| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| Chapter one Introduction | 第12-28页 |
| 1.1 Classification of Gossypium | 第12-13页 |
| 1.2 Cotton fiber development | 第13-15页 |
| 1.2.1 Fiber initiation | 第13-14页 |
| 1.2.2 Fiber elongation | 第14页 |
| 1.2.3 Fiber secondary wall thickening | 第14-15页 |
| 1.2.4 Fiber dehydration and maturity | 第15页 |
| 1.3 Genes controlling the cotton fiber development | 第15-18页 |
| 1.3.1 Fiber initiation related genes | 第15-16页 |
| 1.3.2 Fiber elongation related genes | 第16-18页 |
| 1.3.3 Fiber secondary wall thickening related genes | 第18页 |
| 1.3.4 Fiber dehydration and maturation related genes | 第18页 |
| 1.4 Cotton genomics | 第18-20页 |
| 1.5 Recent advances in cotton genetic map construction | 第20-23页 |
| 1.5.1 Interspecific genetic map of cotton | 第20-21页 |
| 1.5.2 Intraspecific genetic map of Upland Cotton | 第21-23页 |
| 1.6 Progress in mapping of important agronomic traits in cotton | 第23-28页 |
| 1.6.1 Preliminary QTL mapping for cotton fiber quality | 第23-25页 |
| 1.6.2 Advances in fine-mapping of important agronomic traits of cotton | 第25-28页 |
| Chapter Two Whole Genome QTL detection for fibre quality traits | 第28-62页 |
| 2.1 Introduction | 第28-30页 |
| 2.2 Materials and Methods | 第30-37页 |
| 2.2.1 Mapping Population | 第30页 |
| 2.2.2 Extraction and purification of total genomic DNA | 第30-32页 |
| 2.2.3 Genotyping of SSR primers | 第32-35页 |
| 2.2.4 SLAF library construction and high-throughput sequencing | 第35页 |
| 2.2.5 Sequencing data grouping and genotyping | 第35页 |
| 2.2.6 Linkage map construction | 第35-36页 |
| 2.2.7 Phenotypic data analysis | 第36页 |
| 2.2.8 Preliminary QTL detection for fiber quality | 第36-37页 |
| 2.3 Results and analysis | 第37-56页 |
| 2.3.1 Phenotypic analysis of fiber quality traits | 第37-39页 |
| 2.3.2 Analysis of SLAF-seq data and SLAF markers | 第39页 |
| 2.3.3 Construction of the genetic map | 第39-40页 |
| 2.3.4 Segregation distortion | 第40-41页 |
| 2.3.5 Collinearity between the genetic and the physical map | 第41-49页 |
| 2.3.6 QTL mapping | 第49-56页 |
| 2.4 Discussion | 第56-60页 |
| 2.4.1 Prominent features of SLAF-seq | 第56页 |
| 2.4.2 SLAF genetic map | 第56-57页 |
| 2.4.3 Segregation Distortion | 第57页 |
| 2.4.4 QTL cluster | 第57-58页 |
| 2.4.5 Stable and common QTL | 第58-60页 |
| 2.5 Conclusion | 第60-62页 |
| Chapter Three fine-mapping qFS21 | 第62-84页 |
| 3.1 Introduction | 第62-64页 |
| 3.2 Materials and methods | 第64-67页 |
| 3.2.1 Plant Material | 第64页 |
| 3.2.2 Total genomic DNA extraction from genome | 第64页 |
| 3.2.3 Genotyping | 第64页 |
| 3.2.4 Construction of genetic map and QTL mapping | 第64-65页 |
| 3.2.5 RNA Extraction | 第65-66页 |
| 3.2.6 Parental expression profiling | 第66-67页 |
| 3.3 Results and analysis | 第67-78页 |
| 3.3.1 Fiber quality analysis | 第67-70页 |
| 3.3.2 Construction of high density genetic map in F2 Population | 第70-73页 |
| 3.3.3 QTL Mapping for fiber quality traits in F2 population | 第73-74页 |
| 3.3.4 Fine-mapping of Fiber quality QTL in F2:3 population | 第74-75页 |
| 3.3.5 Identification of candidate genes | 第75-78页 |
| 3.4 Discussion | 第78-81页 |
| 3.4.1 Fine-mapping population | 第78-79页 |
| 3.4.2 Pleiotropism or linkage for QTL affecting multiple fiber traits | 第79-80页 |
| 3.4.3 Candidate gene identification strategy | 第80-81页 |
| 3.5 Conclusion | 第81-84页 |
| 3.5.1 Construction of high density genetic map | 第81页 |
| 3.5.2 QTL fine-mapping | 第81页 |
| 3.5.3 Identification of candidate genes | 第81-84页 |
| References | 第84-104页 |
| Appendix | 第104-106页 |
| Acknowledgement | 第106-108页 |
| Publications | 第108页 |
