华溪蟹属的系统发生和多样化
| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-20页 |
| 1.1 多样化 | 第10-14页 |
| 1.1.1 多样性与多样化速率的异质性 | 第10-11页 |
| 1.1.2 快速多样化 | 第11-12页 |
| 1.1.3 气候变化等多样化驱动因素 | 第12-14页 |
| 1.2 东亚中新世以来的气候变化 | 第14-15页 |
| 1.2.1 季风系统和更新世气候波动 | 第14-15页 |
| 1.2.2 气候振荡周期 | 第15页 |
| 1.3 淡水蟹研究概述 | 第15-20页 |
| 1.3.1 淡水蟹分类与系统学背景 | 第15-17页 |
| 1.3.2 真淡水蟹系统地理与多样化研究概述 | 第17页 |
| 1.3.3 中国的真淡水蟹 | 第17-18页 |
| 1.3.4 华溪蟹属 | 第18-20页 |
| 第二章 华溪蟹属的系统发生与系统地理 | 第20-58页 |
| 2.1 引言 | 第20-21页 |
| 2.2 实验材料及方法 | 第21-32页 |
| 2.2.1 样本采集和分类鉴定 | 第21-31页 |
| 2.2.2 DNA提取及序列扩增 | 第31-32页 |
| 2.3 数据分析 | 第32-41页 |
| 2.3.1 序列比对与数据集准备 | 第32-33页 |
| 2.3.2 数据集划分子集 | 第33-34页 |
| 2.3.3 系统发生分析 | 第34-36页 |
| 2.3.3.1 最大似然法 | 第34-35页 |
| 2.3.3.2 贝叶斯推理法 | 第35-36页 |
| 2.3.3.3 物种水平非单系性的支持率 | 第36页 |
| 2.3.4 分歧时间估算 | 第36-39页 |
| 2.3.5 祖先分布区重建 | 第39-41页 |
| 2.3.6 祖先性状状态重建 | 第41页 |
| 2.4 结果 | 第41-53页 |
| 2.4.1 系统发生关系 | 第41-47页 |
| 2.4.2 分歧时间 | 第47-49页 |
| 2.4.3 祖先分布区与性状状态 | 第49-53页 |
| 2.5 讨论 | 第53-57页 |
| 2.5.1 系统发生与分类 | 第53-55页 |
| 2.5.2 生物地理、起源与扩散 | 第55-57页 |
| 2.6 本章小结 | 第57-58页 |
| 第三章 华溪蟹属的多样化 | 第58-76页 |
| 3.1 引言 | 第58-59页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第59页 |
| 3.3 数据分析 | 第59-62页 |
| 3.3.1 修剪树 | 第59页 |
| 3.3.2 支系数—时间图 | 第59页 |
| 3.3.3 生灭似然分析和△AIC_(RC)检验 | 第59-61页 |
| 3.3.3.1 数据集准备 | 第60页 |
| 3.3.3.2 多样化模型与生灭似然分析 | 第60-61页 |
| 3.3.3.3 △AIC_(RC)检验 | 第61页 |
| 3.3.4 多样化速率转变配置集 | 第61-62页 |
| 3.3.5 多样化速率—时间图 | 第62页 |
| 3.4 结果 | 第62-69页 |
| 3.5 讨论 | 第69-75页 |
| 3.5.1 快速多样化 | 第69-71页 |
| 3.5.2 快速多样化与物种水平的非单系性 | 第71-75页 |
| 3.6 本章小结 | 第75-76页 |
| 第四章 结论与展望 | 第76-77页 |
| 附录 | 第77-98页 |
| 参考文献 | 第98-121页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第121-123页 |
| 致谢 | 第123页 |
