| 中文摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 第一章 绪论 | 第14-25页 |
| 1.1 血系分化 | 第14-16页 |
| 1.2 白血病K562细胞的分化 | 第16-17页 |
| 1.3 多种生物因子对血系分化的影响 | 第17-23页 |
| 1.3.1 差异表达基因以及转录本对血系分化的影响 | 第17-18页 |
| 1.3.2 转录因子对血系分化的影响 | 第18-20页 |
| 1.3.3 miRNA对血系分化的影响 | 第20-22页 |
| 1.3.4 多种生物因子的联合作用对血系分化的影响 | 第22-23页 |
| 1.4 本课题的主要研究内容 | 第23-25页 |
| 第二章 RNA-Seq数据分析策略研究 | 第25-43页 |
| 2.1 引言 | 第25页 |
| 2.2 RNA-Seq实验流程 | 第25-26页 |
| 2.3 RNA-Seq数据分析 | 第26-42页 |
| 2.3.1 已知参考基因组的RNA-Seq数据分析 | 第26-42页 |
| 2.3.1.1 reads定位参考基因组 | 第27-28页 |
| 2.3.1.2 可视化及注释 | 第28-29页 |
| 2.3.1.3 基因表达谱分析 | 第29-32页 |
| 2.3.1.4 长非编码RNA研究 | 第32-33页 |
| 2.3.1.5 可变剪接研究 | 第33-40页 |
| 2.3.1.6 融合基因研究 | 第40-41页 |
| 2.3.1.7 基因结构研究 | 第41-42页 |
| 2.3.2 未知基因组图谱的RNA-Seq数据分析 | 第42页 |
| 2.4 展望和挑战 | 第42-43页 |
| 第三章 K562细胞分化相关转录因子介导的基因调控网络研究 | 第43-52页 |
| 3.1 引言 | 第43页 |
| 3.2 材料与方法 | 第43-44页 |
| 3.2.1 细胞培养 | 第43-44页 |
| 3.2.2 RNA提取和定量PCR | 第44页 |
| 3.2.3 确认差异表达基因 | 第44页 |
| 3.2.4 构建基因表达调控网络 | 第44页 |
| 3.2.5 确定核心基因和提取次级网络 | 第44页 |
| 3.2.6 基因功能富集分析 | 第44页 |
| 3.3 结果 | 第44-46页 |
| 3.3.1 确认红系和巨核细胞分化中基因表达趋势相反的基因 | 第44-45页 |
| 3.3.2 构建基因调控网络 | 第45页 |
| 3.3.3 基因调控网络分析 | 第45-46页 |
| 3.4 讨论 | 第46-51页 |
| 3.5 小结 | 第51-52页 |
| 第四章 K562细胞分化相关转录因子和miRNA共同介导的基因调控网络分析 | 第52-75页 |
| 4.1 引言 | 第52-53页 |
| 4.2 材料与方法 | 第53-61页 |
| 4.2.1 细胞培养 | 第53页 |
| 4.2.2 RNA提取、文库构建以及测序 | 第53页 |
| 4.2.3 定量PCR实验 | 第53页 |
| 4.2.4 确认差异表达的蛋白编码基因 | 第53-54页 |
| 4.2.5 聚类分析和基因功能富集分析 | 第54页 |
| 4.2.6 转录因子靶基因 | 第54-55页 |
| 4.2.7 miRNA靶基因 | 第55-57页 |
| 4.2.8 多生物因子联合作用的基因调控网络 | 第57-59页 |
| 4.2.9 数据分析流程 | 第59-61页 |
| 4.3 结果 | 第61-69页 |
| 4.3.1 K562细胞红系和巨核细胞分化转录组分析 | 第61-65页 |
| 4.3.2 聚类分析和基因功能富集分析 | 第65-66页 |
| 4.3.3 确认转录因子靶基因 | 第66-67页 |
| 4.3.4 确认miRNA靶基因 | 第67-69页 |
| 4.3.5 转录因子和miRNA共同介导的基因调控网络分析 | 第69页 |
| 4.4 讨论 | 第69-74页 |
| 4.5 小结 | 第74-75页 |
| 第五章 K562细胞lincRNA稳定性研究 | 第75-86页 |
| 5.1 引言 | 第75-76页 |
| 5.2 材料与方法 | 第76-77页 |
| 5.2.1 细胞培养 | 第76页 |
| 5.2.2 RNA提取、文库构建和Illumina测序 | 第76页 |
| 5.2.3 预处理RNA-Seq数据 | 第76页 |
| 5.2.4 获得注释lincRNA和新的lincRNA | 第76-77页 |
| 5.2.5 最小自由能 | 第77页 |
| 5.2.6 qPCR测定半衰期 | 第77页 |
| 5.3 结果 | 第77-81页 |
| 5.3.1 lincRNA分析流程 | 第77页 |
| 5.3.2 lincRNA特征 | 第77-78页 |
| 5.3.3 比较lincRNA最小自由能和半衰期 | 第78-79页 |
| 5.3.4 比较共有的蛋白编码RNA和lincRNA最小自由能 | 第79-81页 |
| 5.4 讨论 | 第81-85页 |
| 5.5 小结 | 第85-86页 |
| 第六章 总结与展望 | 第86-88页 |
| 6.1 总结 | 第86-87页 |
| 6.2 展望 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-103页 |
| 附录 | 第103-117页 |
| 致谢 | 第117页 |
