| 致谢 | 第4-12页 |
| 摘要 | 第12-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-31页 |
| 1.1 植原体 | 第14-21页 |
| 1.1.1 植原体的分类 | 第14页 |
| 1.1.2 植原体传播 | 第14-15页 |
| 1.1.3 植原体检测技术 | 第15-17页 |
| 1.1.3.1 组织化学技术 | 第16页 |
| 1.1.3.2 血清学检测免疫组织化学技术 | 第16页 |
| 1.1.3.3 核酸杂交法 | 第16页 |
| 1.1.3.4 PCR检测法 | 第16-17页 |
| 1.1.3.5 LAMP检测法 | 第17页 |
| 1.1.4 植原体的基因组 | 第17-19页 |
| 1.1.5 植原体的致病机制 | 第19-21页 |
| 1.2 植原体病害 | 第21-23页 |
| 1.2.1 症状 | 第21-22页 |
| 1.2.2 发生规律 | 第22页 |
| 1.2.3 防治方法 | 第22-23页 |
| 1.2.3.1 物理防治 | 第22页 |
| 1.2.3.2 化学防治 | 第22-23页 |
| 1.2.3.3 生物防治 | 第23页 |
| 1.2.3.4 农业防治 | 第23页 |
| 1.3 枣 | 第23页 |
| 1.4 枣植原体与枣疯病 | 第23-25页 |
| 1.4.1 枣植原体 | 第23-24页 |
| 1.4.2 枣植原体的传播方式 | 第24-25页 |
| 1.4.3 枣植原体对枣的影响 | 第25页 |
| 1.5 枣疯病 | 第25-27页 |
| 1.5.1 枣植原体病害的发生、危害与症状 | 第25-26页 |
| 1.5.2 枣疯病的发病规律 | 第26-27页 |
| 1.5.3 枣植原体病害的防治措施 | 第27页 |
| 1.6 枣对枣植原体的响应 | 第27-29页 |
| 1.6.1 光合作用 | 第27-28页 |
| 1.6.2 蛋白质 | 第28页 |
| 1.6.3 酶 | 第28页 |
| 1.6.4 矿质元素 | 第28页 |
| 1.6.5 植物激素 | 第28页 |
| 1.6.6 枣树感植原体后分子水平的变化 | 第28-29页 |
| 1.7 本研究背景和意义 | 第29-30页 |
| 1.8 本研究技术路线 | 第30-31页 |
| 第二章 枣对植原体侵染后转录组学的分析 | 第31-72页 |
| 引言 | 第31页 |
| 2.1 试验材料与仪器试剂 | 第31-32页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第31页 |
| 2.1.2 主要仪器 | 第31-32页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第32页 |
| 2.2 实验方法 | 第32-35页 |
| 2.2.1 取样方法 | 第32页 |
| 2.2.2 PCR和DAPI检测植原体 | 第32-33页 |
| 2.2.3 转录组测序RNA－Seq | 第33-34页 |
| 2.2.3.1 RNA提取及检测 | 第33页 |
| 2.2.3.2 测序文库准备与Illumina上机测序 | 第33页 |
| 2.2.3.3 RNA-seq测序质量预处理和分析 | 第33-34页 |
| 2.2.4 植物激素测定 | 第34页 |
| 2.2.5 定量RT-PCR验证 | 第34-35页 |
| 2.3 结果与分析 | 第35-64页 |
| 2.3.1 枣对植原体侵染后不同时期症状、DAPI和PCR上的变化 | 第35-37页 |
| 2.3.1.1 嫁接侵染后不同时期枣的症状变化 | 第35页 |
| 2.3.1.2 嫁接侵染后不同时期枣的PCR检测 | 第35页 |
| 2.3.1.3 嫁接侵染后不同时期枣DAPI荧光染色观察 | 第35-37页 |
