中华绒螯蟹微卫星DNA特征及其遗传多样性研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-33页 |
| ·前言 | 第13页 |
| ·分子遗传标记简介 | 第13-18页 |
| ·线粒体DNA | 第14页 |
| ·限制性片段多态性 | 第14-15页 |
| ·随机扩增多态DNA | 第15页 |
| ·扩增长度多态 | 第15-16页 |
| ·表达序列标记 | 第16页 |
| ·单核苷酸多态性 | 第16-18页 |
| ·微卫星DNA及其特点 | 第18-19页 |
| ·微卫星DNA数量多且在基因组中分布均匀 | 第18页 |
| ·微卫星DAN具有特异性 | 第18-19页 |
| ·微卫星DNA具有多态性 | 第19页 |
| ·微卫星DNA容易检测 | 第19页 |
| ·微卫星标记的应用 | 第19-22页 |
| ·食品跟踪与鉴定 | 第19页 |
| ·评估遗传多态性 | 第19-20页 |
| ·构建基因组连锁图 | 第20页 |
| ·功能基因定位及QTL分析 | 第20页 |
| ·用于标记辅助选择 | 第20-22页 |
| ·微卫星标记的分离 | 第22页 |
| ·微卫星的检测 | 第22页 |
| ·中华绒螯蟹生物标记及其应用 | 第22-25页 |
| ·本课题立题意义和主要研究内容 | 第25-33页 |
| 第二章 中华绒螯蟹微卫星文库构建 | 第33-45页 |
| ·前言 | 第33页 |
| ·材料与方法 | 第33-37页 |
| ·实验材料与主要试剂 | 第33-34页 |
| ·主要仪器 | 第34页 |
| ·实验方法 | 第34-37页 |
| ·中华绒螯蟹样品采集、基因组提取和消化 | 第34-35页 |
| ·接头连接和PCR扩增 | 第35页 |
| ·PCR扩增连接产物 | 第35页 |
| ·PCR产物纯化 | 第35页 |
| ·探针杂交 | 第35页 |
| ·磁珠平衡与捕获 | 第35页 |
| ·捕获洗脱和浓缩 | 第35-36页 |
| ·PCR扩增 | 第36页 |
| ·载体构建和转化 | 第36页 |
| ·克隆PCR | 第36页 |
| ·测序 | 第36-37页 |
| ·文库保存 | 第37页 |
| ·二次富集 | 第37页 |
| ·结果与讨论 | 第37-42页 |
| ·中华绒螯蟹基因组和RSA Ⅰ酶消化 | 第37页 |
| ·杂交后磁珠捕捉 | 第37页 |
| ·克隆PCR与测序 | 第37-38页 |
| ·SEQUENCHER组装微卫星及序列分析 | 第38-41页 |
| ·微卫星文库评估 | 第41-42页 |
| ·本章小结 | 第42页 |
| 参考文献 | 第42-45页 |
| 第三章 中华绒螯蟹微卫星的特征分析 | 第45-59页 |
| ·前言 | 第45页 |
| ·材料与方法 | 第45-47页 |
| ·实验材料与主要试剂 | 第45-46页 |
| ·主要仪器 | 第46页 |
| ·实验方法 | 第46-47页 |
| ·中华绒螯蟹样品采集和基因组提取 | 第46页 |
| ·引物设计与优化 | 第46-47页 |
| ·荧光标记和PCR扩增 | 第47页 |
| ·毛细管电泳检测 | 第47页 |
| ·用Genemapper 3.5软件分析产物长度 | 第47页 |
| ·数据统计与分析 | 第47页 |
| ·结果与讨论 | 第47-54页 |
| ·中华绒螯蟹基因组提取 | 第47-48页 |
| ·引物设计和优化 | 第48-49页 |
| ·毛细管电泳 | 第49-51页 |
| ·基因重复位点 | 第51-52页 |
| ·微卫星位点多态性 | 第52页 |
| ·微卫星位点HARDY-WEINBERG平衡 | 第52-54页 |
| ·本章小结 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 第四章 荧光复合PCR的构建与优化 | 第59-71页 |
| ·前言 | 第59页 |
| ·材料与方法 | 第59-62页 |
| ·实验材料与主要试剂 | 第59-60页 |
| ·主要仪器 | 第60页 |
| ·实验方法 | 第60-62页 |
| ·遗传位点选择 | 第60页 |
| ·PCR试剂和条件 | 第60-61页 |
| ·模版DNA制备 | 第61页 |
| ·引物比例优化 | 第61页 |
| ·复合PCR引物比例优化 | 第61-62页 |
| ·复合PCR参数优化 | 第62页 |
| ·结果与讨论 | 第62-67页 |
| ·琼脂糖胶电泳优化 | 第62页 |
| ·荧光标记复合PCR | 第62-64页 |
| ·复合PCR参数优化 | 第64-67页 |
| 参考文献 | 第67-71页 |
| 第五章 微卫星评估中华绒螯蟹的群体遗传多样性 | 第71-81页 |
| ·前言 | 第71页 |
| ·材料与方法 | 第71-73页 |
| ·实验材料与主要试剂 | 第71页 |
| ·主要仪器 | 第71-72页 |
| ·实验方法 | 第72-73页 |
| ·中华绒螯蟹样品采集 | 第72页 |
| ·基因组提取 | 第72页 |
| ·微卫星DNA位点和引物 | 第72页 |
| ·PCR扩增 | 第72页 |
| ·毛细管电泳检测 | 第72页 |
| ·数据统计与分析 | 第72-73页 |
| ·结果与讨论 | 第73-77页 |
| ·基因组提取 | 第73页 |
| ·群体遗传多样性 | 第73-76页 |
| ·遗传分化分析和瓶颈检测 | 第76页 |
| ·微卫星位点多态性 | 第76-77页 |
| ·本章小结 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-81页 |
| 第六章 中华绒螯蟹的个体来源识别初步分析 | 第81-91页 |
| ·前言 | 第81页 |
| ·原理与方法 | 第81-83页 |
| ·原理 | 第81-83页 |
| ·似然法 | 第81-82页 |
| ·频率分析法 | 第81页 |
| ·贝叶斯法 | 第81-82页 |
| ·遗传距离分析 | 第82-83页 |
| ·样本来源及变量的选择 | 第83页 |
| ·结果与讨论 | 第83-87页 |
| ·不同个体识别算法比较 | 第83-84页 |
| ·不同位点方法比较 | 第84-85页 |
| ·位点组合方法比较 | 第85-87页 |
| ·本章小结 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-91页 |
| 第七章 实时PCR测定中华绒螯蟹基因组大小 | 第91-99页 |
| ·前言 | 第91页 |
| ·材料与方法 | 第91-94页 |
| ·实验材料与主要试剂 | 第91-92页 |
| ·主要仪器 | 第92页 |
| ·实验方法 | 第92-94页 |
| ·样品来源 | 第92页 |
| ·DNA分离和纯化 | 第92页 |
| ·引物与模板 | 第92-93页 |
| ·标准物克隆的制备 | 第93页 |
| ·系列标准物稀释 | 第93页 |
| ·实时PCR | 第93-94页 |
| ·结果与讨论 | 第94-96页 |
| ·实时荧光扩增曲线图 | 第94页 |
| ·熔解曲线 | 第94页 |
| ·荧光定量标准曲线 | 第94-95页 |
| ·中华绒螯蟹基因组大小 | 第95-96页 |
| ·本章小结 | 第96页 |
| 参考文献 | 第96-99页 |
| 论文主要结论与创新点 | 第99-101页 |
| 致谢 | 第101-102页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第102页 |
