高通量RNA-seq测序数据的基因表达水平分析研究
| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第一章 绪论 | 第17-24页 |
| 1.1 生物信息学 | 第17-18页 |
| 1.2 转录组学研究 | 第18-19页 |
| 1.3 基于RNA-seq技术的转录组学研究 | 第19-21页 |
| 1.4 本文研究目的 | 第21-22页 |
| 1.5 本文组织结构 | 第22-24页 |
| 第二章 背景介绍 | 第24-49页 |
| 2.1 生物背景 | 第24-26页 |
| 2.1.1 遗传信息的传递 | 第24-25页 |
| 2.1.2 选择性剪接 | 第25-26页 |
| 2.2 RNA-seq技术 | 第26-30页 |
| 2.2.1 测序技术的发展 | 第26-27页 |
| 2.2.2 RNA-seq技术的测序流程 | 第27-29页 |
| 2.2.3 RNA-seq技术的测序数据 | 第29-30页 |
| 2.3 RAN-seq数据的处理与分析 | 第30-48页 |
| 2.3.1 基因组注释 | 第32-33页 |
| 2.3.2 读段的质量控制和处理 | 第33-34页 |
| 2.3.3 读段定位 | 第34-39页 |
| 2.3.4 转录组重构 | 第39页 |
| 2.3.5 表达水平估计 | 第39-42页 |
| 2.3.6 差异表达分析 | 第42-43页 |
| 2.3.7 数据可视化 | 第43-46页 |
| 2.3.8 其它分析 | 第46-47页 |
| 2.3.9 结论与讨论 | 第47-48页 |
| 2.4 本章小结 | 第48-49页 |
| 第三章 基于碱基偏差的表达水平估计 | 第49-66页 |
| 3.1 研究动机 | 第49-51页 |
| 3.2 PBSeq方法 | 第51-54页 |
| 3.2.1 偏差估计 | 第51-52页 |
| 3.2.2 模型设计 | 第52-54页 |
| 3.2.3 模型实现 | 第54页 |
| 3.3 实验结果分析 | 第54-65页 |
| 3.3.1 数据集 | 第55页 |
| 3.3.2 偏差估计分析 | 第55-56页 |
| 3.3.3 模拟数据集 | 第56-58页 |
| 3.3.4 验证基因表达水平 | 第58-59页 |
| 3.3.5 验证剪接异构体表达水平 | 第59-62页 |
| 3.3.6 通过寻找差异表达来验证 | 第62-63页 |
| 3.3.7 计算效率 | 第63-65页 |
| 3.4 本章小结 | 第65-66页 |
| 第四章 基于联合估计外显子偏差的表达水平估计 | 第66-88页 |
| 4.1 研究动机 | 第66-68页 |
| 4.2 PGSeq方法 | 第68-71页 |
| 4.2.1 模型设计 | 第68-69页 |
| 4.2.2 参数推导 | 第69-70页 |
| 4.2.3 模型实现 | 第70-71页 |
| 4.3 实验结果分析 | 第71-87页 |
| 4.3.1 数据集 | 第71-72页 |
| 4.3.2 剪接异构体表达水平的分析 | 第72-75页 |
| 4.3.3 验证基因表达水平 | 第75-78页 |
| 4.3.4 验证剪接异构体表达水平 | 第78-79页 |
| 4.3.5 通过寻找差异表达来验证 | 第79-82页 |
| 4.3.6 低表达基因的差异表达分析 | 第82-87页 |
| 4.4 本章小结 | 第87-88页 |
| 第五章 基于表达水平不确定性的差异表达分析 | 第88-110页 |
| 5.1 研究动机 | 第88-90页 |
| 5.2 BDSeq方法 | 第90-98页 |
| 5.2.1 表达水平估计 | 第90-91页 |
| 5.2.2 差异表达分析 | 第91-96页 |
| 5.2.2.1 BDSeqB模型 | 第92-94页 |
| 5.2.2.2 BDSeqF模型 | 第94-96页 |
| 5.2.3 差异评估 | 第96-97页 |
| 5.2.4 模型实现 | 第97-98页 |
| 5.3 实验结果分析 | 第98-108页 |
| 5.3.1 数据集 | 第99页 |
| 5.3.2 表达水平不确定性 | 第99页 |
| 5.3.3 差异表达基因的验证 | 第99-102页 |
| 5.3.4 差异表达剪接异构体的验证 | 第102-104页 |
| 5.3.5 差异表达基因和剪接异构体的进一步验证 | 第104-108页 |
| 5.3.6 模型选择 | 第108页 |
| 5.4 本章小结 | 第108-110页 |
| 第六章 RNA-seq数据分析通道 | 第110-120页 |
| 6.1 UFP-RSeq分析通道 | 第110-114页 |
| 6.1.1 读段定位模块 | 第110-112页 |
| 6.1.2 表达水平估计模块 | 第112-113页 |
| 6.1.3 差异表达分析模块 | 第113-114页 |
| 6.1.4 分析通道的实现 | 第114页 |
| 6.2 评估表达水平估计模块 | 第114-116页 |
| 6.3 评估差异表达分析模块 | 第116-119页 |
| 6.4 模块选择 | 第119页 |
| 6.5 本章小结 | 第119-120页 |
| 第七章 总结与展望 | 第120-123页 |
| 7.1 总结 | 第120-121页 |
| 7.2 展望 | 第121-123页 |
| 参考文献 | 第123-140页 |
| 致谢 | 第140-141页 |
| 在学期间的研究成果及发表的学术论文 | 第141-144页 |
| 附录A 数据集 | 第144-147页 |
| A.1 MAQC数据集 | 第144-145页 |
| A.2 Griffith数据集 | 第145页 |
| A.3 Human BodyMap数据集 | 第145-146页 |
| A.4 HBC数据集 | 第146-147页 |
| A.5 HNT数据集 | 第147页 |
