| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第1章 引言 | 第9-28页 |
| 1.1 水稻驯化概述 | 第9-15页 |
| 1.1.1 亚洲栽培稻的起源研究 | 第10-11页 |
| 1.1.2 籼稻和粳稻的起源研究 | 第11-13页 |
| 1.1.3 驯化相关基因的研究 | 第13-15页 |
| 1.2 水稻育种概述 | 第15-17页 |
| 1.3 水稻功能基因组研究 | 第17-22页 |
| 1.3.1 研究的技术平台 | 第17-19页 |
| 1.3.2 重要农艺性状的功能基因组 | 第19-22页 |
| 1.4 功能基因的筛选 | 第22-25页 |
| 1.4.1 生物信息学分析 | 第22-23页 |
| 1.4.2 差异表达谱分析 | 第23页 |
| 1.4.3 转基因技术 | 第23-25页 |
| 1.5 SNP分子标记在驯化和育种中的应用 | 第25-27页 |
| 1.5.1 研究基因功能 | 第26页 |
| 1.5.2 籼粳属性及起源 | 第26-27页 |
| 1.5.3 分子标记辅助选择 | 第27页 |
| 1.6 本课题研究的内容、目的和意义 | 第27-28页 |
| 第2章 材料与方法 | 第28-35页 |
| 2.1 实验材料 | 第28-29页 |
| 2.2 水稻基因组DNA的提取 | 第29-30页 |
| 2.3 待测基因位点的选取及其引物设计 | 第30页 |
| 2.4 PCR扩增及其产物测序 | 第30-31页 |
| 2.4.1 PCR扩增 | 第30页 |
| 2.4.2 测序反应 | 第30-31页 |
| 2.5 数据处理与分析 | 第31-35页 |
| 2.5.1 SNPs频率分析 | 第31-32页 |
| 2.5.2 基因多样性分析 | 第32页 |
| 2.5.3 中性检验 | 第32-33页 |
| 2.5.4 基于单倍型的AMOVA分析 | 第33页 |
| 2.5.5 群体间分化系数 | 第33页 |
| 2.5.6 聚类分析 | 第33-34页 |
| 2.5.7 GO(Gene Ontology)分类 | 第34-35页 |
| 第3章 结果与分析 | 第35-53页 |
| 3.1 总群体单核苷酸多态性分析 | 第35-38页 |
| 3.1.1 总群体测序情况分析 | 第35-37页 |
| 3.1.2 各群体间的次等位基因频率分析 | 第37-38页 |
| 3.1.3 籼稻在驯化和育种过程中单核苷酸多态性的变化 | 第38页 |
| 3.2 不同染色体间的单核苷酸多态性分析 | 第38-42页 |
| 3.3 不同区域的单核苷酸多态性分析 | 第42-43页 |
| 3.4 驯化相关基因筛选 | 第43-49页 |
| 3.4.1 功能基因的筛选 | 第43-47页 |
| 3.4.2 候选基因分析 | 第47-49页 |
| 3.5 单倍型分析 | 第49-50页 |
| 3.6 AMOVE方差分析 | 第50-51页 |
| 3.7 聚类分析 | 第51-53页 |
| 第4章 讨论 | 第53-57页 |
| 4.1 水稻的遗传多样性 | 第53-55页 |
| 4.2 水稻功能基因的筛选 | 第55-57页 |
| 致谢 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-65页 |
| 附录 | 第65-85页 |
| 附录1 实验用所有基因位点及引物信息清单 | 第65-74页 |
| 附表2 各群体中228个基因频率 | 第74-80页 |
| 附表3 228个基因位点单倍型情况 | 第80-85页 |