| 致谢 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第11-16页 |
| 图目录 | 第16-18页 |
| 表目录 | 第18-19页 |
| 1 绪论 | 第19-41页 |
| ·微生物基因组测序与分析方法概述 | 第19-23页 |
| ·基因组测序技术的发展 | 第19-21页 |
| ·基因组组装和注释方法的发展 | 第21-23页 |
| ·小结 | 第23页 |
| ·细菌基因组测序状况 | 第23-26页 |
| ·泛基因组学概述 | 第26-32页 |
| ·泛基因组学的概念 | 第26-29页 |
| ·泛基因组的应用和研究意义 | 第29-32页 |
| ·微生物泛基因组研究方法 | 第32-40页 |
| ·微生物泛基因组分析基本流程 | 第32-33页 |
| ·泛基因组分析数据获取 | 第33-35页 |
| ·泛基因组学中序列同源关系鉴定方法 | 第35-39页 |
| ·泛基因组特征评估分析 | 第39-40页 |
| ·研究目标与内容 | 第40-41页 |
| 2 泛基因组自动化分析软件(PGAP)开发 | 第41-55页 |
| ·研究背景 | 第41-42页 |
| ·PGAP软件算法原理与实现 | 第42-45页 |
| ·软件工作原理流程图 | 第42页 |
| ·PGAP输入数据格式以及格式检查 | 第42-43页 |
| ·系统运行环境检查 | 第43页 |
| ·基因聚类分析 | 第43页 |
| ·泛基因组特征分析 | 第43-44页 |
| ·遗传变异分析 | 第44页 |
| ·菌株演化分析 | 第44-45页 |
| ·功能富集分析 | 第45页 |
| ·软件性能评估 | 第45-53页 |
| ·测试数据 | 第45-46页 |
| ·PGAP软件性能评估结果 | 第46-51页 |
| ·PGAP使用统计 | 第51-52页 |
| ·讨论 | 第52-53页 |
| ·本章小结 | 第53-55页 |
| 3 大规模基因组数据泛基因组分析抽样算法 | 第55-75页 |
| ·研究背景 | 第55-56页 |
| ·抽样算法原理与实现 | 第56-60页 |
| ·抽样算法 | 第56页 |
| ·基因组多样性评估算法 | 第56-58页 |
| ·算法的实现 | 第58-59页 |
| ·泛基因组特征的非线性拟合方法 | 第59-60页 |
| ·抽样算法性能评估方法 | 第60-61页 |
| ·测试数据 | 第60页 |
| ·抽样算法性能评估方法 | 第60-61页 |
| ·算法性能评估结果与讨论 | 第61-69页 |
| ·测试数据特征分析 | 第61-62页 |
| ·各种基因组多样性计算模型与方法的效果比较 | 第62-63页 |
| ·抽样算法的性能评估 | 第63-69页 |
| ·PanGP软件的使用 | 第69-72页 |
| ·本章小节 | 第72-75页 |
| 4 泛基因组学分析方法在甲型副伤寒菌基因组中的应用 | 第75-93页 |
| ·研究背景 | 第75-76页 |
| ·研究方法与材料 | 第76-80页 |
| ·研究思路与技术路线流程图 | 第76-77页 |
| ·甲型副伤寒菌菌株来源 | 第77页 |
| ·基因组测序与组装方法 | 第77-78页 |
| ·基因组注释方法 | 第78-79页 |
| ·直系同源基因鉴定方法 | 第79页 |
| ·全基因组比对、SNP鉴定以及dN/dS计算方法 | 第79-80页 |
| ·菌株演化分析 | 第80页 |
| ·结果与讨论 | 第80-91页 |
| ·甲型副伤寒菌基因组的基本特征 | 第80-81页 |
| ·甲型副伤寒菌的泛基因组学分析 | 第81-84页 |
| ·基因组中的变异与基因组动力学 | 第84-91页 |
| ·总结 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-111页 |
| 附录 | 第111-115页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第115-117页 |