| 致谢 | 第4-5页 |
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 第1章 前言 | 第10-42页 |
| 1.1 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus，MRSA）的微生物学研究背景 | 第10-21页 |
| 1.1.1 MRSA与耐甲氧西林凝固酶阴性葡萄球菌（Methicillin-Resistant Coagulase-Negative Staphylococci，MR-CoNS）的生物学关系 | 第11-13页 |
| 1.1.2 SCCmec元件的结构和分类 | 第13-15页 |
| 1.1.3 金黄色葡萄球菌与SCCmec元件 | 第15-16页 |
| 1.1.4 mecA基因和SCCmec元件的来源 | 第16-18页 |
| 1.1.5 定殖于人体的CoNS可能为SCCmec元件的“储备池” | 第18-19页 |
| 1.1.6 SCCmec元件转移至MSSA | 第19-21页 |
| 1.2 应用于诊断临床微生物的分析技术 | 第21-24页 |
| 1.3 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA，Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus）的快速筛查和检测 | 第24-30页 |
| 1.3.1 临床意义 | 第24-26页 |
| 1.3.2 MRSA的分子流行病学特征 | 第26页 |
| 1.3.3 培养法（Culture-Based Methods）用于MRSA的鉴定 | 第26-28页 |
| 1.3.4 分子分析方法应用于MRSA检测 | 第28-30页 |
| 1.4 数字PCR的原理及其应用 | 第30-40页 |
| 1.4.1 样品处理 | 第31页 |
| 1.4.2 微滴发生 | 第31-33页 |
| 1.4.3 PCR扩增 | 第33页 |
| 1.4.4 微滴荧光采集与计数 | 第33-34页 |
| 1.4.5 数据分析 | 第34-36页 |
| 1.4.6 数字PCR的广泛应用 | 第36-37页 |
| 1.4.7 数字PCR在MRSA检测中的应用 | 第37-40页 |
| 本课题的研究目的和意义 | 第40-42页 |
| 第2章 噬菌体裂解酶ClyH用于高效提取金黄色葡萄球菌基因组及鼻拭子样本中MRSA的快速检测 | 第42-67页 |
| 2.1 材料与方法 | 第44-52页 |
| 2.1.1 菌株及相关信息 | 第44页 |
| 2.1.2 试剂 | 第44-45页 |
| 2.1.3 培养基与溶液配方 | 第45-46页 |
| 2.1.4 主要仪器 | 第46页 |
| 2.1.5 原核表达系统构建重组噬菌体裂解酶ClyH | 第46-47页 |
| 2.1.6 比较ClyH，溶葡萄球菌素，无色肽酶，溶菌酶分别作用于金黄色葡萄球菌后裂解菌体及释放其DNA的能力 | 第47-48页 |
| 2.1.7 鼻拭子模拟样本的制备和细菌DNA的提取 | 第48页 |
| 2.1.8 QPCR检测模拟样本中的MRSA | 第48-49页 |
| 2.1.9 检测限的确定（Limit of detection，LOD） | 第49-50页 |
| 2.1.10 ClyH裂解金黄色葡萄球菌后，富集细菌基因组方法的建立 | 第50-51页 |
| 2.1.11 三种酶在长时间贮存后的稳定性测定 | 第51页 |
| 2.1.12 抗体标记磁珠富集MRSA与ClyH裂解用于qPCR快速检测MRSA | 第51-52页 |
| 2.2 实验结果 | 第52-64页 |
| 2.2.1 评价不同的酶作用于金黄色葡萄球菌后释放其核酸的速率 | 第52-57页 |
| 2.2.2 ClyH快速高效裂解金黄色葡萄球菌与qPCR联用快速检测模拟样本中的MRSA | 第57-60页 |
| 2.2.3 ClyH裂解金黄色葡萄球菌后的基因组的富集 | 第60-61页 |
| 2.2.4 酶活稳定性研究 | 第61-62页 |
| 2.2.5 抗体标记磁珠与ClyH裂解用于复杂样本中MRSA的快速检测 | 第62-64页 |
| 2.3 讨论 | 第64-67页 |
| 第3章 应用双重数字PCR技术从含有混合葡萄球菌的样本中直接检测MRSA | 第67-89页 |
| 3.1 材料与方法 | 第69-72页 |
| 3.1.1 本研究中所使用的菌株 | 第69页 |
| 3.1.2 从鼻拭子样本中提取细菌DNA | 第69-71页 |
| 3.1.3 双重数字PCR和双重实时定量PCR分析 | 第71-72页 |
| 3.2 实验结果 | 第72-85页 |
| 3.2.1 DNA提取后的细菌基因组完整性分析 | 第72-79页 |
| 3.2.2 评价双重ddPCR同时分析mecA和Nuc基因是否能从混合葡萄球菌样本中检测出MRSA | 第79-82页 |
| 3.2.3 评价双重ddPCR同时分析mecA基因和SCCmec-orfX junction序列是否能从混合葡萄球菌样本中检测出MRSA | 第82-85页 |
| 3.3 讨论 | 第85-89页 |
| 第4章 总结和展望 | 第89-91页 |
| 参考文献 | 第91-109页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第109页 |
