| 中文摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 致谢 | 第10-11页 |
| 1 综述 | 第11-16页 |
| 1.1 水稻细菌性褐条病 | 第11-12页 |
| 1.2 内酰胺酶类抗生素 | 第12页 |
| 1.4 六型分秘系统（T6SS) | 第12-13页 |
| 1.5 转录组（RNA-seq)测序 | 第13-16页 |
| 1.5.1 高通量测序简述 | 第13-14页 |
| 1.5.2 RNA-Seq原理 | 第14页 |
| 1.5.3 RNA-Seq的应用 | 第14-16页 |
| 2 研究的目的及意义 | 第16-17页 |
| 3 试验方法 | 第17-34页 |
| 3.1 非生物因素的压力筛选 | 第17-18页 |
| 3.1.1 供试菌株的活化与培养 | 第17页 |
| 3.1.2 β-内酰胺酶类抗生素筛选 | 第17页 |
| 3.1.3 其他非生物因素Ca~(2+)和Mg~(2+)筛选 | 第17-18页 |
| 3.3 毒性相关表型的测定 | 第18-23页 |
| 3.3.1 生物膜形成测定 | 第18页 |
| 3.3.2 游动性测定 | 第18-19页 |
| 3.3.3 致病性测定 | 第19页 |
| 3.3.4 胞外多糖(EPS)的提取 | 第19-20页 |
| 3.3.5 FTIR光谱检测 | 第20页 |
| 3.3.6 根部定殖测定试验 | 第20-23页 |
| 3.3.6.1 咖标记的菌株的构建 | 第20-21页 |
| 3.3.6.2 根部定殖测定 | 第21页 |
| 3.3.6.3 细胞计数法 | 第21-23页 |
| 3.4 转录组分析 | 第23-25页 |
| 3.4.1 细菌总RNA提取和纯化 | 第23页 |
| 3.4.2 RNA-Seq测序 | 第23页 |
| 3.4.3 RNA-Seq分析 | 第23-24页 |
| 3.4.3.1 测序数据与基因组匹配 | 第23页 |
| 3.4.3.2 基因表达水平的标准 | 第23页 |
| 3.4.3.3 基因差异表达的计算和功能分析 | 第23-24页 |
| 3.4.4 RNA-Seq数据可靠性验证 | 第24-25页 |
| 3.5 hcp基因功能研究 | 第25-33页 |
| 3.5.1 细菌基因组DNA的提取与验证 | 第25页 |
| 3.5.2 目的基因的扩增 | 第25页 |
| 3.5.3 双酶切 | 第25页 |
| 3.5.4 连接 | 第25页 |
| 3.5.5 大肠杆菌热激感受态的制备 | 第25-26页 |
| 3.5.6 热激转化 | 第26页 |
| 3.5.7 电击感受态的制备 | 第26-27页 |
| 3.5.8 电击转化 | 第27页 |
| 3.5.9 阳性克隆的筛选与鉴定 | 第27页 |
| 3.5.10 Hcp与VgrG(或Lipo)体外互作 | 第27-31页 |
| 3.5.10.1 细菌双杂交试验 | 第27-28页 |
| 3.5.10.2 GST-pull down试验 | 第28-31页 |
| 3.5.11 Hcp多克隆抗体制备及检测 | 第31-33页 |
| 3.5.11.1 酶联免疫吸附测定(ELISA) | 第32页 |
| 3.5.11.2 Hcp蛋白的定位 | 第32-33页 |
| 3.6 试验数据的统计分析 | 第33-34页 |
| 4 试验结果 | 第34-54页 |
| 4.1 非生物压力筛选 | 第34-36页 |
| 4.1.1 β-内酰胺酶类抗生素筛选 | 第34页 |
| 4.1.2 Ca~(2+)和Mg~(2+)压力筛选 | 第34-36页 |
| 4.2 毒力表型检测 | 第36-41页 |
| 4.2.1 生物膜形成测定 | 第36页 |
| 4.2.2 游动性测定 | 第36-37页 |
| 4.2.3 致病性检测试验 | 第37-39页 |
| 4.2.3.1 野生型菌株RS-1致病性检测 | 第37-38页 |
| 4.2.3.2 重组菌株RS-1-rfp致病性检测 | 第38-39页 |
| 4.2.4 定殖和细胞计数测定 | 第39-41页 |
| 4.3 转录组(RNA-seq)分析 | 第41-48页 |
| 4.3.1 基因功能分类 | 第42-46页 |
| 4.3.1.1 抗性基因差异表达情况 | 第42-44页 |
| 4.3.1.2 代谢、毒力和游动性等相关基因差异表达情况分析 | 第44-45页 |
| 4.3.1.3 Clusters of orthologous groups(COG)功能分类 | 第45-46页 |
| 4.3.2 Amp影响T6SS相关基因表达 | 第46-48页 |
| 4.5 hcp基因功能研究 | 第48-54页 |
| 4.5.1 △hcp敲除突变体的构建 | 第48页 |
| 4.5.2 △hcp突变体毒力相关表型检测 | 第48-50页 |
| 4.5.2.1 游动性检测 | 第48-49页 |
| 4.5.2.2 致病性检测 | 第49-50页 |
| 4.5.2.3 胞外多糖(EPS)红外检测 | 第50页 |
| 4.5.3 △hcp突变体的T6SS相关基因的qRT-PCR检测 | 第50-51页 |
| 4.5.4 Hcp与VgrG或Lipo互作 | 第51-52页 |
| 4.5.5 检测主要T6SS相关基因突变体对Hcp蛋白分泌的影响 | 第52-54页 |
| 5 讨论 | 第54-58页 |
| 参考文献 | 第58-63页 |
| 附录 | 第63-67页 |
| 个人简历 | 第67页 |
