| 缩略词表 | 第8-9页 |
| 摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-30页 |
| 1.1 杂种物种形成和多倍体复合体 | 第16-17页 |
| 1.2 杂交带及其研究进展 | 第17-18页 |
| 1.3 禺毛茛多倍体复合体介绍 | 第18-24页 |
| 1.3.1 禺毛茛多倍体复合体各成员形态学特点 | 第20-23页 |
| 1.3.2 禺毛茛多倍体复合体各成员生态习性特点 | 第23-24页 |
| 1.3.3 禺毛茛多倍体复合体各成员地理分布特点 | 第24页 |
| 1.4 rDNA-FISH和GISH在多倍体复合体研究中的应用 | 第24-25页 |
| 1.5 ITS和叶绿体基因间隔区在杂种鉴别中的应用 | 第25-26页 |
| 1.5.1 ITS序列的特点 | 第25-26页 |
| 1.5.2 ITS和叶绿体基因用于杂种鉴别 | 第26页 |
| 1.6 微卫星标记在杂交带研究中的应用 | 第26-27页 |
| 1.6.1 微卫星标记的特点 | 第26页 |
| 1.6.2 微卫星标记用于杂种鉴别 | 第26-27页 |
| 1.7 转录组数据在系统发育中的应用 | 第27-30页 |
| 1.7.1 利用转录组数据开发单拷贝核基因标记 | 第27页 |
| 1.7.2 用于检测多倍体物种形成 | 第27-28页 |
| 1.7.3 用于性状进化研究 | 第28页 |
| 1.7.4 转录组数据的系统发育分析方法 | 第28-30页 |
| 第二章 引言 | 第30-32页 |
| 2.1 课题的提出和意义 | 第30-31页 |
| 2.2 研究内容 | 第31-32页 |
| 2.2.1 多倍体复合体网状进化关系 | 第31页 |
| 2.2.2 杂交带的杂交模式 | 第31页 |
| 2.2.3 二倍体类群比较转录组学研究 | 第31-32页 |
| 第三章 禺毛茛多倍体复合体网状进化研究 | 第32-43页 |
| 3.1 材料与方法 | 第32-37页 |
| 3.1.1 研究材料 | 第32页 |
| 3.1.2 研究方法 | 第32-37页 |
| 3.3 结果 | 第37-40页 |
| 3.3.1 系统发育网络 | 第37-38页 |
| 3.3.2 FISH结果 | 第38-40页 |
| 3.4 讨论 | 第40-43页 |
| 3.4.1 R. chinensis在该复合体中起到枢纽基因组的作用 | 第40页 |
| 3.4.2 多倍体复合体网状进化关系 | 第40-43页 |
| 第四章 二倍体多物种杂交带的发现及杂交模式研究 | 第43-57页 |
| 4.1 材料与方法 | 第44-47页 |
| 4.1.1 研究的类群 | 第44页 |
| 4.1.2 采样策略 | 第44-46页 |
| 4.1.3 DNA提取，扩增和测序 | 第46-47页 |
| 4.1.4 系统学分析 | 第47页 |
| 4.1.5 系统发育网络分析 | 第47页 |
| 4.1.6 重组检测 | 第47页 |
| 4.1.7 花粉育性检测 | 第47页 |
| 4.2 结果 | 第47-52页 |
| 4.2.1 序列特点 | 第47-48页 |
| 4.2.2 基于直接测序ITS的系统学分析 | 第48页 |
| 4.2.3 系统发育网络分析 | 第48-50页 |
| 4.2.4 重组检测 | 第50-51页 |
| 4.2.5 花粉可育性 | 第51-52页 |
| 4.3 讨论 | 第52-57页 |
| 4.3.1 杂交的证据 | 第52-53页 |
| 4.3.2 ITS的重组 | 第53-54页 |
| 4.3.3 杂交模式 | 第54-55页 |
| 4.3.4 杂交的进化结果 | 第55-57页 |
| 第五章 微卫星引物开发 | 第57-70页 |
| 5.1 材料与方法 | 第57-64页 |
| 5.1.1 样品采集 | 第57页 |
| 5.1.2 实验方法 | 第57-64页 |
| 5.2 结果与分析 | 第64-70页 |
| 5.2.1 微卫星序列富集 | 第64页 |
| 5.2.2 微卫星文库的评估 | 第64-65页 |
| 5.2.3 引物设计与筛选 | 第65页 |
| 5.2.4 荧光引物 PCR 检测结果 | 第65页 |
| 5.2.5 微卫星位点特征 | 第65-70页 |
| 第六章 二倍体多物种杂交带遗传结构分析 | 第70-79页 |
| 6.1 材料与方法 | 第70-71页 |
| 6.1.1 样品采集 | 第70页 |
| 6.1.2 实验方法 | 第70-71页 |
| 6.2 结果 | 第71-76页 |
| 6.2.1 遗传多样性 | 第71-72页 |
| 6.2.2 聚类结果 | 第72-73页 |
| 6.2.3 遗传结构 | 第73-76页 |
| 6.3 讨论 | 第76-79页 |
| 6.3.1 杂交的普遍性 | 第76页 |
| 6.3.2 叶绿体捕获（Chloroplast capture） | 第76-77页 |
| 6.3.3 低频杂交激发基因流通道 | 第77页 |
| 6.3.4 杂交个体的适应性 | 第77-79页 |
| 第七章 杂交带比较转录组研究 | 第79-102页 |
| 7.1 材料与方法 | 第79-84页 |
| 7.1.1 样品采集 | 第79页 |
| 7.1.2 实验方法 | 第79-84页 |
| 7.2 结果 | 第84-100页 |
| 7.2.1 转录组测序结果 | 第84页 |
| 7.2.2 组装结果 | 第84-85页 |
| 7.2.3 转录组Unigene功能注释 | 第85-87页 |
| 7.2.4 基于转录组数据的系统发育分析 | 第87-88页 |
| 7.2.5 种间基因流检测结果 | 第88-89页 |
| 7.2.6 正向选择的基因 | 第89-100页 |
| 7.3 讨论 | 第100-102页 |
| 7.3.1 转录组数据用于系统发育分析 | 第100页 |
| 7.3.2 适应性进化基因及其功能 | 第100-101页 |
| 7.3.3 适应性基因渐渗 | 第101-102页 |
| 第八章 结论 | 第102-105页 |
| 8.1 结论 | 第102-103页 |
| 8.1.1 禺毛茛多倍体网状进化关系 | 第102页 |
| 8.1.2 杂交带的杂交模式 | 第102页 |
| 8.1.3 微卫星引物开发 | 第102-103页 |
| 8.1.4 杂交带的遗传结构 | 第103页 |
| 8.1.5 适应性基因渐渗 | 第103页 |
| 8.2 创新点 | 第103-104页 |
| 8.2.1 解析禺毛茛多倍体复合体网状进化关系 | 第103页 |
| 8.2.2 多物种杂交带的发现 | 第103页 |
| 8.2.3 转录组数据用于杂交带分析 | 第103-104页 |
| 8.3 展望 | 第104-105页 |
| 8.3.1 利用GISH进一步证实枢纽基因组 | 第104页 |
| 8.3.2 利用适应性基因作为分子标记分析适应进化 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-115页 |
| 附录 | 第115-132页 |
| 附表 1：第三章所用标本的采集地、标本号及序列Genbank号 | 第115-123页 |
| 附表 2：第四章所用的植物采集信息及Ganbank号 | 第123-132页 |
| 在学期间发表论文 | 第132-133页 |
| 致谢 | 第133页 |
