大白菜自交衰退与基因组甲基化关系研究
| 摘要 | 第8-9页 |
| 英文摘要 | 第9-10页 |
| 1 前言 | 第11-21页 |
| 1.1 研究目的与意义 | 第11页 |
| 1.2 文献综述 | 第11-19页 |
| 1.2.1 自交衰退的研究现状 | 第11-12页 |
| 1.2.2 大白菜叶球形成的研究进展 | 第12-14页 |
| 1.2.3 DNA甲基化的研究进展 | 第14-17页 |
| 1.2.4 DNA甲基化的Bisulfite测序 | 第17-18页 |
| 1.2.5 转录组测序 | 第18-19页 |
| 1.3 主要研究内容 | 第19-20页 |
| 1.4 本试验技术路线 | 第20-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-30页 |
| 2.1 试验材料 | 第21-22页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第21页 |
| 2.1.2 分子生物学及生化试剂 | 第21页 |
| 2.1.3 主要试验仪器 | 第21页 |
| 2.1.4 试验软件 | 第21-22页 |
| 2.2 试验方法 | 第22-30页 |
| 2.2.1 大白菜自交衰退前后结球性状调查 | 第22页 |
| 2.2.2 植物材料的处理、取样 | 第22页 |
| 2.2.3 酶联免疫法检测激素含量 | 第22-23页 |
| 2.2.4 基因组甲基化测定 | 第23-24页 |
| 2.2.5 转录组测序 | 第24-26页 |
| 2.2.6 基因组甲基化与转录组联合分析 | 第26-27页 |
| 2.2.7 候选相关基因q PCR检测 | 第27-30页 |
| 3 结果与分析 | 第30-65页 |
| 3.1 大白菜自交衰退前后结球性变化 | 第30页 |
| 3.2 大白菜自交衰退前后内源激素的变化 | 第30-31页 |
| 3.3 大白菜自交衰退前后基因组甲基化变化 | 第31-46页 |
| 3.3.1 DNA提取质量与检测 | 第31-32页 |
| 3.3.2 测序数据分析 | 第32-35页 |
| 3.3.3 深度和覆盖度分析 | 第35-38页 |
| 3.3.4 全基因组甲基化数据分布趋势 | 第38-42页 |
| 3.3.5 全基因组DNA甲基化图谱 | 第42-43页 |
| 3.3.6 差异性甲基化区域（DMRs）分析 | 第43-46页 |
| 3.4 大白菜自交衰退前后转录组测序 | 第46-57页 |
| 3.4.1 RNA提取质量评估 | 第46-47页 |
| 3.4.2 数据过滤统计 | 第47-49页 |
| 3.4.3 衰退前后RNA-seq比对分析 | 第49-50页 |
| 3.4.4 样本比对吻合序列在基因区域的分布 | 第50页 |
| 3.4.5 测序均一性和饱和性分析结果 | 第50-51页 |
| 3.4.6 饱和度分析 | 第51页 |
| 3.4.7 衰退前后表达量估计 | 第51-52页 |
| 3.4.8 衰退前后差异表达分析 | 第52-54页 |
| 3.4.9 差异表达基因功能分析 | 第54-56页 |
| 3.4.10衰退前后基因可变剪切分析 | 第56-57页 |
| 3.5 基因组甲基化与基因表达变化关系分析 | 第57-61页 |
| 3.5.1 甲基化修饰与表达调控关系 | 第57-58页 |
| 3.5.2 甲基化基因和非甲基化基因的表达分析 | 第58-59页 |
| 3.5.3 差异表达基因的甲基化水平分布 | 第59-61页 |
| 3.5.4 差异表达转座子的甲基化水平分布 | 第61页 |
| 3.6 候选相关基因的q PCR分析 | 第61-65页 |
| 3.6.1 候选相关基因确定 | 第61-62页 |
| 3.6.2 大白菜总RNA的提取 | 第62页 |
| 3.6.3 溶解曲线分析 | 第62-63页 |
| 3.6.4 候选相关基因的表达分析 | 第63-65页 |
| 4 讨论 | 第65-68页 |
| 4.1 自交衰退前后结球性分析 | 第65页 |
| 4.2 自交衰退前后内源激素分析 | 第65-66页 |
| 4.3 基因组甲基化与自交衰退 | 第66页 |
| 4.4 基因表达与自交衰退 | 第66-67页 |
| 4.5 生长素相关基因与自交衰退关系 | 第67页 |
| 4.6 本试验的创新点 | 第67-68页 |
| 5 结论 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-76页 |
| 附录 | 第76-77页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第77页 |
