| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 主要缩略词 | 第9-13页 |
| 第1章 引言 | 第13-36页 |
| 1.1 植物和植物胁迫 | 第13-15页 |
| 1.1.1 胁迫的概念 | 第13页 |
| 1.1.2 胁迫的类型 | 第13-15页 |
| 1.2 植物免疫简介 | 第15-20页 |
| 1.2.1 病原体模式分子引发的免疫反应 | 第16-17页 |
| 1.2.2 效应蛋白引发的免疫反应 | 第17-19页 |
| 1.2.3 植物代谢在植物免疫中的作用 | 第19页 |
| 1.2.4 植物对抗活体和死体营养型病原体免疫机制不同 | 第19-20页 |
| 1.3 转录组学主要技术介绍 | 第20-25页 |
| 1.3.1 基于杂交的基因芯片技术 | 第21-22页 |
| 1.3.2 基于测序的RNA-seq技术 | 第22-24页 |
| 1.3.3 基因芯片技术与RNA-seq技术的比较 | 第24-25页 |
| 1.3.4 公共的转录组数据库资源 | 第25页 |
| 1.4 转录组学数据分析手段 | 第25-32页 |
| 1.4.1 差异表达分析 | 第26-27页 |
| 1.4.2 共表达分析 | 第27-30页 |
| 1.4.3 差异共表达分析 | 第30-32页 |
| 1.5 转录组学在植物免疫研究中的运用 | 第32-35页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第35-36页 |
| 第2章 转录组和互作组的整合分析揭示植物响应两类病原体入侵时免疫机制的异同 | 第36-52页 |
| 2.1 引言 | 第36-37页 |
| 2.2 材料与方法 | 第37-40页 |
| 2.2.1 数据收集与预处理 | 第37-38页 |
| 2.2.2 PCC阈值的确定 | 第38页 |
| 2.2.3 网络可视化和分析 | 第38-39页 |
| 2.2.4 计算进化速率 | 第39页 |
| 2.2.5 差异表达分析 | 第39页 |
| 2.2.6 功能富集分析 | 第39-40页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第40-51页 |
| 2.3.1 构建植物免疫响应Biotroph和Necrotroph的条件网络 | 第40-42页 |
| 2.3.2 Hub在网络中扮演重要角色 | 第42-44页 |
| 2.3.3 bCPIN中hub节点比gCPIN中hub节点进化速率快 | 第44页 |
| 2.3.4 gCPIN和bCPIN共享的免疫响应网络 | 第44-45页 |
| 2.3.5 网络模块间的表达相关性在两种条件下有显著差异 | 第45-47页 |
| 2.3.6 Dev-Def互作界面显著富集Auxin相关基因 | 第47-49页 |
| 2.3.7 网络可视化资源 | 第49页 |
| 2.3.8 当前工作的不足之处 | 第49-51页 |
| 2.4 本章小结 | 第51-52页 |
| 第3章 植物免疫的差异共表达分析 | 第52-67页 |
| 3.1 引言 | 第52-53页 |
| 3.2 材料与方法 | 第53-57页 |
| 3.2.1 数据收集和整理 | 第53页 |
| 3.2.2 检测差异共表达基因对 | 第53-55页 |
| 3.2.3 识别差异共表达基因 | 第55页 |
| 3.2.4 识别差异表达基因 | 第55-56页 |
| 3.2.5 GO功能富集分析 | 第56页 |
| 3.2.6 识别调控差异共表达的转录因子 | 第56页 |
| 3.2.7 计算代谢通路得分 | 第56-57页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第57-66页 |
| 3.3.1 差异共表达是植物免疫过程中普遍存在的现象 | 第57页 |
| 3.3.2 DCGs参与植物免疫过程 | 第57-58页 |
| 3.3.3 差异共表达分析与差异表达分析互为补充 | 第58-60页 |
| 3.3.4 调控差异共表达现象的转录因子 | 第60-62页 |
| 3.3.5 代谢通路内基因的表达相关性发生显著变化 | 第62-65页 |
| 3.3.6 与先前工作的比较 | 第65-66页 |
| 3.4 本章小结 | 第66-67页 |
| 第4章 植物免疫过程的代谢通路分析 | 第67-81页 |
| 4.1 引言 | 第67页 |
| 4.2 材料与方法 | 第67-71页 |
| 4.2.1 数据收集和整理 | 第67-68页 |
| 4.2.2 差异表达分析 | 第68页 |
| 4.2.3 基因集富集分析 | 第68-69页 |
| 4.2.4 GO功能富集分析 | 第69页 |
| 4.2.5 聚类分析 | 第69-70页 |
| 4.2.6 转录因子-代谢通路的转录调控分析 | 第70-71页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第71-80页 |
| 4.3.1 植物免疫过程中代谢基因表达模式的概述 | 第71页 |
| 4.3.2 频繁差异表达的代谢基因 | 第71-74页 |
| 4.3.3 代谢通路的表达变化 | 第74-76页 |
| 4.3.4 植物免疫响应的信号 | 第76-77页 |
| 4.3.5 生物和非生物胁迫下不同的表达模式 | 第77-78页 |
| 4.3.6 转录因子和代谢通路间显著的调控关系 | 第78-80页 |
| 4.4 本章小结 | 第80-81页 |
| 第5章 结论和展望 | 第81-84页 |
| 5.1 结论 | 第81-82页 |
| 5.2 展望 | 第82-84页 |
| 参考文献 | 第84-99页 |
| 致谢 | 第99-100页 |
| 附录 | 第100-119页 |
| 作者简历 | 第119页 |