| 2.3.1.4 嫁接侵染后不同时期枣植原体相对含量变化 | 第37页 |
| 2.3.2 样品总RNA提取质量的检测 | 第37-39页 |
| 2.3.3 转录组测序与组装 | 第39-43页 |
| 2.3.3.1 转录组测序原始数据统计分析 | 第39-42页 |
| 2.3.3.2 RNA文库的构建 | 第42-43页 |
| 2.3.3.3 Unigen基因注释 | 第43页 |
| 2.3.4 差异表达基因的分析 | 第43-44页 |
| 2.3.5 差异表达基因GO功能注释 | 第44-45页 |
| 2.3.6 差异基因的GO和KEGG富集分析 | 第45-57页 |
| 2.3.6.1 差异基因富集分析统计 | 第45-46页 |
| 2.3.6.2 差异基因GO的富集分析 | 第46-53页 |
| 2.3.6.3 差异基因KEGG的富集分析 | 第53-57页 |
| 2.3.7 主要生物通路相关基因表达对植物体侵染的响应 | 第57-62页 |
| 2.3.7.1 不同时期与激素相关差异表达基因分析 | 第57-59页 |
| 2.3.7.2 与植物-病原体互作相关的差异基因分析 | 第59页 |
| 2.3.7.3 与能量代谢相关差异基因变化 | 第59-61页 |
| 2.3.7.4 与次生代谢相关差异基因变化 | 第61页 |
| 2.3.9.5 与碳水化合物代谢相关差异基因变化 | 第61页 |
| 2.3.7.6 与卟啉和叶绿素代谢相关差异基因变化 | 第61-62页 |
| 2.3.7.7 与氨基酸代谢相关差异基因变化 | 第62页 |
| 2.3.7.8 与翻译过程相关差异基因变化 | 第62页 |
| 2.3.8 qRT-PCR验证 | 第62-64页 |
| 2.4 植原体侵染枣后不同时期植物激素含量变化 | 第64-65页 |
| 2.5 结论与讨论 | 第65-72页 |
| 2.5.1 枣树对植原体感染响应分为3个阶段 | 第65页 |
| 2.5.2 枣植物激素合成和信号转导相关基因表达水平发生了显著改变 | 第65-67页 |
| 2.5.3 枣疯病植原体侵染与光合作用相关基因表达水平显著下调 | 第67页 |
| 2.5.4 枣植原体侵染引起与类黄酮生物合成相关基因显著上调 | 第67页 |
| 2.5.5 PTI-和ETI相关DEGs的表达模式在对植原体侵染的响应中发生了很大的改变 | 第67-70页 |
| 2.5.6 枣植原体侵染引起主要植物激素含量变化 | 第70-72页 |
| 第三章 枣对植原体侵染后蛋白组学分析 | 第72-101页 |
| 引言 | 第72页 |
| 3.1 试验材料与仪器试剂 | 第72-73页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第72页 |
| 3.1.2 主要仪器 | 第72-73页 |
| 3.1.3 主要试剂 | 第73页 |
| 3.2 实验方法 | 第73-76页 |
| 3.2.1 蛋白提取 | 第73页 |
| 3.2.2 蛋白质酶解 | 第73-74页 |
| 3.2.3 iTRAQ标记 | 第74页 |
| 3.2.4 SCX分级 | 第74页 |
| 3.2.5 质谱分析 | 第74-75页 |
| 3.2.5.1 高效液相色谱 | 第74页 |
| 3.2.5.2 质谱鉴定 | 第74-75页 |
| 3.2.6 生物信息分析 | 第75-76页 |
| 3.2.6.1 数据库的选择与搜索 | 第75页 |
| 3.2.6.2 蛋白质鉴定信息统计 | 第75页 |
| 3.2.6.3 GO功能注释注释 | 第75页 |
| 3.2.6.4 KEGG通路注释 | 第75-76页 |
| 3.2.6.5 GO注释与KEGG注释富集分析 | 第76页 |
| 3.2.7 Westernblot分析 | 第76页 |
| 3.3 结果与分析 | 第76-96页 |
| 3.3.1 蛋白质检测 | 第76-78页 |
