| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-17页 |
| ·基因组规模代谢网络模型分析算法概述 | 第9-14页 |
| ·基因组规模代谢网络模型的研究现状 | 第9-10页 |
| ·基于约束的模型分析算法及其分类 | 第10-11页 |
| ·基于约束的模型分析算法的应用 | 第11-14页 |
| ·树干毕赤酵母概述 | 第14-15页 |
| ·树干毕赤酵母研究进展 | 第14-15页 |
| ·树干毕赤酵母研究存在的科学问题 | 第15页 |
| ·本论文的主要研究内容 | 第15-17页 |
| 第二章 材料与方法 | 第17-24页 |
| ·GSMM的构建方法 | 第17-22页 |
| ·GSMM构建软件和数据来源 | 第17页 |
| ·获取初始反应列表 | 第17-19页 |
| ·代谢网络模型的精炼 | 第19-21页 |
| ·建立数学模型 | 第21页 |
| ·调试与模拟代谢网络模型 | 第21-22页 |
| ·GSMM分析算法 | 第22-23页 |
| ·基于COBRA工具箱的分析算法 | 第22页 |
| ·模拟条件选择与设定 | 第22-23页 |
| ·转录因子(TF)的鉴定 | 第23-24页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第24-40页 |
| ·树干毕赤酵母基因组规模代谢网络模型的构建 | 第24-30页 |
| ·树干毕赤酵母基因组规模代谢网络模型的构建流程 | 第24-28页 |
| ·树干毕赤酵母基因组规模代谢网络模型iTL885的特点分析 | 第28-30页 |
| ·应用iTL885解析树干毕赤酵母生理功能 | 第30-37页 |
| ·树干毕赤酵母典型碳源代谢分析 | 第30-33页 |
| ·树干毕赤酵母呼吸调控机理研究 | 第33-34页 |
| ·基于GSMM提高树干毕赤酵母乙醇发酵的策略研究 | 第34-37页 |
| ·基于比较基因组学分析树干毕赤酵母的转录调控机制 | 第37-40页 |
| ·树干毕赤酵母转录因子的鉴定与分类 | 第37-38页 |
| ·与酿酒酵母转录因子的比较分析 | 第38-40页 |
| 主要结论与展望 | 第40-42页 |
| 致谢 | 第42-43页 |
| 参考文献 | 第43-48页 |
| 附录：作者在攻读硕士学位期间的学术成果 | 第48-49页 |
| 附表1 树干毕赤酵母生物量组成及比例 | 第49-50页 |
| 附表2 糖转运子注释结果 | 第50-51页 |
| 附表3 核心代谢反应列表 | 第51-52页 |
| 附表4 葡萄糖培养基上生长必需基因预测 | 第52-54页 |
| 附表5 转录因子的比对结果 | 第54-61页 |
| 附表6 论文中的缩写对应的全称 | 第61页 |