| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-17页 |
| 第1章 绪 论 | 第17-33页 |
| ·蛋白质与配体相互作用研究的意义及内容 | 第18-20页 |
| ·研究意义 | 第18-19页 |
| ·研究内容及方法 | 第19-20页 |
| ·周质结合蛋白的研究意义及进展 | 第20-24页 |
| ·周质结合蛋白的研究意义 | 第20-21页 |
| ·周质结合蛋白的研究进展 | 第21-24页 |
| ·HIV-1 整合酶的研究意义及进展 | 第24-33页 |
| ·HIV-1 整合酶的研究意义 | 第24-28页 |
| ·整合酶的结构与功能 | 第28-30页 |
| ·整合酶的研究进展 | 第30-33页 |
| 第2章 研究方法 | 第33-55页 |
| ·分子动力学模拟 | 第33-44页 |
| ·分子动力学模拟的基本原理 | 第33-40页 |
| ·分子动力学模拟的基本步骤 | 第40-41页 |
| ·拉伸分子动力学模拟简介 | 第41-43页 |
| ·常用分子动力学模拟软件简介 | 第43-44页 |
| ·分子对接 | 第44-55页 |
| ·分子对接的基本原理 | 第44-45页 |
| ·搜索算法 | 第45-50页 |
| ·打分函数 | 第50-51页 |
| ·常用分子对接软件简介 | 第51-55页 |
| 第3章 维生素B_(12)周质结合蛋白BtuF 工作机理的分子模拟研究 | 第55-71页 |
| ·研究背景及意义 | 第55-57页 |
| ·材料与方法 | 第57-61页 |
| ·分子动力学模拟 | 第57-59页 |
| ·拉伸分子动力学模拟 | 第59-60页 |
| ·主成分分析 | 第60-61页 |
| ·结果与讨论 | 第61-69页 |
| ·构建平均力势的合理性分析 | 第61-62页 |
| ·B_(12) 解离过程的自由能分析 | 第62-64页 |
| ·BtuF 在复合物状态下的运动模式 | 第64-66页 |
| ·BtuF 的柔性分析 | 第66-69页 |
| ·本章小结 | 第69-71页 |
| 第4章 亚铁血红素周质结合蛋白ShuT 和PhuT 工作机理的分子模拟研究 | 第71-89页 |
| ·研究背景及意义 | 第71-72页 |
| ·材料与方法 | 第72-75页 |
| ·分子动力学模拟 | 第72-74页 |
| ·区域性运动分析 | 第74页 |
| ·高斯网络模型 | 第74页 |
| ·主成分分析 | 第74-75页 |
| ·结果与讨论 | 第75-86页 |
| ·ShuT 和PhuT 的整体构象变化 | 第75-77页 |
| ·ShuT 和PhuT 的区域性运动 | 第77-79页 |
| ·ShuT 和PhuT 的铰链区分析 | 第79-82页 |
| ·ShuT 和PhuT 的运动模式 | 第82-84页 |
| ·ShuT 和PhuT 的柔性分析 | 第84-86页 |
| ·本章小结 | 第86-89页 |
| 第5章 HIV-1 整合酶与香豆素类抑制剂NSC158393 的结合模式及其抑制机理的分子模拟研究 | 第89-103页 |
| ·研究背景及意义 | 第89-91页 |
| ·材料与方法 | 第91-93页 |
| ·体系准备 | 第91-92页 |
| ·分子动力学模拟 | 第92页 |
| ·多构象分子对接 | 第92-93页 |
| ·MM-GBSA 能量分解 | 第93页 |
| ·结果与讨论 | 第93-101页 |
| ·自由态IN 的MD 模拟 | 第93-95页 |
| ·NSC158393 与IN 的结合模式预测 | 第95-98页 |
| ·IN 与NSC158393 复合物的MD 模拟 | 第98-100页 |
| ·能量分解 | 第100-101页 |
| ·本章小结 | 第101-103页 |
| 第6章 HIV-1 整合酶与DNA 复合物的构建及其与二酮酸类抑制剂结合模式的分子模拟研究 | 第103-113页 |
| ·研究背景及意义 | 第103-104页 |
| ·材料与方法 | 第104-108页 |
| ·IN-DNA 复合物模型的构建 | 第104-105页 |
| ·分子动力学模拟 | 第105-106页 |
| ·拉伸分子动力学模拟 | 第106-107页 |
| ·分子对接 | 第107-108页 |
| ·结果与讨论 | 第108-112页 |
| ·IN-DNA 复合物的MD 模拟 | 第108页 |
| ·用SMD 模拟修正IN-DNA 复合物模型 | 第108-110页 |
| ·结合模式分析 | 第110-112页 |
| ·本章小结 | 第112-113页 |
| 第7章 结论与展望 | 第113-117页 |
| ·论文工作结论 | 第113-115页 |
| ·论文创新点 | 第115页 |
| ·展望 | 第115-117页 |
| 参考文献 | 第117-131页 |
| 附录 | 第131-137页 |
| 攻读博士学位期间所发表的学术论文 | 第137-139页 |
| 致谢 | 第139页 |
