| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略词表 | 第9-10页 |
| 1 前言 | 第10-19页 |
| 1.1 三代测序技术概述 | 第10-12页 |
| 1.2 BAC文库和物理图谱 | 第12-15页 |
| 1.3 比较基因组学研究 | 第15页 |
| 1.4 基因组的结构变异 | 第15-17页 |
| 1.5 水稻基因组的研究 | 第17-18页 |
| 1.6 本研究的内容和目的 | 第18-19页 |
| 2 材料和方法 | 第19-27页 |
| 2.1 实验数据和生物信息学工具 | 第19-21页 |
| 2.1.1 ZS97和MH63的BAC文库和双末端序列 | 第19页 |
| 2.1.2 ZS97和MH63的物理图谱 | 第19-20页 |
| 2.1.3 ZS97和MH63的BAC克隆测序数据 | 第20页 |
| 2.1.4 日本晴全基因组数据 | 第20页 |
| 2.1.5 其他数据 | 第20页 |
| 2.1.6 生物信息学工具 | 第20-21页 |
| 2.2 实验方法 | 第21-27页 |
| 2.2.1 构建数据管理平台 | 第21页 |
| 2.2.2 处理ZS97和MH63的unitig序列以及BAC关联 | 第21-23页 |
| 2.2.3 相邻BAC重叠区间的序列比较 | 第23-24页 |
| 2.2.4 评估ZS97和MH63基因组contig之间的Gap | 第24-25页 |
| 2.2.5 检测ZS97、MH63和日本晴三者基因组之间的结构变异 | 第25-27页 |
| 3 结果与分析 | 第27-39页 |
| 3.1 数据管理平台介绍 | 第27-31页 |
| 3.2 ZS97和MH63的BAC组装结果 | 第31-32页 |
| 3.3 相邻BAC之间的overlap统计结果 | 第32-33页 |
| 3.4 ZS97和MH63基因组Gap评估结果 | 第33-34页 |
| 3.4.1 以ZS97和日本晴作为参考评估MH63全基因组Gap | 第33-34页 |
| 3.4.2 以MH63和Nipp为参考评估ZS97全基因组Gap | 第34页 |
| 3.5 ZS97、MH63和日本晴三者基因组之间的结构差异 | 第34-39页 |
| 3.5.1 PAV分析 | 第34-36页 |
| 3.5.2 Inversion分析 | 第36-37页 |
| 3.5.3 Translocation分析 | 第37-38页 |
| 3.5.4 ZS97和MH63的Inversion、Translocation与gene的关系 | 第38-39页 |
| 4 讨论 | 第39-40页 |
| 5 展望 | 第40-41页 |
| 参考文献 | 第41-45页 |
| 附录 | 第45-49页 |
| 发表文章情况 | 第49-50页 |
| 致谢 | 第50页 |
