| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 英文缩略语 | 第8-13页 |
| 第一部分 文献综述 | 第13-30页 |
| 1 miRNA的主要特征 | 第14页 |
| 2 miRNA的生物合成 | 第14-16页 |
| 3 靶基因预测 | 第16-19页 |
| ·互补性 | 第17-18页 |
| ·靶位点的可亲性 | 第18页 |
| ·结合位点的保守性 | 第18-19页 |
| 4 miRNA研究方法 | 第19-23页 |
| ·克隆 | 第19页 |
| ·NorthernBlotting | 第19-20页 |
| ·qRT-PCR | 第20页 |
| ·高通量分析法 | 第20-23页 |
| 参考文献 | 第23-30页 |
| 第二部分 实验部分 | 第30-106页 |
| 第一章 花花柴RNA-seq测序及其分析 | 第30-58页 |
| 1 材料与方法 | 第31-35页 |
| ·材料 | 第31页 |
| ·植物材料和培养 | 第31页 |
| ·试剂 | 第31页 |
| ·主要仪器设备 | 第31页 |
| ·花花柴TotalRNA提取 | 第31-33页 |
| ·提取前的准备 | 第31-32页 |
| ·TotalRNA提取 | 第32页 |
| ·电泳检测 | 第32-33页 |
| ·建库原理和方法 | 第33-35页 |
| ·mRNA分离和片段化 | 第33页 |
| ·反转录 | 第33-34页 |
| ·末端修复 | 第34页 |
| ·3'末端腺苷酸化 | 第34-35页 |
| ·连接Adapters | 第35页 |
| ·DNA片段的富集 | 第35页 |
| ·文库质检及定量 | 第35页 |
| 2 测序数据处理与质量控制 | 第35-38页 |
| ·数据分析流程 | 第35-36页 |
| ·Reads质量预处理 | 第36页 |
| ·Reads的污染检测 | 第36页 |
| ·denovol拼接 | 第36-37页 |
| ·Unigene与公共数据库比较 | 第37页 |
| ·Unigene的GO注释 | 第37-38页 |
| ·Unigene的KEGG注释 | 第38页 |
| 3 结果与讨论 | 第38-58页 |
| ·花花柴TotalRNA提取 | 第38-39页 |
| ·质量控制 | 第39-40页 |
| ·Reads质量预处理 | 第40页 |
| ·Reads污染检测 | 第40-41页 |
| ·denovol拼接 | 第41-42页 |
| ·Transcript预测CDS | 第42页 |
| ·Unigene与公共数据库比较 | 第42-43页 |
| ·Unigene的COG/KOG分类 | 第43-45页 |
| ·Unigene的GO注释 | 第45-48页 |
| ·Unigene的KEGG注释 | 第48-53页 |
| ·Transcript的表达丰度 | 第53-55页 |
| ·差异转录本分析 | 第55页 |
| ·GO和KEGG富集分析 | 第55-56页 |
| ·转录因子预测 | 第56-58页 |
| 第二章 花花柴miRNA-mRNA相关的生物信息学分析 | 第58-72页 |
| 1 材料与方法 | 第58-60页 |
| ·数据来源 | 第58页 |
| ·miRNA信息分析的流程 | 第58-60页 |
| ·miRNAs序列的注释和差异表达分析 | 第58-59页 |
| ·pre-miRNAs的识别 | 第59页 |
| ·miRNAs的靶基因预测 | 第59页 |
| ·miRNAs靶基因富集分析 | 第59页 |
| ·花花柴miRNA-mRNA相互作用网络的构建 | 第59-60页 |
| ·花花柴中非生物胁迫相关的信号网络构建 | 第60页 |
| 2 结果与分析 | 第60-72页 |
| ·miRNAs的注释和差异表达分析 | 第60页 |
