| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-21页 |
| 1 珍珠颜色致色因素研究进展 | 第14-17页 |
| 1.1 金属离子致色 | 第14-15页 |
| 1.2 有机物致色 | 第15-17页 |
| 1.2.1 卟啉致色 | 第15-16页 |
| 1.2.2 类胡萝卜素致色 | 第16页 |
| 1.2.3 多烯类物质致色 | 第16-17页 |
| 1.3 结构致色 | 第17页 |
| 2 高通量测序在软体贝类中的应用 | 第17-19页 |
| 3 珍珠颜色相关基因研究 | 第19页 |
| 4 本研究的目的方法及意义 | 第19-21页 |
| 第二章 三角帆蚌转录组测序分析 | 第21-45页 |
| 1 引言 | 第21-22页 |
| 2 实验材料 | 第22页 |
| 2.1 实验动物的采集 | 第22页 |
| 2.2 实验仪器 | 第22页 |
| 2.3 试剂 | 第22页 |
| 3 实验方法 | 第22-26页 |
| 3.1 RNA提取及检测 | 第22-23页 |
| 3.2 文库构建与高通量测序 | 第23-24页 |
| 3.3 转录组的测序数据处理及生物信息学分析 | 第24-26页 |
| 3.3.1 测序数据及其质量控制 | 第24页 |
| 3.3.2 转录组测序数据组装 | 第24页 |
| 3.3.3 转录组测序文库质量评估 | 第24-25页 |
| 3.3.4 基因的功能注释 | 第25页 |
| 3.3.5 三角帆蚌转录组差异表达基因分析 | 第25页 |
| 3.3.6 单核苷酸多态性和微卫星的筛查 | 第25-26页 |
| 4 结果与分析 | 第26-41页 |
| 4.1 RNA提取与检测 | 第26页 |
| 4.2 测序数据质量情况 | 第26-29页 |
| 4.3 转录组测序数据组装结果 | 第29页 |
| 4.4 转录组测序文库质量评估 | 第29-31页 |
| 4.5 Unigene功能注释 | 第31-36页 |
| 4.6 三角帆蚌转录组差异表达基因 | 第36-41页 |
| 4.7 单核苷酸多态性和微卫星的筛查 | 第41页 |
| 5 讨论 | 第41-45页 |
| 5.1 三角帆蚌转录组测序分析 | 第41-42页 |
| 5.2 转录组文库注释分析 | 第42-43页 |
| 5.3 不同内壳色三角帆蚌中央膜差异表达基因的分析 | 第43-45页 |
| 5.3.1 差异表达基因的GO注释 | 第43-44页 |
| 5.3.2 差异表达基因的KEGG注释 | 第44页 |
| 5.3.3 差异表达基因的Pfam注释 | 第44-45页 |
| 第三章 利用三角帆蚌转录组文库开发微卫星标记 | 第45-58页 |
| 1 引言 | 第45-46页 |
| 2 材料和方法 | 第46-50页 |
| 2.1 实验材料 | 第46页 |
| 2.2 实验仪器 | 第46-47页 |
| 2.3 实验试剂 | 第47页 |
| 2.4 实验方法 | 第47-50页 |
| 2.4.1 基因组DNA的提取 | 第47-48页 |
| 2.4.2 微卫星标记的查找 | 第48页 |
| 2.4.3 引物设计与合成 | 第48-49页 |
| 2.4.4 PCR扩增产物检测 | 第49页 |
| 2.4.5 三角帆蚌SSR引物的筛选及遗传多样性分析 | 第49页 |
| 2.4.6 数据统计与分析 | 第49-50页 |
| 3 结果 | 第50-56页 |
| 3.1 转录组中SSR标记分析 | 第50页 |
| 3.2 三角帆蚌SSR引物筛选结果 | 第50页 |
| 3.3 三角帆蚌养殖群体遗传多样性分析 | 第50-56页 |
| 4 讨论 | 第56-58页 |
| 第四章 珍珠颜色相关差异表达基因分析 | 第58-75页 |
| 1 引言 | 第58页 |
| 2 材料与方法 | 第58-63页 |
| 2.1 实验材料 | 第58-59页 |
| 2.2 实验仪器 | 第59-60页 |
| 2.3 实验试剂及耗材 | 第60页 |
| 2.4 实验方法 | 第60-63页 |
| 2.4.1 RNA提取与纯化 | 第60页 |
| 2.4.2 cDNA合成 | 第60页 |
| 2.4.3 引物合成 | 第60-61页 |
| 2.4.4 PCR扩增 | 第61页 |
| 2.4.5 实时荧光定量PCR | 第61-62页 |
| 2.4.6 数据分析 | 第62-63页 |
| 3 结果与分析 | 第63-70页 |
| 3.1 RNA提取结果 | 第63页 |
| 3.2 引物序列 | 第63-65页 |
| 3.3 荧光定量结果 | 第65-70页 |
| 3.3.1 HcTyr1荧光定量结果 | 第65-66页 |
| 3.3.2 HcAst荧光定量结果 | 第66-67页 |
| 3.3.3 HcCyt荧光定量结果 | 第67-68页 |
| 3.3.4 HcTDO荧光定量结果 | 第68-69页 |
| 3.3.5 HcUROD荧光定量结果 | 第69-70页 |
| 4 讨论 | 第70-75页 |
| 结论与展望 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-93页 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 | 第93-94页 |
| 致谢 | 第94-97页 |