| 3.3.2 蛋白质鉴定 | 第78-83页 |
| 3.3.2.1 蛋白鉴定基本信息 | 第78页 |
| 3.3.2.2 肽段离子得分分布 | 第78-79页 |
| 3.3.2.3 蛋白质相对分子质量分布 | 第79-80页 |
| 3.3.2.4 蛋白质等电点分布 | 第80页 |
| 3.3.2.5 肽段序列长度分布 | 第80-81页 |
| 3.3.2.6 肽段序列覆盖度 | 第81页 |
| 3.3.2.7 鉴定肽段数量分布 | 第81-82页 |
| 3.3.2.8 蛋白质丰度比分布 | 第82-83页 |
| 3.3.3 差异蛋白统计 | 第83页 |
| 3.3.4 蛋白注释 | 第83-87页 |
| 3.3.4.1 嫁接侵染后37周DEPs的GO注释统计 | 第83-85页 |
| 3.3.4.2 嫁接侵染后48周差异表达蛋白GO注释统计 | 第85-87页 |
| 3.3.5 DEPs的KEGG路径分析 | 第87-89页 |
| 3.3.6 嫁接侵染后不同生物过程中DEPs的变化 | 第89-91页 |
| 3.3.7 IAA和JA含量分析 | 第91-92页 |
| 3.3.8 转录组RNA-Seq的qRT-PCR验证 | 第92页 |
| 3.3.9 蛋白组与转录组的关联分析 | 第92-96页 |
| 3.3.9.1 嫁接侵染后在37WAG和48WAG差异蛋白和基因数量统计分析 | 第92-93页 |
| 3.3.9.2 蛋白组与转录组关联表达分析 | 第93-95页 |
| 3.3.9.3 嫁接侵染后在37周和48周前20的KEGG富集关联分析 | 第95-96页 |
| 3.3.10 Westernblot检测 | 第96页 |
| 3.4 结论与讨论 | 第96-100页 |
| 3.4.1 在枣疯病嫁接侵染的早期阶段参与苯丙素生物合成和代谢的DEGs和DEPs是上调 | 第96-97页 |
| 3.4.2 在枣植原体侵染的早期阶段参与色氨酸代谢和生长素合成和信号传导中的基因是下调 | 第97页 |
| 3.4.3 在枣疯病植原体侵染期间改变JA-诱导蛋白和JA水平 | 第97-98页 |
| 3.4.4 几丁质酶和过氧化物酶是枣疯病发生过程中的2类重要的PR蛋白 | 第98-99页 |
| 3.4.5 枣对植原体的响应模式 | 第99-100页 |
| 小结 | 第100-101页 |
| 第四章 四环素处理枣疯病组培苗恢复过程中转录组学分析 | 第101-133页 |
| 引言 | 第101页 |
| 4.1 试验材料与仪器试剂 | 第101-102页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第101页 |
| 4.1.2 主要仪器 | 第101页 |
| 4.1.3 主要试剂 | 第101-102页 |
| 4.2 实验方法 | 第102-106页 |
| 4.2.1 DNA提取和PCR检测 | 第102页 |
| 4.2.2 总RNA提取和检测 | 第102-103页 |
| 4.2.3 文库构建 | 第103页 |
| 4.2.4 信息分析流程 | 第103-105页 |
| 4.2.4.1 测序数据过滤 | 第104页 |
| 4.2.4.2 参考基因组比对 | 第104页 |
| 4.2.4.3 基因表达量分析 | 第104-105页 |
| 4.2.4.4 差异表达基因筛选 | 第105页 |
| 4.2.4.5 差异表达基因GO和Pathway显著分析 | 第105页 |
| 4.2.5 差异表达基因qRT-PCR验证 | 第105-106页 |
| 4.2.6 植物激素测定 | 第106页 |
| 4.3 结果与分析 | 第106-130页 |
| 4.3.1 四环素处理枣疯病组培苗恢复过程和PCR分析 | 第106-108页 |
| 4.3.2 样品总RNA提取质量检测 | 第108-110页 |
| 4.3.3 比对统计 | 第110-111页 |
