupylation sites based on sequence evolutionaryinformation | 第30-55页 |
| 2.1 Introduction | 第30-31页 |
| 2.2 Materials and methods | 第31-37页 |
| 2.2.1 Data preparation | 第32-34页 |
| 2.2.2 Encoding scheme of pbCKSAAP | 第34-35页 |
| 2.2.3 Encoding scheme of CKSAAP | 第35页 |
| 2.2.4 Feature selection | 第35-36页 |
| 2.2.5 Model training | 第36页 |
| 2.2.6 Cross-validation and performance evaluation measurements | 第36-37页 |
| 2.3 Results and discussion | 第37-52页 |
| 2.3.1 Performance assessment on the training dataset | 第37-40页 |
| 2.3.2 Performance comparison of pbPUP with existing predictors | 第40-44页 |
| 2.3.3 The influence of sequence redundancy on the predictive performance | 第44-45页 |
| 2.3.4 Comparison of the pbCKSAAP and CKSAAP encoding schemes | 第45-49页 |
| 2.3.5 Significant features of pbCKSAAP | 第49-52页 |
| 2.3.6 Web server implementation | 第52页 |
| 2.4 Summary of chapter 2 | 第52-55页 |
| Chapter 3 Prediction of protein succinylation sites by exploiting amino acid pattern andproperties | 第55-79页 |
| 3.1 Introduction | 第55-56页 |
| 3.2 Materials and Methods | 第56-61页 |
| 3.2.1 Data collection | 第56-58页 |
| 3.2.2 Feature encoding | 第58页 |
| 3.2.3 CKSAAP encoding | 第58页 |
| 3.2.4 Binary encoding | 第58-59页 |
| 3.2.5 AAindex encoding | 第59页 |
| 3.2.6 Random forest classifier | 第59-60页 |
| 3.2.7 Feature selection | 第60页 |
| 3.2.8 Performance assessment | 第60页 |
| 3.2.9 Rule extraction | 第60-61页 |
| 3.3 Results and Discussion | 第61-76页 |
| 3.3.1 Prediction capabilities of the different encoding features with a RF classifier | 第61-64页 |
| 3.3.2 A comparison of the proposed SuccinSite with existing methods | 第64-68页 |
| 3.3.3 Selected informative features | 第68-74页 |
| 3.3.4 Extracted important rules obtained from the RF models | 第74页 |
| 3.3.5 Case studies | 第74-76页 |
| 3.3.6 Online web server | 第76页 |
| 3.4 Summary of chapter 3 | 第76-79页 |
| Chapter 4 Conclusions and perspectives | 第79-81页 |
| 4.1 Conclusions | 第79页 |
| 4.2 Perspectives | 第79-81页 |
| References | 第81-94页 |
| Acknowledgements | 第94-95页 |
| Appendix | 第95-96页 |
| Curriculum Vitae | 第96-98页 |
