| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 缩略语表 | 第10-11页 |
| 1. 前言 | 第11-35页 |
| 1.1 高通量基因型分析技术发展与简介 | 第11-24页 |
| 1.1.1高通量测序技术发展及原理 | 第13-19页 |
| 1.1.2 全基因组重测序 | 第19-20页 |
| 1.1.3 SNP芯片技术 | 第20-21页 |
| 1.1.4 简化基因组测序 | 第21-24页 |
| 1.2 高通量测序的应用 | 第24-33页 |
| 1.2.1 高密度分子标记的开发 | 第25-27页 |
| 1.2.2 结构变异的鉴定 | 第27-31页 |
| 1.2.3 泛基因组 | 第31-33页 |
| 1.3 玉米数量遗传研究简介及MAGIC群体研究进展 | 第33-34页 |
| 1.4 本研究目的和内容 | 第34-35页 |
| 2. 材料与方法 | 第35-46页 |
| 2.1 实验材料 | 第35-37页 |
| 2.1.1 实验群体 | 第35-36页 |
| 2.1.2 高通量测序平台 | 第36页 |
| 2.1.3 实验数据和生物信息学工具 | 第36-37页 |
| 2.2 实验方法 | 第37-46页 |
| 2.2.1 DNA提取和质量控制 | 第37-38页 |
| 2.2.2 GBS测序文库的构建和基因型鉴定 | 第38-42页 |
| 2.2.3 芯片鉴定SNP | 第42-43页 |
| 2.2.4 全基因组重测序SNP鉴定 | 第43-44页 |
| 2.2.5 黄早四SNP、In/Del及SV鉴定 | 第44-45页 |
| 2.2.6 非参考基因组序列组装 | 第45-46页 |
| 3. 结果 | 第46-58页 |
| 3.1 群体高通量测序结果统计分析 | 第46-54页 |
| 3.1.1 GBS技术进行SNP开发及分析 | 第46-48页 |
| 3.1.2 基于芯片的SNP鉴定 | 第48-50页 |
| 3.1.3 重测序技术对群体SNP鉴定 | 第50-53页 |
| 3.1.4 不同测序平台获得标记的一致率比较 | 第53-54页 |
| 3.2 黄早四基因组组装片段处理分析 | 第54-56页 |
| 3.3 MAGIC群体特异序列组装 | 第56-58页 |
| 4. 讨论 | 第58-61页 |
| 4.1 GBS开发分子标记存在的问题和改进方法 | 第58-59页 |
| 4.2 挖掘群体特异序列功能的意义 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-67页 |
| 附录 | 第67-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |