包含假结的RNA结构预测算法研究
| 目录 | 第1-8页 |
| TABLE OF CONTENTS | 第8-11页 |
| 摘要 | 第11-15页 |
| ABSTRACT | 第15-20页 |
| 第1章 绪论 | 第20-30页 |
| ·研究背景 | 第20-21页 |
| ·国内外研究现状 | 第21-23页 |
| ·算法与计算复杂性 | 第23页 |
| ·P类、NP类及NPC类 | 第23-24页 |
| ·NP难问题及其近似算法 | 第24-26页 |
| ·多项式时间近似方案 | 第26页 |
| ·本文主要工作 | 第26-27页 |
| 参考文献 | 第27-30页 |
| 第2章 RNA结构与自由能量模型 | 第30-42页 |
| ·RNA碱基序列 | 第30-33页 |
| ·RNA结构介绍 | 第33-36页 |
| ·RNA二级结构 | 第34-35页 |
| ·RNA三级结构 | 第35-36页 |
| ·RNA二级结构预测方法 | 第36-38页 |
| ·假结结构 | 第38-40页 |
| ·自由能量模型 | 第40-42页 |
| ·自由能量参数 | 第40页 |
| ·最临近邻居模型 | 第40-42页 |
| 第3章 RNA结构预测算法介绍 | 第42-52页 |
| ·MFOLD算法 | 第42-44页 |
| ·最大基对数算法 | 第44-46页 |
| ·包含假结的RNA结构预测 | 第46页 |
| ·Rivas算法与JR算法 | 第46-48页 |
| ·Rivas算法 | 第46-48页 |
| ·JR算法 | 第48页 |
| ·Lyngsφ算法 | 第48-50页 |
| ·优化组合算法 | 第50-52页 |
| ·动态权匹配算法 | 第50-52页 |
| 第4章 包含假结的RNA二级结构预测启发式算法 | 第52-63页 |
| ·前言 | 第52-53页 |
| ·RNA结构分析 | 第53页 |
| ·启发式算法设计 | 第53-57页 |
| ·算法复杂性分析 | 第57-58页 |
| ·实验结果 | 第58-63页 |
| 第5章 最大堆叠数的多项式时间近似方案 | 第63-69页 |
| ·前言 | 第63-64页 |
| ·最大堆叠数问题的复杂性 | 第64-65页 |
| ·最大堆叠数算法 | 第65-66页 |
| ·基于茎区的最大堆叠数问题近似方案 | 第66-69页 |
| 第6章 包含假结的RNA二级结构预测近似算法 | 第69-83页 |
| ·RNA平面二级结构近似算法 | 第69-73页 |
| ·普通RNA二级结构的近似算法 | 第73-75页 |
| ·NP完全性 | 第75-83页 |
| ·RNA序列构建 | 第76-77页 |
| ·If-part正确性 | 第77-78页 |
| ·Only-if part的正确性 | 第78-83页 |
| 第7章 总结与展望 | 第83-85页 |
| ·本文总结 | 第83页 |
| ·研究展望 | 第83-85页 |
| 参考文献 | 第85-96页 |
| 致谢 | 第96-97页 |
| 附录 | 第97-98页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第98-100页 |
| 在读期间参与科研项目情况 | 第100-101页 |
| 附件 | 第101-120页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第120页 |