| 4.3.4 基因和转录本统计 | 第111-113页 |
| 4.3.5 差异表达基因分析 | 第113-114页 |
| 4.3.6 差异表达基因GO功能分析 | 第114-116页 |
| 4.3.7 差异表达基因KEGG功能分析 | 第116-122页 |
| 4.3.8 在JWB组培苗恢复过程中与植物激素相关的DEGs的变化 | 第122-125页 |
| 4.3.9 JIPs在不同阶段的表达 | 第125-126页 |
| 4.3.10 在JWB组培苗恢复过程中与JA生物合成途径相关的DEGs受到影响 | 第126-127页 |
| 4.3.11 植物激素含量测定 | 第127-129页 |
| 4.3.12 qRT-PCR验证 | 第129-130页 |
| 4.4 结论与讨论 | 第130-133页 |
| 4.4.1 在四环处理过程中激素变化 | 第130-131页 |
| 4.4.2 在四环素处理过程中与激素相关基因变化 | 第131-133页 |
| 第五章 四环素处理枣疯病组培苗恢复过程中蛋白组学分析 | 第133-150页 |
| 引言 | 第133页 |
| 5.1 试验材料与仪器试剂 | 第133页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第133页 |
| 5.1.2 主要仪器 | 第133页 |
| 5.1.3 主要试剂 | 第133页 |
| 5.2 实验方法 | 第133-136页 |
| 5.2.1 蛋白的提取 | 第133-134页 |
| 5.2.2 蛋白提取质控 | 第134页 |
| 5.2.3 蛋白酶解 | 第134-135页 |
| 5.2.4 肽段标记 | 第135页 |
| 5.2.5 肽段分离 | 第135页 |
| 5.2.6 高效液相 | 第135页 |
| 5.2.7 质谱检测 | 第135-136页 |
| 5.2.8 生物信息学分析 | 第136页 |
| 5.2.8.1 数据库的选择与搜索 | 第136页 |
| 5.2.8.2 蛋白质鉴定信息统计 | 第136页 |
| 5.2.8.3 GO注释分析 | 第136页 |
| 5.2.8.4 COG注释分析 | 第136页 |
| 5.2.8.5 Pathway注释分析 | 第136页 |
| 5.3 结果与分析 | 第136-148页 |
| 5.3.1 蛋白质检测 | 第136-137页 |
| 5.3.2 蛋白质鉴定 | 第137-140页 |
| 5.3.2.1 蛋白鉴定基本信息 | 第137-138页 |
| 5.3.2.2 蛋白分子量分布 | 第138页 |
| 5.3.2.3 肽段长度分布 | 第138-139页 |
| 5.3.2.4 特异性肽段数目分布 | 第139-140页 |
| 5.3.3 在四环素处理过程中蛋白GO注释分析 | 第140页 |
| 5.3.4 蛋白KEGG注释分析 | 第140-141页 |
| 5.3.5 蛋白COG注释分析 | 第141-142页 |
| 5.3.6 差异蛋白统计 | 第142-145页 |
| 5.3.7 蛋白组与转录组的关联分析 | 第145-146页 |
| 5.3.8 在JWB组培苗恢复过程中茉莉酸诱导的蛋白(JIP)和参与JA生物合成途径DEPs的表达变化 | 第146-147页 |
| 5.3.9 JA含量分析 | 第147-148页 |
| 5.4 结论与讨论 | 第148-150页 |
| 第六章 结论与展望 | 第150-152页 |
| 6.1 结论 | 第150-151页 |
| 6.2 展望 | 第151-152页 |
| 第七章 创新点 | 第152-153页 |
| 参考文献 | 第153-175页 |
| Abstract | 第175-177页 |
| 英文缩略表 | 第178-179页 |
| 附录 | 第179-227页 |
| 攻读博士期间发表论文 | 第227页 |