| ·pre-miRNAs的识别 | 第60-65页 |
| ·miRNAs靶基因的预测和功能注释 | 第65-69页 |
| ·花花柴miRNA-mRNA相互作用网络的构建 | 第69-70页 |
| ·花花柴中非生物胁迫相关的信号网络构建 | 第70-72页 |
| 第三章 miRNA-mRNA相互作用的验证 | 第72-106页 |
| 1 花花柴miRNA-RACE的克隆 | 第72-79页 |
| ·材料与试剂 | 第72-73页 |
| ·材料 | 第72页 |
| ·试剂 | 第72页 |
| ·主要仪器设备 | 第72页 |
| ·通用引物 | 第72-73页 |
| ·实验方法 | 第73-75页 |
| ·差异表达miRNA分析 | 第73页 |
| ·引物设计 | 第73页 |
| ·花花柴总RNA提取和sRNA分离 | 第73页 |
| ·sRNAscDNA文库构建 | 第73-74页 |
| ·5'miR-RACE和3'miR-RACE分析miRNAs | 第74-75页 |
| ·miRNAs保守性分析 | 第75页 |
| ·结果与讨论 | 第75-79页 |
| ·miRNA差异表达分析 | 第75-76页 |
| ·花花柴miRNA引物的获得 | 第76-77页 |
| ·miR-RACE技术确证miRNA序列 | 第77页 |
| ·miRNAs保守性分析 | 第77-79页 |
| 2 miRNA靶基因的克隆 | 第79-92页 |
| ·材料与试剂 | 第79页 |
| ·材料 | 第79页 |
| ·试剂 | 第79页 |
| ·主要仪器设备 | 第79页 |
| ·实验方法 | 第79-82页 |
| ·kca-miRNA靶基因的预测 | 第79页 |
| ·引物设计 | 第79-80页 |
| ·花花柴总RNA提取和mRNA分离 | 第80页 |
| ·cDNA的合成 | 第80-81页 |
| ·RACE克隆 | 第81页 |
| ·序列分析 | 第81-82页 |
| ·结果 | 第82-92页 |
| ·靶基因核心片段的获得 | 第82-83页 |
| ·PCR克隆 | 第82页 |
| ·测序结果 | 第82-83页 |
| ·RACE引物设计 | 第83页 |
| ·RACE克隆和序列分析 | 第83-92页 |
| ·KcCSD1全长序列获得和分析 | 第84-86页 |
| ·KcCSD2全长序列获得和分析 | 第86-89页 |
| ·KcAPS1全长序列获得和分析 | 第89-90页 |
| ·KcCUC2全长序列获得和分析 | 第90-91页 |
| ·KcF-box全长序列获得和分析 | 第91-92页 |
| 3 miRNA对靶基因剪切分析 | 第92-95页 |
| ·材料与试剂 | 第92页 |
| ·实验方法 | 第92-94页 |
| ·靶向序列预测 | 第92-93页 |
| ·引物设计 | 第93页 |
| ·TotalRNA提取和mRNA分离 | 第93页 |
| ·cDNA合成 | 第93页 |
| ·RLM-5'RACE克隆 | 第93-94页 |
| ·结果与分析 | 第94-95页 |
| 4 qRT-PCR分析miRNA与靶基因的表达 | 第95-106页 |
| ·材料与试剂 | 第95页 |
| ·材料 | 第95页 |
| ·试剂 | 第95页 |
| ·主要仪器设备 | 第95页 |
| ·实验方法 | 第95-96页 |
| ·引物设计 | 第95页 |
| ·TotalRNA提取和cDNA的合成 | 第95-96页 |
| ·qRT-PCR | 第96页 |
| ·结果 | 第96-101页 |
| ·miRNA表达分析 | 第99页 |
| ·靶基因的表达分析 | 第99-101页 |
| ·讨论 | 第101-106页 |
| 结论与展望 | 第106-108页 |
| 参考文献 | 第108-113页 |
| 附录 | 第113-129页 |
| 致谢 | 第129-130页 |
| 个人简历 | 第130页 |